人参的杯具
题主具有这样的觉悟，让人惊讶啊。
不过我想说，你提及的诸如官僚作风严重、体制僵化、导师不学无术等，更多的是硕士、博士层次考虑较多的内容，而且作风、体制问题在高校系统基本都是类似的，相对来说中科院读研，学术研究氛围相对自由些。比如导师，在大学基本只有个辅导员，少量学校的辅导员经常露面，大量辅导员一年见个几次面，开学、放假各一次。
就个人而言，如果对体制、作风等特别敏感的话，尽量尝试部分联合作办学，比如香港中文大学（深圳），只简单提及个乙区，18年全国乙卷的10个省市（安徽、湖北、福建、湖南、山西、河北、江西、广东、河南、山东）的一本线差异极大，同时不清楚文理科清楚，620实在没法给你估算。如果是文科，部分省市的620分你也可以直接选择香港大学、香港中文大学等8所港校，需要注意网上报名、面试考核的时间节点。报考港中深流程相对简单，本科期间同样有机会去剑桥、哈弗等名校做交流。说到这里，地处深圳的南方科技大学对外交流也相当多，联系的境外学校水平很高，接触的牛人也不少。不过这2所学校和国内的传统的985高校不同，褒贬不一，不过从你想要的学校类型来看，对你可能比较合适。
说句实话，在大学内学不学都看你自己，我高中后面的学弟中就有考入清华被劝退的，也有普通大学考入清华大学读研读博的。如果不想去类似的合作办学高校，相对来说，北京、上海等发达区域的985名校能给你你提供的机会更多，不同学校之间的交流更方便，可跨学校选修课程，期间能接触的同学、老师更多。同时，国内外不少高端学术会议（硕士、博士跟着导师参加的比较多）都会选择北京、上海等城市作为会场所在地，本科生也可以不用注册，直接蹭进去听报告，甚至向做报告的专家提问。
至于你提及的不建议报考的大学，实在没法回答，毕竟你这个分数可以进的学校，都可以巴拉巴拉几个大牛级的校友。当别人可以的时候，我们就不能找借口，只能找到自己还需要努力的地方。
希望对你有所帮助:(