1.“三权”的各项权利收益分配需要明确
一是集体所有权和承包经营权冲突。我国提出的一系列稳定土地承包关系的政策，不断加强农民在一定土地上的长期承包关系。这将不可避免地导致集体所有权的削弱与土地承包经营权增强之间的冲突。此外，在集体所有权的行使过程中，也出现了一些地方集体组织“增加人口而不增加土地”、“人口减少而减少土地”和频繁调地，导致农民对于承包的土地权属的预期不稳定而不敢大胆投入和经营。
土地流转大厅外景
二是平衡承包经营权与经营权的利益矛盾。首先，将承包地流转出后，农民可以获得收益。如果当土地流转合同未到期，这些农民必须重返农村生活时，会导致这些农民生活没有基本的保障。其次，农业是投入大、周期长、回报速度慢的产业，如果土地流转期短，那么经营权人在土地流转合同规定的期限内可能没法收回投资，反而还可能会造成亏损。如果土地流转期限较长，承包权人相当于卖掉了土地经营权，一旦想要收回土地经营权时，法律上得不到支持。最后，承包方和经营方对于流转土地价格的矛盾。对于土地流转价格来说，承包权人和经营权人存在着相反的心理预期。为实现土地流转，通常的情况是双方各让一步，最终达成较为满意的流转价格。
2.享受农业补贴政策人需要明确
粮食补贴现场兑付
在发放农业补贴时，一般是由土地承包权人获得农业补贴，这种做法打击了农村土地经营权人的积极性。作为农村土地的实际经营者，他们承担着因霜冻、冰雹、洪涝等种种原因带来的风险，因而经营权人更需要获得农业补贴。
3.土地征收补偿主体和客体模糊
违法用地的宣传标语
首先，土地出让金额巨大，导致政府征收土地的意愿强烈。其次，农民获得的土地补偿款少，这不利于保护农民财产权。再次，法律上没有规定承包权人和经营权人对于流转后的土地征用补偿分配问题。虽然有关法律解释明确规定了土地流转后青苗补偿和地上附着物补偿标准，但是我国的最高司法解释没有对流转而未到流转期限的土地经营权进行保障，损害了土地经营权人的利益和积极性。