1、采收
采收时应选择充分膨大、果肉厚而坚硬、果面光亮的绿熟果。采收时要捏住果梗摘下，防止果实受伤；最好用剪刀带柄剪下，落园后可带枝剪下或连秧拔起。将采摘的果实放入袋或垫有纸的筐里，于普通房间或库内放置1-2天，让果柄伤口愈合。
2、防腐处理
采前10-15天将50毫克/升（50ppm）甲基硫菌灵（甲基托布津）或250毫克/升（250ppm）多菌灵喷于果实上，可防止或减轻青椒贮藏期的腐烂，采后贮藏前用2000毫克/升（2000ppm）甲基硫菌灵（甲基托布津）、1000毫克/升（1000ppm） 噻菌灵（特克多）、0.1%漂白粉药液浸果3-5分钟，若以上三种药液中加50毫克/升（50ppm）2，4-滴则能更好的防止青椒蒂部腐烂。浸药完毕，将果实晾干即可贮藏。
3、 贮藏特性
青椒适宜的贮藏温度为8-10℃，适宜的相对湿度为90%-95%。贮运过程中需采用包装保湿，不可长期裸露。
气调贮藏可推迟青椒后熟变软，一般氧为2%-8%，二氧化碳1%-2%较为适宜。某些品种的青椒对二氧化碳气体十分敏感，超过2%时会发生伤害，导致腐烂。
4、贮藏方法
（1）沙藏 : 在沟内、窖内或包装容器内，用略湿（但手捏不成团）的沙子将青椒包埋用以保持果实水分、维持贮藏温度，简便易行。 一般在窖内挖深1米的沟，沟宽不超过1米，长不限，视贮量而定，一般为东西走向。果实在沟内散堆时，沟底部铺5厘米略湿的沙子，上面均匀铺一层经浸过50毫克/升（50PPm）仲丁胺的药纸，其上再盖2厘米厚的沙，将青椒果柄朝上码于沟中，码一层椒，撒一层沙，以盖没果实力度，如此方式码4-5层椒，最顶层用约6厘米厚的湿沙覆盖，沟顶上横放秫秸或竹竿，再盖草帘。也可以将果实装筐，筐内用细沙层埋。
在菜窖和库中，也可以在地上用沙埋藏，但也只能埋4-5层，堆大堆高时，果实产生的热量不易排放，也不便于管理。贮量大时，可在窖中放置用木板做成长1.5-2米，宽、高各1米的菜架。用漂白粉或生石灰粉消毒后，在菜架上沙埋，方法与沟藏一样，埋3-4层果实后，上盖5-6厘米沙，最后用聚乙烯膜覆盖，插上温度计。贮藏前期，温度高于10℃时，夜间打开窖或库的门窗或通风口，同时揭开塑料膜降温；白天关闭，以防温度升高。天气转凉后，温度差别不大时，只通过揭膜与盖膜就将沙温调在8-10℃，库内温度低时，还可采用覆盖物保温。
（2）气调贮藏 :塑料袋小包装气调是将浸完药晾干的果实10千克装入0.04-0.06毫米厚的聚乙烯薄膜袋中，扎紧袋口。每袋用直径0.12毫米的针在膜表面戳孔25-35个，便于透气，以防二氧化碳中毒。将孔朝上平放于菜窖地面或窖中菜架上贮藏。也可以做成小袋，每袋装1千克青椒，松扎口，码放架子上，以3-4层为宜，太高则相互挤压，对贮藏的果实不利。通风窖在果实装袋前就调至8-10℃，贮藏中窖温的控制与前面相似，通过通风调节，半月左右抽样检查一次。平常管理中应随时注意袋内果实的贮藏情况。
大帐气调是将果实装筐垛藏，垛底垫一0.02毫米厚的聚乙烯膜一块，然后垫一层木头或砖，上面垛5-6层筐，10-20筐为一垛码成品字，便于通风排热。垛最上层的筐上面盖2-3层报纸，以防结露水滴在青椒上。气调时，可用充氮快速降氧使氧达5%-7%，也可采用自然降氧法。每天应分析氧和二氧化碳含量，当氧低于2%，二氧化碳大于5%时，通入新鲜空气调整气体成分。最简单的是帐不密封，并在帐上每平方米打1-2个直径约0.5厘米的孔透气，防止帐内二氧化碳过多，但这种方法帐内一般氧气含量较高，起不到很好的气调效果。每10-12天拆帐倒动，剔除腐病果，擦去帐壁水滴或换上新的干帐。
（3）筐藏法:贮藏前，将蒲包洗净浸湿，最好用0.5%的漂白粉浸泡消毒，沥于后衬筐，装果，码入窖内，垛的表面也用湿蒲包片覆盖，每7-10天倒筐检查一次，同时更换蒲包，换下的洗净、消毒，可以再用。温度的控制方法与沙藏一样。