洪武元年（1368年），朱元璋于南京称帝，国号大明，年号洪武。洪武元年（1368年）七月，各路大军沿运河直达天津，二十七日进占通州。八月，明军进逼北京，元顺帝带领三宫后妃、皇太子等开健德门逃出大都，经居庸关逃奔上都。
当时跟随元顺帝北逃的有很多的王公贵族，他们弃城而走，全部逃往蒙古草原。其余库库帖木尔、李思齐等手握重兵勇于内战的军阀，在明军攻来时，全部逃跑。蒙古在中原98年的统治结束，明朝取得了在长城以内地区的统治权，中国再次回归到汉族建立的王朝的统治之下，同时丢失四百年的燕云十六州也被收回。
朱元璋是中国历史上最杰出的君主之一，他一生勤于政事，建树颇多，特别是创设了大量的制度典章，不但打下了明朝近三百年基业，还影响到清朝。自明到清，中央集权的政治统治和统一的多民族国家的行政管理制度渐趋完备。
朱元璋最重要的功绩是驱逐胡虏，除暴乱，拯救汉民族，平定天下，成功复国，废除了蒙古人制定的种族等级及压迫政策，恢复了中华，带领华夏复兴。他从天灾人祸和饥寒交迫的钟离村，一直到南京登基，和他的文臣武将所走的这条道路，不仅仅是为私人和某个阶级的利益，如同他的自述——我本淮右布衣，天下于我何加焉。
朱元璋胸怀韬略，深谋远虑，善于驾驭战争，掌握主动权。注重招贤纳士，广采众议，严格治军，完善军制，练兵育将，强调将领要识、谋、仁、勇兼备。主张寓兵于农，且耕且战，保持一支强大的武装力量。
朱元璋为御侮防患，在位期间曾两次分封诸子为藩王。藩王各拥重兵，坐镇一方，其中尤以秦、晋、燕、宁诸王势力最强。洪武二十五年（1392年）太子朱标病故，继立为皇太孙的朱允炆对诸王势大难制深感忧虑。朱元璋晚年，功臣宿将被诛杀殆尽，北方军事均以诸王主之。不久，秦王朱樉、晋王朱棡先后死去，而燕王朱棣与周王朱橚及齐、代诸王均拥兵自重，多行不法，朝廷孤危。
公元1399年，朱允炆即位后，即与齐泰、黄子澄等密议削藩。以燕王朱棣势大难图，故削藩自朱棣同母弟周王始，周、代、岷、湘、齐诸王先后削夺，湘王自焚，余皆废为庶人。为图朱棣，朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平（今北京），另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强防燕措施。
建文元年六月，齐泰将燕使邓庸下狱审讯，具得朱棣将举兵反状，乃发兵逮燕府官属，并密敕张信逮捕朱棣。张信为朱棣旧部，此时遂降朱棣，朱棣随即为备。七月，朱棣以计擒杀张昺、谢贵（装疯以麻痹二人），并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。
战事之初，因北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多，朱棣军先后下通州、蓟州、怀柔等城。建文二年四月，双方战于白沟河，李景隆战败，燕师乘胜围攻济南。六月，江防都督陈瑄以舟师降燕，燕师渡江，下镇江，直逼南京。谷王朱橞与李景隆开金川门降，南京城陷，宫中火起，朱允炆不知所终。
朱棣攻下南京后，在拒绝了他的支持者们反复几天的劝进之后，于1402年7月17日即皇帝位，但不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位（废除建文年号，建文四年改称洪武三十五年）。在攻下南京城后，几名太监发现了两个锦囊，太监们不敢打开，遂呈给了朱棣，朱棣打开一看，吓的直冒冷汗。
原来朱元璋在临死时早就做好了安排，他秘密设计了两个重大阴谋，这就是那传说中的两个锦囊。第一个是：朕死后，朱棣必然造反，朱允炆必须在朱棣前来奔丧的时候将他杀死，这样才能保住皇位。第二个是：允炆一旦遇到困难，可打开宝箱，按此行事。旁边的宝箱内是一份度牒，袈裟和黄金。这些东西都在，但是朱允炆却不见了。
这种种的情况说明朱允炆早就知道了这件事，但是他并没有采取行动，这让朱棣冷汗直冒，如果朱允炆按照朱元璋留下的密信行动，朱棣没有任何活路。而朱允炆还没有使用袈裟、度牒，这说明他另有逃生之法，可以不用朱元璋设计的后路，朱棣害怕自己的侄子还有其他后手没有使出来，害怕不已。于是大力派遣手下去寻找朱允炆的下落，甚至打造宝船让郑和去西洋寻找，可见朱棣到底有多在意这位侄子，恐怕他这一生都生活在恐惧中吧。
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