肝功能检查是诊断肝胆系统疾病的一种辅助手段，如果要对疾病作出正确诊断，还必须结合患者病史、体格检查及影象学检查等，进行全面综合分析。需要指出的是，肝功能检查的项目有很多，但是并不是每一个检查项目都需要做，通常医生会结合患者病史和症状选择一组或其中几项检查。
肝功能检查是协助诊断各种肝病的常用检查手段，诸如急性病毒性肝炎、慢性肝炎、肝硬死、肝癌等，帮助了解肝脏损害的程序、转归及预后等，但不能检查出肝癌，这主要是因为肝功能主要是反映肝实质损害、胆红素代谢及胆汁淤积、肝纤维化以及肝脏合成功能的指标，并不能直接反应肝脏是否有占位性病变。所以，肝功能不能直接检查出被检查者是否患有肝癌。
目前，临床上诊断肝癌的方法主要有肝癌血清标志物甲胎球蛋白（AFP）测定与医学影像学检查，肝病B超、CT、磁共振成像（MRI）等。临床上出现甲胎蛋白偏高的原因大多是肝细胞发生癌变引起的，AFP的异常可早于影像学和临床症状，AFP测定结合超声检查是目前对肝癌高危人群普查的主要手段。
值得注意的是：肝癌时肝功能检查项目中的乳酸脱氢酶、γ-谷氨酰转肽酶、碱性磷酸酶等指标都可明显高出正常值，所以肝功能检查常做为肝癌的辅助检查项目，也就是说当发现肝功能中上述三项明显高出正常水平时，特别是慢性肝病患者应引起高度重视，及时去医院做相关检查以明确诊断。
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