发生同一处宅基地出现两种宅基地使用证，村支两委应该马上组织本村村委会成员查询本村土地使用证底卡，因为办理农村宅基地使用证的申请书是一式三份，村委会、当地土地主管部门（乡镇国土资源所）、县级国土资源局各持有一份。
在本村查询不到的情况下，由本村村支两委出式材料写用原因，由宅基地使用证持有者带宅基地使用证原件、本人身份证、户口本以及村支两委出据有证明材料到当地土地主管部门申请查询。
在当地土地主管部门再查询不到的情况下，由当地土地主管部门向县级土地主管部门申请查阅该处宅基地使用证底卡。
如一方宅基地使用证实属伪造，可以申请有关部门追究其法律责任。
如双方基地使用证全部确实有效，可由县级土地主管部门委托土地管理人员调查情况，待事实调查清楚后，调查情况报县级土地主管部门认定原因后，向当地人民政府报告，经政府确认无误后，可申请当地人民法院裁决。