自2020年5月6日零时起，经依法批准的收费公路恢复收取车辆通行费。其中，开放式收费高速公路和普通公路以车辆通过收费站收费车道的时间为准，封闭高速公路以车辆通过出口车道的时间为准。
在新冠肺炎疫情防控常态化期间，对疫情防控物资运输车辆将依法实行分类服务和保障：一是对运输疫情防控所需救治消毒药品、医疗救护设备器械等紧急物资的车辆，按照《突发公共卫生事件交通应急规定》（卫生部、交通部2004年第2号令），办理《紧急运输通行证》，继续执行“三不一优先”政策。其中，跨省运送紧急物资的，应当使用交通运输部统一印制的《紧急运输通行证》;省内运送紧急物资的，可以使用省级交通行政主管部门统一印制的《紧急运输通行证》。二是对运输疫情防控紧急物资以外的生活、生产等物资的车辆，高速公路收费站将设置专用快捷通道，加强现场通行秩序引导维护，保障其优先便捷通行。
取消高速公路省界收费站，不涉及客车计费方式、计费标准的调整工作，客车应交的通行费金额总体看也不会发生变化。但目前出现的部分客车实交的通行费金额发生一些小额变化，主要是由于计费精度提高造成的。取消省界收费站前，通行费收费大多按照5元的倍数取整。取消省界收费站后，人工收费精确到“元”，ETC收费精确到“分”。例如某段路收费标准为0.5元/公里，行驶19公里和21公里的应交通行费金额分别9.5元和10.5元。取消省界站前，取整后的实交金额均为10元,使用ETC打95折后为9.5元；取消省界站收费站后，实交金额分别为9.5元和10.5元，使用ETC打95折后分别为9.03元和9.98元；比取消省界收费站前有升也有降，体现了“多用路者多付费，少用路者少付费”的公平原则。此外，取消省界收费站后，车长6米以下的8座和9座小型客车，统一由二类下调为一类，应交通行费有较大幅度下降。
货车由于从计重收费调整为按车（轴）型收费，涉及到收费标准的调整，但总的费额是不增加的。交通运输部会同发展改革委和财政部督促指导各地，以2018年和2019年高速公路实际交通量和车货平均总质量为重要依据，进行测算和调整，要求各地在测算和实施过程中满足以下三个要求：一是确保在相同交通流量条件下，不增加货车通行费总体负担，各省（区、市）货车通行费总收入不能因此而增加。二是确保每一类车型在标准装载状态下的应交通行费额，不大于计重收费时的应交通行费额，也就是单个车辆在标准装载情况下的通行费支出也不能因此而增加。三是新标准反算吨位应小于2018年和2019年加权平均总质量，且至少60%以上频次车辆受益，也就是实际交通量中，至少60%以上车次的通行费小于计重收费时的应交费额。
取消省界收费站后，高速公路主要依靠ETC门架系统识别车辆实际行驶轨迹，进行精确收费。ETC门架系统可以识别车辆身份、车型信息，但无法判断载运的货物情况。为避免符合优惠条件的运输车辆发生先扣费、再退费的情况，运输鲜活农产品和联合收割机的车辆，需在驶入高速公路前预先提交优惠申请，驶离出口收费站后到指定位置申请检查并确认符合规定，即可享受免交全程通行费优惠政策。
预约采用网络预约形式，运输鲜活农产品和联合收割机的车辆可以在驶入高速公路2小时前，通过“中国ETC服务小程序”进行网络预约。未进行预约的，经出口收费站查验合格后，按特情业务办理退费。
为解决一次通行、多次扣费的问题，各地交通运输主管部门和高速公路经营管理单位组织开展了系统优化工程，通过整合相关信息，初步实现了“一次行程、一个账单、一次扣费、一次告知”。
今年初取消高速公路省界收费站后，车辆在ETC出口车道不显示全程通行费额，而是通过推送信息或账单提供费用查询服务，但部分公众对此提出了意见。为满足公众需求，各地交通运输主管部门和高速公路经营管理单位组织开展了ETC“费显”工程。目前，所有高速公路出口车道都可以显示本次行程的全部通行费用。
