付加苗子
田余庆先生在《东晋门阀政治》一书中提及：
回顾晋末历史，事端迭起，矛盾交织。各种矛盾在局势的演化中都起了自己应起的作用。我在这里试图说明的问题只是：各种矛盾的发展都受这个时代的主要矛盾的制约，都在促进次等士族夺取门阀士族的统治权力，从而完成（晋）孝武帝开始的重振皇权的过程。“晋祚尽昌明”，而继立的宋祚却执行着司马昌明（晋孝武帝）的遗嘱；其中被扬弃的，是以“王与马共天下”为开端的门阀政治。这是一个历史的辩证过程。见《东晋门阀政治》“刘裕与孙恩”章第五篇：孙恩、刘裕与次等士族。从门阀政治的“变态”回复到皇权政治的传统，是东晋末年的历史大势。刘裕之所以能击败桓玄，与这一大势是分不开的，可以说，种种原因都是围绕这一大势展开的。
东晋门阀政治本身东晋皇室（司马家小宗）与南渡北方世族相互妥协的产物。这种政治妥协是脆弱的皇权与侨居的世族联合的临时机变产物，一旦世族腐化，便无法阻挡皇权政治在时来运转之后的回归。
世族门阀本身，为了维持各家的地位，就不可能允许一家独大；为了维持世族门阀的一致利益，也不可能容许司马皇室重振皇权。而上述利益诉求，还都是建立在东晋那脆弱的内外形势之上。因此东晋门阀政治本身的维持，就必须依靠高智商情商的政治人才来运用手腕平衡各方关系。这也是王导、谢安对于东晋政治的作用所在。
桓玄从灭殷仲堪取得长江中游割据优势开始，到入京篡晋，各家门阀之所以大多持默许态度，是因为前一阵东晋孝武帝与司马道子父子的一系列重振皇室型政治动作，严重触犯了世家门阀的政治利益，并有进一步威胁各大门阀庄园经济利益的可能。可以说，各家门阀对桓玄上位的默许，并非对桓玄本身的认可，而是对东晋皇室的自保式反击。各家门阀是希望桓玄能够在上位后继续维持门阀政治及其背后的经济利益的，各家门阀的心目中，希望桓玄最好是像王导谢安一样的斡旋宰相。桓玄之所以能够使刘牢之率领北府兵归降，并借此彻底掌握局面，并非桓玄与北府兵关系有多铁，而仅仅是因为刘牢之对司马元显的不满与忌惮。
然而事态的发展使得各家门阀和北府诸将都对桓玄失望了。
骄奢荒侈，游猎无度，以夜继昼。百姓疲苦，超爷劳瘁，怨怒思乱者十室八九焉。 ----------《晋书·桓玄传》桓玄篡晋侵犯各大门阀世族政治利益不说，还完全没有一个开国之君应有的励精图治的样子。逼得上至门阀世族、下至平民百姓的东晋士民离心离德。失民心、失士心，仅凭桓家上一代人（温、冲等人）积累的军功，也无法挽回日益流失的统治基础。一个新皇权，没有威信，没有民心，不是纸老虎，又是什么？桓玄诛除北府将领，解散北中郎将府，虽说这是拔出京扬方面足以抗衡桓家荆襄之军力的举措，但大量被解散的北府兵出身低微，他们的出路也便只剩下北遁或造门阀的反。
刘裕的崛起，主要依靠刘穆之、刘毅、诸葛长民、檀道济、王镇恶等次等士族重组出一支崭新的北府兵，这支军事力量，从将领到兵卒都是次等士族以下的阶层出身。这种阶层结构决定了该军事集团的务实能干色彩，这种凝合了中下层精英的新军事集团战胜桓玄代表的腐坏了的旧门阀，是大势所趋的。在这种新生中下层军事集团的对比下，即便是旧门阀也能看出孰优孰劣，桓楚政权不仅无法保障门阀政治的平衡，连皇权政治的标准都达不到，跟着桓楚迟早要完。
陈郡谢晦谢述谢灵运、太原王懿、彭城刘荣祖、颍川庾悦庾登之、琅琊王诞王惠王准之王景文、陈郡袁湛、太山羊玄保等世家大族纷纷在刘裕霸府时期加入刘裕集团也算是一个侧证。虽然刘裕造宋也遭到不少旧门阀人士反对，但好歹人家刘裕有强有力的军事功绩、军事实力与军政人才，以至于旧门阀实力只得放弃门阀政治诉求，改为向新皇权妥协。桓楚在没有做到上述三军之前，便为了个人野心匆匆篡位，是典型的作死。而且桓玄的出身决定了他的使命只能是修葺孝武帝与会稽王破坏了的门阀政治之平衡，然而他却妄图依靠祖辈军功僭越晋统，这就是典型的搬起石头砸自己的脚了。
寒鲲
主要原因是因为桓玄不得人心，而且骄奢荒淫，游猎无度，使得百姓苦不堪言，朝野劳瘁。其次，刘裕手底下有一大帮的兄弟死心塌地的跟随他，而桓玄众叛亲离。
元兴三年，北府兵将士刘裕，刘毅，何无忌，诸葛长民，魏咏之，檀凭之和刘裕之弟刘道规等纷纷起兵讨伐。刘裕与何，檀斩桓修于京口，又与刘道规，孟昶等斩桓弘于广陵。刘裕暗中策划，以河内太守辛扈兴，弘农太守王元德，振威将军童厚之等在建康为内应。刘裕率军进逼，桓玄急加桓谦为征讨都督，以殷仲文代桓修为徐，兖二州刺史，又派遣吴甫之，皇甫敷阻拒义军。刘裕先后斩吴，皇甫二人，接着又大败桓谦的两万军队。桓玄挟持晋安帝司马德宗西奔，刘裕入建康。
桓玄至浔阳，江州刺史供给器甲兵力，桓玄又西上江陵，收集荆州兵，不出二旬，众至两万，楼船，器械甚盛。桓玄于是又率战舰二百艘，由江陵东下，与刘毅大战于峥嵘洲，刘毅因风纵火，桓玄大败，逃回江陵。益州刺史毛璩弟子毛修之为桓玄部下，诱桓玄入蜀，至江陵枚回洲，桓玄被益州督护冯迁杀死。义熙元年（405），刘毅攻入江陵，斩桓玄党羽，尽灭桓氏，迎安帝还建康，刘裕都督诸州军事，控制了东晋政权。