风铃阁阁主
大家好，我是枯藤老树，很高兴回答这个问题。
明独裁、清专制，故明有内阁，清有军机处，理论上讲，内阁、军机处都是皇帝处理政务的秘书处，并无决策权，但是在皇帝无能、软弱、懒惰的时候，明朝内阁大臣经常与权监勾结，从而绕开皇帝直接进行决策。
明太祖废宰相制度，延续数千年的宰相制度就此终止，但是帝王精力的有限性与皇权扩大的无限性是背道而驰的，所以才会有秘书处的产生。
明内阁
明朝内阁是明朝建文四年（1402年）至崇祯十七年（1644年）的皇帝咨政机构，也就是秘书处。
之后因为皇帝个人原因，内阁权力逐渐增大，内阁逐渐成为明朝行政中枢。内阁辅臣的人数为一人至七人不等，为首的便称为首辅，如张居正，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。
然而，虽然内阁首辅有票拟的权力，但却不得不依赖于内部太监送达批红。首辅大学士的职权如同以往的丞相，但必须与宦官合作，才能执掌大政，如张居正结合冯保。
明朝废除宰相制度，设立内阁制度，本质上是废除相权，加强皇权。所有权利集中于皇帝一人，皇帝英明，则国家安定富强，如朱棣，皇帝无能，则国家黑暗动荡，如天才木匠白痴皇帝天启。
清军机处
枯藤老树文明史
内阁和军机处是加强皇权的两种尝试，但并不是首创，早在汉武帝时期就创立了内朝制度，以尚书作为皇帝的秘书班子，常在宫内与皇帝商议军国大事。这与丞相为首的中央行政机构相区别，丞相的行政班子称为外朝。放眼封建君主专制社会，加强皇权的手段就是加强内朝的权力，削弱外朝的智能，最终导致秘书机构的地位高于行政机构，而权力集中于皇帝。
明朝的内阁制度就是这种尝试，首次废除丞相制度，由皇帝直管行政中枢，内阁只是皇帝的咨询机构，但因明朝后继皇帝的不作为，内阁逐渐变成中枢机构。清朝的军机处则很好的秉承了秘书的绝色，真正做到了集权于皇帝。
明朝内阁制度的演化
明清两朝是我国封建社会君主专制走向顶峰的阶段，明太祖借着胡惟庸案的机会废除丞相制度，或者说胡惟庸案就是朱元璋为了废相而自导自演的“前戏”。
在此之后，中书省领导六部的行政格局已经打破，故而六部直接受皇帝领导，对皇帝负责，皇帝为了提高行政效率，于是就设立内阁为行政顾问，所以打根儿上，内阁就不是正式的行政机构。这就意味着皇帝一人身兼两职，皇帝丞相合二为一，这就加大了皇权，但同时也增加了皇帝的工作量。
朱元璋是一位勤勉的皇帝，他对皇位的来之不易深有体会，所以在朱元璋时期，设立内阁只是为了提供意见，作为处理政务的参考。所以朱元璋时期也并没有内阁之称，只是参照宋朝设置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，以大学士作为咨询对象，这就是内阁的雏形。
到了明成祖时期，由于北伐的军务繁忙，简单的咨询并不能帮助皇帝分担压力，所以就正式成立内阁，参与辅政，内阁只拥有议政权，六部拥有行政权，决策者当然还只能是皇帝。
（三杨：杨士奇、杨荣、杨溥）
明宣宗时期，三杨辅政帮助这位年轻的皇帝梳理了治国理政的章程，从而也将阁臣的地位空前提高，内阁开始掌握“票拟”权。就是指内阁对奏章进行意见的草拟，草拟完之后，再由皇帝朱批，形成政令。这就意味着国家的大政方针开始出于内阁的意见。因为三杨同时兼任着部院尚书职位，所以也开启了阁臣掌管实权的模板。
到了景泰年间，王文以最高监察机构长官——都察院左都御史、兼任吏部尚书的身份入阁，再次提升内阁的权力。到此时，内阁就不算一个咨询机构了，而是一个文官集团代表机构，他们通过票拟权主导国家政策，重新构成了对皇权的威胁。
在复杂的官僚体系下，阁臣形成的利益集团背后拥有大批言官，他们是阁臣向皇帝施压的尖兵利器，皇帝在行政上的妥协，往往只能通过另一种权力制约——司礼监！所以明朝中后期的内阁成了外朝，司礼监成了“内朝”。
司礼监掌印太监、秉笔太监代行“批红”权，成为皇帝制约内阁的主要方式。这就是一个恶性循环，倘若是嘉靖皇帝这样的权术高手，那么这种方式确实有用，但倘若皇帝不够精明，也就会出现宦官祸害朝政的局面。万历皇帝即位之初，票拟权由内阁首辅张居正主导，批红则全由大伴冯保代替，皇权受到严重威胁。
（驾驭有术的嘉靖帝）
所以明朝的内阁制度总体上是失败的，它由一个秘书机构演变成权力中枢，这就失去了内阁的意义。皇帝为了制约内阁权重的问题，以司礼监宦官作为“秘书”，从而一发不可收拾，成为宦官专政的导火索。这些权力制约中，内阁与六部、司礼监形成矛盾体，首辅与次辅也形成矛盾体，这是党争形成的重要原因，党争又成为行政效率低下的致命毒药。所以明末内外形势窘迫的情况下，尚有言官的相互抨击，这都是权力集团扔出的利剑，抨击政敌的同时，也插入了大明王朝的心脏。
清朝的军机处的产生与职能
清朝在努尔哈赤时代形成了极具满族特色的“八王议政”制度，随之演化成“议政王大臣会议”制度，这是军事民主决议的形式。它对满清迅速强大并入主中原的意义重大，然而在奴隶主向封建王朝的跨度中，满清统治者对明朝旧制取其精华去其糟粕，逐步改制中枢，将皇权推向了无以复加的顶峰。
（议政王大臣会议形式）
清朝的封建化以及君主集权是在皇太极时期开始，但仍然未改变议政王会议的形式。到顺治亲政后，由于长期受到汉文化影响，故而开始了大刀阔斧的政治改革，旨在将一个军事合议政府改变为有序的文治政府。但顺治帝只进行了三年的改革就神秘去世，除了以内三院为基础建立内阁以外，只留下“日讲起居官”的陪读秘书模板，这种模板对后世帝王的改革提供了经验。
（四大臣）
顺治帝为年仅8岁的玄烨留下了辅政体系，即非宗室亲贵的索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜，四位议政大臣成了他的辅政团队。这四位辅政大臣废除了内阁，将顺治帝的汉化机制一一抛弃。当鳌拜独大之后，辅政体系的平衡彻底被打破，他将“议政王大臣会议”以及内阁之权揽于一身，再次对皇权形成威胁。
康熙八年（1669），在满臣索额图、汉臣黄锡衮、王弘祚等人的支持下，清除了以鳌拜为首的政治集团。年仅15岁的康熙自此开启了父亲没能完成的汉化改革，第一步便是重启内阁，并将内阁制度细化完善，使其成为正式的国家行政体系中枢。
（鳌拜经典影视形象）
与明朝一样，康熙赋予内阁票拟权，但削弱了首辅的地位，内阁大学士轻其权而重其名。然后保留“议政王大臣会议”的决策权，内阁在这个时期就成为办实事儿的行政机构，所以也就被“排挤”成外朝。
“朕不时观书写字，近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应对。今欲于翰林内选择博学善书者二员，常侍左右，讲究文义。”——《康熙起居注》与此同时，康熙参照顺治帝的日讲起居官，从汉族文人中挑选伴读，旨在汲取治国良策。于康熙十六年（1677年）在禁城之内设陪读书房，这就是著名的南书房。
（南书房）
起初，南书房供职人员不得参与外朝政务，只是偶尔受皇帝特旨承担草拟职能，可随着三藩之乱的发展，康熙帝政务愈加繁忙，遇有急奏时召集“议政王大臣”多有不便，于是经常于南书房内以陪读文臣作以参谋机要，将内阁外朝政务分拨至“内廷”处理，进而使南书房的职能逐渐转变，愈加接近核心权力圈。
故而到了康熙中后期，形成了内阁、议政王大臣会议、南书房三者皆涉机要的局面，即“大事关大臣；群事关内阁；撰拟谕旨则关南书房”。长此以往，南书房因近水楼台之便，成了皇帝的机要参谋机构。
雍正七年（1729年），雍正帝为筹备对准噶尔部的战事，于户部之下设立军需筹备专项机构——军需房。这也是参照了南书房的模式，以信任的亲王、大臣做军事行动的参谋。随着战事的发展，雍正帝将军需房迁至禁宫门外，以便提升军务处理的效率，由此也更名为“办理军机事务处”。
军机大臣都是兼职的形式，雍正帝随时召见军机大臣询问战况、听取意见、作出裁决、军机大臣根据旨意草拟文书，不经内阁，直接发给有关官员执行。这在提高战时军务处理效率的同时，也削弱了内阁的权力，而军机处只是上传下达，皇权得到了空前强化。
（军机处）
虽然军机处是为筹备战事设立，但他对雍正帝的启发就是君主集权的重要性，所以雍正帝在之后不断分解内阁、议政王大臣会议的权力。
密折制度就是最好的方式，大臣绕过礼部通呈司，直接向皇帝上报机要的折子。这曾经是康熙帝监视江南反清复明活动的工具，曹雪芹的祖辈在江陵织造干的就是这种监视工作。雍正皇帝为了加强皇权，将这种制度扩大化，规定凡五品官员皆赐密奏之权。
我国第一档案馆现存康熙朝密折3119件，雍正朝的则达到4万余件，这无疑是增加了雍正皇帝的负担，所以军机处就顺理成章的成为雍正帝的阅折机构，这与内阁的票拟权如出一辙。
到了乾隆时期，军机处职能逐步增加，首先就是编制上：军机大臣额定扩充至六人，军机章京扩充至十六人，满汉各半，凡有重要策令下发，由军机处直接办理的为“庭寄”；由军机大臣转交内阁办理的则称“明降谕旨”。军机处在乾隆朝形成了中枢地位，将内阁推向了日常行政机构的位置。
在这种情况下，议政王大臣会议则彻底失去了存在的意义。乾隆五十八年（1793），裁撤了议政大臣的职务，决策权完全收归皇帝。
和珅出任领班军机大臣，凭着乾隆帝的信任，和珅要求“凡有奏折令具副本关会军机处”，渐而参与决策，将军机处的权力扩大。此时已经不是秘书机构了，正如明朝的内阁，他已经形成了与皇权的威胁。
嘉庆帝完全掌控政权后，及时纠正了这个局面，通过重其职能，轻其权力的方式，削弱军机处的权力，但并未改变其中枢的地位。嘉庆帝时军机大臣“承命办事”，这才算是皇帝的秘书兼跑腿，它虽具中枢职能，却在形式上始终处于临时机构，因此无法形成与皇权的抗衡。
从嘉庆帝到咸丰帝期间，军机大臣的品阶始终无定制，任免权完全由皇帝掌握，道光时还规定，各处发往军机处的奏折必须先经皇帝之手后，军机大臣才能阅览。
（总理衙门）
咸丰十一年（1861），随着总理各国事务衙门的成立，军机处便失去决策权。慈禧发动辛酉政变后，开启了以亲王担任首席军机大臣的惯例，这虽然提高了军机处的规格，但在慈禧掌权的期间，无论是重新设立的议政王，还是亲王掌管的军机处，都只是一个参谋机构，并无实际权力。
光绪十年（1884年），中法战争失利，慈禧将军机大臣全体罢黜，以醇亲王奕譞、礼亲王世铎、庆亲王奕劻充入军机，史称“甲申易枢”。这标志着军机处沦为慈禧的权力工具，并没有任何实际作用。直到宣统三年（1911年），立宪派以责任内阁取代了旧内阁和军机处，从此再无皇帝的秘书机构。
（预备立宪）
综上，无论是明朝的内阁，还是清朝的军机处，从根本上都不属于行政中枢，但在发展中都添加了行政中枢的色彩。明朝的内阁在前期有助于君主专制的加强，但到中后期发展至皇权的对立面。清朝的军机处则较为完整的承担了秘书角色，只是在乾隆帝时期出现了插曲，在权臣和珅的影响下，触摸到了皇权的尾巴。所以军机处能够代表君主专制发展至鼎峰，而内阁算是为这个鼎峰做了铺垫，是一次不错的尝试。
参考资料：《中国通史》、《明史》、《清史稿》、《康熙起居注》、《永宪录》
棍哥观史
内阁制度始创于明朝太祖朱元璋时期，当年他诛杀胡惟庸废除丞相制度后，直接指挥六部百官，殚精竭虑，可事实上偌大的明帝国，就算朱元璋精力多旺盛也很难做到事事完美，于是他就必须弄个“秘书班子”，来协助自己处理政事，内阁制度就是这样开始的了。
洪武十五年，仿造宋朝制度，朱元璋设立华盖殿、武英殿、文华殿、文渊阁、东阁大学士，统称为殿阁大学士，只负责顾问问询，不直接参与政事，这就是内阁的雏形。到了明成祖朱棣时期，内阁制度正式定了下来，规定四殿二阁必须选翰林官入阁，然后按照学士、大学士逐步升迁，以多人取代秦汉以来的丞相一人。
以明史所记，朱棣之后，内阁的职责有所增长，为“献替可否，奉陈规诲，点检题奏，票拟批答”，就是顾问、辅弼、上书、按照皇帝的指示来批答六部的题奏，然后再下发六部执行。由于内阁没有直接统领六部的原因，其主要权力全部集中于皇帝，加上有谏官势力和司礼监太监的多重钳制，所以有利于加强皇权。
到了清朝，依旧设立内阁，仿明中后期，其地位居于百官之首，可由于清朝是满人当政，所以在清早期，议政王大臣会议才是真正的政务中心，全由满洲贵族当任，至于内阁，则更像只是用来收买汉人人心的手段而已，其权力完全无法与议政王大臣会议相比。
清康熙年间设立南书房，将议政王大臣会议和内阁各自抽调了一部分政权交于南书房，实际上也是康熙用来集权的一种手段罢了。到了雍正时期，鉴于西北战事持久，故在隆宗门北边设立军机处，专门管理西北军务，可在西北战事平定之后，军机处却因为直接受命于皇帝而保留了下来，“掌军国大事，以赞机务”，之后继续发展之下，就连政务也管了，而内阁、南书房、议政王大臣会议虽都保留了下来，可权力已经几乎没有，南书房甚至只能管理皇家书画了。
也多亏了清朝皇帝没一个像明朝中后期皇帝那样慵懒不理政事，所以军机处也没发展成为明朝内阁那样集较多权力的情况，是真正意义上地君主集权的顶峰。
