福建土樓最終形成的過程，可分成兩部分：起源來在閩南，傳承來在閩西 。
前者是創意靈感，後者是群眾基礎。
雲水謠土樓
從閩中土堡、客家圍屋再到福建土樓，三者在傳承方面具有延續性，有點水到渠成的感覺，故而，更多的人願意相信福建土樓就是客家土樓。
但從客家民系的分佈看，福建土樓僅限於其東界的博平嶺之上，而真實的福建土樓分佈中心卻在漳州境內，顯然，將福建土樓歸入客家名下是不客觀的，因為這涉及到福建土樓的起源問題。
福建土樓，起源於閩南，隨著漳州人向西拓展而輻射至閩西的前哨永定，並以其優秀的防禦功能而在客家民居的基礎上反客為主成為博平嶺的民居擔當，這過程之離奇和周折，才使得筆者不得不用大量的篇幅描述福建土樓形成前整個福建的地理和人文狀況。
嚴格上說，福建土樓不算是閩南民繫有代表性的民居，閩南民居形式有二，其一為閩南沿海的紅磚古厝，其二為山區的夯土小樓，即前章所述福建山區防禦型民居的第二步產物。
福建土樓的前身，實為閩南地區在明代為抵禦頻繁且集中發生的各類山賊、海盜、倭寇侵擾的產物。
為了便於描述，本文將福建土樓的前身暫且定名為“龍溪土樓”，以便讀者識別它在閩南抵禦寇亂過程的產生地和傳播軌跡。
和貴樓
閩南因從五代開始，大規模參與海洋活動而變得富有和冒進，這也使得當明代不再開放海洋時，閩南人便開始偷偷摸摸下海走私，從而造就和引來了一大群盜賊。
從元末開始，倭寇由北及南不斷騷擾沿海地方，接著，在明洪武年間，戰敗而遁入海洋的張士誠、方國珍也屢次犯邊，這使得朱元璋對海洋產生抗拒和厭惡，一者禁民下海，二者沿海設防。
從此，閩南沿海便多了無數道防守城寨，“德興至閩，按籍僉練，得民兵十萬餘人。相視要害，築城一十六，置巡司四十有五，防海之策始備”，其中漳州在洪武二十年，依次建立浯嶼水寨一處，鎮海衛一處，千戶所三處，巡檢司十五處。
漳州衛所分佈圖
《八閩通志》記載了明成化年間漳州八個巡檢司的狀況：
濠門巡檢司城在府城東一二三都(海澄，今海滄)，周圍一百五十丈六尺，城北闢一門，建樓其上。
青山巡檢司城在漳浦縣東十五都浦頭社，周圍一百一十五丈，闊九尺，高一丈五尺，東西南闢三門。
洪淡巡檢司城在百社(東山)，周圍一百一十丈，闊八尺，高一丈五尺，東西闢二門。
金石巡檢司城在山東社(東山)，周圍一百一十五丈，闊九尺，高一丈五尺，東西南闢三門。
東沉赤山巡檢司城在上西社(東山)，周圍一百一十五丈，闊九尺，高一丈五尺，東西南闢三門。
後葛巡檢司城在漳浦縣東南九都大洋社，周圍一百一十五丈，闊九尺，高一丈五尺，
東西南闢三門。井尾巡檢司城在井尾社，周圍一百一十五丈，闊九尺，高一丈五尺，東西南闢三門。
島尾巡檢司城在島尾社(海澄)，周圍一百一十五丈，闊九尺，高一丈五尺，東西闢二門。
從分佈上看，漳州的巡檢司主要防守兩處，其一為漳南的漳江口，佈防力量多設在東山島，其二為漳北的九龍江口，集中於海澄縣，更多的點則設在此處未標註的廈門島。
雲水謠土樓
從巡檢司城的形式看，其周長大都為一百多丈，開闢城門2-3個，此即傳統的城牆，唯有位於海滄的濠門巡檢司城最為特殊，只設一門，且城牆之上建有樓房，這種特殊的結構與今日的土樓頗為相似。
我們稱之為“土樓一號”或“海滄土樓”，姑且將之算是福建土樓的起源原點。
洪武年間建置的諸多沿海衛所，到底有沒有產生效果，我們很難評定，但可以肯定的是有部分官員認為他們毫無作用，接下來的一個關鍵舉動便是將“孤懸海外”的浯嶼水寨內遷至廈門島。
這一動大有牽一髮而動全身的作用，於是，幾乎所有的衛所開始放鬆警惕，守軍無非渾噩度日子而已。
沿海的防禦也因此暴露出大量漏洞，閩南人開始瘋狂的出海，或經商、或為盜，總之，在明正德以後，整個閩南海氛徹底沸騰了 。
漳州走向海洋除了延續閩南海洋文化的基因外，也在於其人口的飛快增長，在元朝末期漳州的口數為10.13萬人，到了明弘治十五年(1502年)則增長至26.66萬人，嘉靖三十一年(1552年)更多達32.43萬人，一舉成為福建省人口最多的府。
土樓夯土
面對不斷增長的人口，當沿海出現海盜時，數量不多的巡檢司便顯得有的力不從心了，漳浦人林偕春在《兵防總論》說，“縣、衛之城，崇在數十里之內，而鄉鄙之民散在數十里之外，倉卒聞城(賊)，扶攜莫及，人畜幅輳，烏能盡容”，康熙《漳浦縣誌》對這種現象的處理對策做了補充，“是時，民罹海寇之禍，已而山寇踵至…村無完舍，民無定居，往往逃匿山中…於是有力者倡里人依險為堡，不能建堡者則攜老穉入縣城”。
也就是說，既然縣城和巡檢司城不敷使用，那麼便由“有力者”自己建造與之相同效果的堡壘便能達到自保的目的。
起初，百姓基本按衛所的模式建造城牆，只是因財力限制，無法使用規整的石頭，而只能用土、石混合或者完全用土夯實而成。
如明萬曆《漳州府志》關於詔安縣土城的記載共計五處：岑頭土城(在三都周圍八百四十丈，高一丈四尺)、梅州土城(在四都，正德三年築)、土橋土城(正德十年築，今圯)、上湖土城(嘉靖二十四年築)、甲洲土城(嘉靖二十五年築)。其中岑頭土城周長遠超巡檢司城，基本上把整個聚落都包圍了起來，形成一個不小的“城池”。
雲水謠土樓
漳浦縣的部分也記載了六都巨姓吳氏鄉民於正德元年向漳州府申請得築城自保，後遭兵火毀壞，後世鄉民於嘉靖五年花了四千六百兩白銀、費時三年重新建得周圍八百二十五丈、高一丈六尺的雲霄城；其他如十七都魯澤遠等重建赤湖城，正德三年四都築梅州土城，正德十年築土橋土城等。
如此規模宏大，數量眾多的土城多出現在正德至嘉靖初年，他們的出現使得百姓對抗賊寇的能力大大提升。
但自從嘉靖二十三閩南人在日本意外獲利後，閩南沿海的寇亂更是一下子達到了巔峰，之後二十年，其搶掠、燒殺之嚴重令人歎為觀止。
為了加強抵禦，單單靠耗費大量資金築造土城，是遠遠不夠的，特別是對人口較少的聚落根本起不到防禦的效果，於是一種更加緊湊的土圍、土堡出現了。如嘉靖二十八年所建的詔安縣白葉堡，周圍僅六十二丈，面積相較土城來講，大大縮小了。
趙家堡全圖
但，這裡面也涉及到一個封建王朝最關心的“制”的問題，如果平民百姓可以隨意建造城牆，那麼不就是默認大家可以據險各立山頭、自立為王麼？
土城、土堡之建自然沒這麼簡單，正德至嘉靖初年的築城，一概都是要向政府申請的。謝彬在《新築長嶼堡碑記》中稱，當賊亂四起時，“不良者樂禍亦厚，自為計不用官府之命，輒壞人之室屋、夷人之丘壠，營以為巢壘，率不戒而就，且益堅以浚，而不良者有所憑依以益肆其惡矣；間有良者無力以徙，又不敢自為營寨，相率叩首於官府之庭，願殫力以為土堡，則官為任人以董其成，立長以聯其治，而良者亦庶有所賴以完殳母妻子”。
因此，土城、土堡之設，大多是在官府的默許下進行的，他們算是官府運用民間的力量共同完成防禦寇亂的結果。
到了嘉靖三十五年，局勢越發嚴峻，單純靠民間主動申請、官府審批的方式，完全滿足不了廣大群眾自主抵抗外敵的熱情，於是官方正式發出號召，允許百姓主動防禦，“都御使阮鶚誡諭居民築土堡為防禦計”，良者與不良者紛紛築堡，“由是漳境內城堡營寨恭置星列，蓋良者半，不良者半”。
萬曆《漳州府志》的兵防志對漳州土城、土堡的建構歷史做了總結，“漳州土堡，舊時尚少，惟巡檢司城及人煙輳集去處設有土城，嘉靖四十等年以來，各處盜賊生髮，民間團築土圍、土樓日眾，沿海地方尤多”。
那麼，按土城、土堡、土樓出現的先後順序看，他們又有什麼樣的聯繫，和今日的土樓有什麼關係，“海滄土樓”應作何解釋？
雲水謠土樓
《新築長嶼堡碑記》中關於長嶼土堡的格局有詳細的描述，“其堡為垣，長若干丈，高二丈有奇，厚半之，厥垛四百，厥門四闢”。
顯然土堡還是保留土城的樣式，只是規模更小一些。
與之同時代的黃文豪，最早通過詩詞《詠土樓》留下了當時土樓的樣式，“倚山兮為城，斬木兮為兵，接空樓閣兮跨層層”。
土樓的樓閣從高到低層層分佈，其構造已然同今日的福建土樓相同，顯然它不是單純的城牆，而是將牆升級為承重牆，既可防禦，又可居住，合二為一。
同樣在漳州，為何在土堡擴大築造範圍後，會出現土堡和土樓這兩種不同規格的堡壘？問題就在於不同地區選擇的參考模板不同。
前已說明，土城、土堡的構建，皆是仿沿海衛所城的型式，其中數量最多的巡檢司城大多分佈在漳江和九龍江出海口，漳浦、詔安等漳南地區自然會選擇
當地的巡檢司城作為參照物，而龍溪和海澄等漳北地區亦然。此時，構造截然不同的“海滄土樓”濠門巡檢司城便成了龍溪、海澄縣人的目標。
我們再回顧成化年間漳州地區的八座巡檢司城，海澄境內僅兩座，島尾巡檢司城遠在鎮海角一側，距離漳州府城所在九龍江中下游頗遠，故而位於九龍江出口核心航道北側的濠門巡檢司自然成了府城一帶不可替代的唯一標本。
於是，漳州地區，以九龍江為界，其北及西以土樓為主，其南遠至漳南則以土堡為多。
漳州萬曆初年土樓分佈圖
以縣為單位計，龍溪縣共有土城二，土樓十八，土圍六，土寨一；漳浦縣土城五，土堡十五；詔安縣土城三，土堡二；海澄縣土城三，土堡九，土樓三。龍溪縣位於九龍江之北和西，漳浦縣和詔安縣位於南，清一色的土堡、土樓之別，僅海澄縣兼有南北兩岸而二者皆有。
再細分至九龍江西溪和北溪的土樓分佈，龍溪縣的土樓以北溪二十五都為最多，華封土樓、埔尾土樓、上坪土樓等八座，其位置即對應今華安土樓分佈區。
因此，我們可以稱此時期九龍江流域的土樓為“龍溪土樓”。
隨著倭寇的平定，閩南地區的大環境又趨於安定，以海為生的閩南沿海人重新迴歸傳統的海洋活動中，土樓的建築形式已經滿足不了閩南人對傳統倫理和品質生活的要求。至萬曆元年，“各堡近多廢墜 ”，至遲到明崇禎年間，大部分以防禦為目的的土樓便廢棄不用了。
以海澄縣土樓為例，原建於嘉靖年間的三座土樓，到崇禎年間增加至四座，其中鍾林尾土樓、青礁土樓和登瀛土樓已標記為“今頹”，而與之同載的土堡，也出現“稍頹”的現象。
雖然它們未在萬曆大地震中傾塌，但幾乎都毀於清康熙年間的遷界中，清末《三都聯絡局原序》則寫道，“自戚繼光、鄭成功後，沿涯石砦、土坍，累累入望，諸父老猶能指數道之”，可見海滄曾經遍佈各社的土堡、土樓更像是歷史的痕跡，只存在於當地百姓的念想中，而不是實實在在用來居住的。
與沿海土樓、土堡紛紛廢棄不同，漳州西部山區，卻迎來土堡和土樓的新生。這應該歸結於閩客兩個民系在該時期同時向博平嶺一帶遷徙的共同作用。
閩南土樓基礎
漳州屬縣的建置，歷史上共有兩個爆發期，第一次是唐代平定蠻獠，勢力僅限沿海及九龍江流域，值得一提的是龍巖縣與九龍江上游的交通優勢已經深入到博平嶺西北側；第二次是明代中期平畲，閩南的管轄區域終於覆蓋到博平嶺東側，這一成果來之不易，從元代一直到王陽明徹底平亂，經歷了近兩百年的時間。
但從整體趨勢看，漳州的人口流向，扣除平海的因素，主要的方向有二，一為從沿海不斷向博平嶺東側進發，二為沿著九龍江向博平嶺北側拓展。
因博平嶺西北和東北側均為閩南民系分佈區，因此博平嶺北側的漳平縣並未出現土樓的跡象，僅有零星的大田土堡分佈，而在稍南的東北側最高峰附近，則出現了規模較大的華安圓形土樓，他們便是“龍溪土樓”在明清之後抵禦“泉郡畲家”的自然延續。
一直到博平嶺中南部的東西兩側，開始出現大規模的土樓，按《平和縣誌》的記載，“和邑環山而處，伏莽多虞，居民非土堡無以防衛，故土堡之多不可勝記”，因平和乃割漳浦西北和南京西南地建置，因此不管是漳浦土堡還是龍溪土樓，
平和縣一概混稱之為土堡。至康熙年間平和志書中所載的土堡，數量已高達一百五十八座，基本為同姓或同社諸姓合築，體現了集體禦敵的作用。
而同期，原本是土堡密集分佈區的漳浦縣，至康熙年間，其載有土堡數量則僅三十五座，這也印證了平和地區“山寇不時竊發”的事實。
土樓基礎
土樓在博平嶺中南部的大量分佈，與當地畲家的漢化歷程有關。
從唐代陳元光父子平蠻開始，原本擁有廣闊生存空間的“蠻獠”被迫縮緊至閩粵贛山區之中，隨著閩西南、粵東北和閩南建置的拓展，“蠻獠”及其他稱謂的“畲客”生存空間再度被壓縮。未能深入大山的畲瑤人，有的開始與漢人接觸，並由免賦向輸半賦再到與漢人轉變。
從宋代開始，這些漢化的畲客不再只是“自結婚不與外人通”的“稚髻洗足，以盤、藍、雷為姓”之群，他們甚至也發起了宋末陳吊眼起義，元代李勝之亂，給予當時的統治者以強大的震撼，遑論小規模的寇亂，使得其所在區域不得不“築堡防衛”。
到了明代，“明初，設撫猺土官，使綏靖之，略賦山稅，羈縻而已。其賦籍則論刀若干，出賦若干，或官府有所征剿悉聽調用。若索取山獸皮張，使流離不安，其生遂為患矣。”
正是明代土官索取無度，才使得畲瑤在明代早中期發生大規模的叛亂，從而
促使官府不得不調兵遣將加設永定縣、平和縣予以鎮壓，也因此，至少在明成化以後，福建南部畲客最後的領地博平嶺開始了對抗式融合，這便是土樓大量存在的沃壤。
萬曆初年九龍江流域土樓分佈
至康熙年間，平和縣域內“今則太平既久，聲教日訖，和邑諸山，木拔道通，猺獞安在哉？蓋傳流漸遠，言語相通，飲食衣服起居往來，多與人同，猺獞而化為齊民，亦相忘其所自來矣。”
綜上所述，福建土樓的起源，從歷史延續的脈絡看，主要為福建西部南渡漢人與當地“蠻獠”、“畲客”對抗性融合過程中因防禦需要而不斷改造中原四合院的結果；隨著客家人和閩南人向博平嶺建置擴展和人口輸入，彼此之間在摩擦和融合過程中，各自引入了閩西府第式堡壘和閩南抵禦倭寇的土堡、土樓，從而創造出適合當地地情的福建土樓並廣泛傳播和延續。因此，福建土樓的產生和傳播是閩南和客家民系共同作用的結果，是他們面對寇亂的應激反應，也是不同民族、不同民系對抗式融合的見證。
