循環冷卻水系統除了控制腐蝕與結垢兩個方面外，還有一個重要因素指標——微生物。微生物的滋生與否對循環冷卻水系統的良性運轉起到關鍵作用。較為常見的開式循環水系統中，微生物滋生最為常見，造成冷卻系統的布水器、盤管以及水池底部有大量藍藻、綠藻以及微生物黏泥。
冷卻水微生物汙染原因分析
冷卻塔中的水從上面噴淋過程中，也會將空氣中的微生物帶入循環水系統。補水中也存在著大量微生物。而冷卻塔的設計溫度32℃~42℃，也給微生物的生長繁殖創造了良好的生存環境。
（微生物顯微鏡下狀態）
冷卻水微生物汙染的危害
首先，我們要明白微生物個體，一般都是能自我繁殖、多功能、體積小面積大的單細胞系統。不是所有微生物都是引起冷卻水系統故障，但在工業冷卻水系統運行中，常會有一些引起故障的微生物，它們分別是是細菌、真菌、藻類。
一般來說，藻類並不會直接引起腐蝕。但它們生成的沉積物覆蓋的金屬表面，會形成差異腐蝕電池而發生沉積物腐蝕。常規條件下，用擋板、蓋板、百葉窗等遮蓋冷卻塔和水池，阻止陽光進入冷卻水系統，可以控制藻類的生長。一般工業水處理會投加含氯殺菌劑進行控制微生物腐蝕，含氯殺菌劑對於藻類微生物的控制十分有效。對於冷卻水系統微生物的控制，我們一般採取衝擊性投加殺菌劑進行處理，通過觀察藻類的滋生規律情況，定期對系統投加殺菌劑，可以及時殺滅藻類。
（冷卻塔殺菌處理）
上圖為某現場微生物處理前後案例，殺菌劑的投加能極大程度上殺滅系統中的藻類等微生物，為企業用水保駕護航，同時藥劑不含磷等元素，很好的保護了周邊環境。
解決微生物汙染帶來的效益
例如在電廠，就可以提高汽輪機凝汽器的真空度，一般可提高7～8％，提高汽輪機的功率，提高電負荷5～6％，增加發電能力；如應用在低壓鍋爐爐內處理，不但可將水處理運行費用從僅使用爐外處理方式時的0.5元/噸降到0.3元/噸左右，而且據統計，可使每臺2t•h-1的鍋爐節煤約5%；現代工業一般水冷換熱器在未進行水處理時的壽命為2年左右，經水處理後的壽命可達7~8年，檢修費和檢修工作量可降低90%，一個小型化工廠由此節約的檢修費即可達50萬元。
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