1241年，窝阔台汗去世。如果蒙古的西征大军不是因为在1242年初得知窝阔台大汗的死讯而东还，或许维也纳这座“音乐之都”在美妙的圆舞曲尚未诞生之前，便在蒙古铁骑践踏之下沦为历史的陈迹了。
窝阔台汗于1241年暴死后并未指定继位者，因此诸王大臣推窝阔台的妻子乃马真后临朝称制。直到5年后的1246年，在又一次“忽里勒台”大会上，各地的”宗王和异密们各自带着自己的部属和侍从们来临了”，乃马真后将自己的儿子贵由推上了汗位。为了笼络人心，贵由大赏众人，凡是参加了“忽里勒台”大会的人员，包括诸王的随从都得到了赏赐，但因为货物太多，仍旧没有赏完，最后贵由索性下令打开仓库大门由人自取，爱拿多少拿多少。如此大款派头，令来访的罗马教廷使节普郎迦滨大为惊叹。但在如此繁华盛会的背后，是这次的“忽里勒台”缺少了一位重量级人物出席。这就是宗王之长，术赤系的拔都。拔都缺席不是因为路远，而是他和贵由有仇，根本就不肯来。
贵由汗
说来话长， 就在西征的过程中，拔都和贵由发生了严重的冲突。在一次宴会中，拔都先喝了一两杯。按说他既是大军统帅，又是黄金家族第三代的长兄，这本无可厚非。但贵由却以为这是把看成低一等的人，辱骂拔都是带弓箭的妇人，仗着贵由的威势，察合台的孙子不里竟辱骂作为伯父的拔都是有髯的妇人，并用脚后跟顺势把拔都踢翻了。事情传到蒙古汗廷，窝阔台只轻描淡写地让贵由向拔都道歉，至于不里则假惺惺地交给最最宠爱这个孙子的祖父察合台去处置。然后，就没有然后了。到窝阔台死后，拔都得知“忽里勒台”准备推荐仇人贵由继位，干脆留在了钦察草原，借口身体不好和腿病不来参加“忽里勒台”。
无论怎样，拔都的缺席显然冒犯了汗威尊严（至少贵由汗如此认为），拔都的敌对态度，使贵由对他更为怨恨和疑惧。为防止可能发生的政变，贵由在登基大典上要求向他劝进的诸王发誓保证““只要你的家族中还留下哪怕是裹在油脂和草中，牛狗都不会吃的一块肉，我们都不会把汗位给别人”，也就是以后把大蒙古国的汗位永远保留在他的家族内。
这还不够，刚愎自用的贵由又采取了进一步的行动。在继位的第二年，他借口“ 父亲（窝阔台）给我的旧禹儿惕的水和空气对我更为有益”，于1248年冬，亲率大军离开和林浩荡“西巡”叶密立-忽真（在今天的新疆维吾尔自治区北部），实际上就是领兵去进攻拔都。
天下没有不透风的墙。拖雷的遗孀暗中给拔都送去消息说，贵由汗的到来不无奸计。这样做的原因其实也很简单，术赤和拖雷两系的友谊早在成吉思汗在世时就建立并巩固了。彼时，察合台和窝阔台就总与术赤发生冲突，“在（术赤）长大后，就经常伴随父亲，无论是幸福或不幸都不离开他左右。但是他与他的兄弟察合台窝阔台总是拌嘴、争吵、不和睦。”而“术赤和拖雷及其家庭友善，据说拖雷不嫌术赤是蔑儿乞种”。
因此，拔都的疑心加深了，他小心谨慎地等待贵由汗的到来。眼看一场内战难免，贵由突然暴死，年仅43岁。贵由之死显得非常突然，志费尼作为同一时代的史学家，在自己的《世界征服者史》却只是轻描淡写地记录道，“当他抵达距别失八里一周之程的横相乙儿境内时，大限已到，不给他片刻时间从该地向前进一步”，这与作者对于其他近事详尽到几乎繁琐的记录相比，显得过于简略而不同寻常。而蒙哥汗时出使蒙古的西方教士鲁不鲁乞更记录了一则传闻：“关于贵由之死，我未能获悉任何明确的说法。安德鲁修士说：他是由于服用了给予他的某些药而死去的，一般都怀疑是拔都干的。但是，我听到的却是另一个故事：贵由曾经召拔都前来朝见，以对他表示臣服，拔都当即举行了盛大的仪式，启程出发。然而，拔都和他的部下非常害怕，因此派他的一个名叫思梯坎的兄弟先行。当思梯坎到达贵由那里，并且正要向他献盏时，发生了争吵，他们两人互相把对方杀死了。” 鲁不鲁乞出使蒙古时，距贵由之死为期还不远，他所记载虽是传闻，但肯定也不是空穴来风。
无论如何，贵由汗死后，蒙古宫廷斗争的天平顿时失衡。窝阔台系只剩下一群孤儿寡妇，没有一个有能力治理国家的新的大汗人选。这时已经到达今天伊塞克湖畔的阿拉套山附近的拔都以黄金家族第三代长兄的身份召集诸王到他的驻地商议选举新大汗。
这时的拔都在诸王中属籍最尊，但根据成吉思汗分民、分地的安排，蒙古本土和东方诸地是拖雷系的势力范围，这一点他大概是意识到的，与其争一个没有实力基础的大汗座位，不如加强自己在钦察草原的封国的地位更为有利。因此他推举了拖雷的长子蒙哥。
此时西征大军仍在拔都手中，而成吉思汗去世时分给拖雷的10.1万军户因为汗位空缺而完全听命于属主拖雷系诸王，这使得两系掌握的武装力量对窝阔台系和察合台系占据了绝对优势，因此在1251年举行的“忽里勒台”上，拔都与拖雷的遗孀配合展开紧张的谋夺汗位活动：术赤系以武力相威吓，实行高压政策；拖雷系以恩惠相笼络，施展怀柔手段，刚柔相济，恩威并行。尽管争取到多数宗亲贵胄的支持，但还有一些窝阔台系和察合台系宗王持顽固反对态度。预定时间已过，但他们仍不肯就范。在蒙古本土操办此事的别儿哥遣使向其兄拔都请示，拔都回答说:“你拥立他（指蒙哥）登上宝座吧，那些背弃札撒的人都得掉脑袋！”
就这样，拔都为首的术赤系和拖雷系联合推荐了拖雷之子蒙哥继位为新大汗。察合台和窝阔台系诸王心有不甘，策划暗杀蒙哥，结果事败被杀者70余人（也有人认为这纯属蒙哥制造的政治冤案），两系的力量遭到决定性打击，除年长的宗王们被处死外，属于这两家的部民和军队大部份被大汗“夺走并分配掉”，而其依附在属民概念之下的分地，也由大汗重新进行指派。“黄金家族”的汗统也就此从窝阔台系转移到了拖雷系手中，直到明代末期的1632年，末代察哈尔汗林丹败于满洲（后金/清），后金汗皇太极会同归附之蒙古诸部，对其发动了一场大规模的突然袭击，仅一个月内，数万满洲铁骑深入到内蒙古草原腹地。林丹汗因势孤力单，不能抵御，被迫西走青海，并在1634年在那里去世，他的妻、子随后归降皇太极。到了1636年，漠南蒙古十六部49个封建主聚会于盛京，承认皇太极为蒙古可汗“黄金家族”大统的继承者，并奉上“博克达·彻辰汗（宽温仁圣皇帝）”的尊号，奉戴其为蒙古之主。也是在这一年，皇太极由于获得了察哈尔部保留的元代传国玉玺，自认已获“天命”，更改国号为“清”，从这时起，大清皇帝就成了“黄金家族”的正统继承人。因此，历代清帝都有一个蒙古语尊号，比如清圣祖康熙皇帝就是“恩赫阿木古朗（太平、安宁之意）汗”。此是后话不提。
当蒙哥作为大蒙古国最高统治者的地位巩固之后，他的注意力不再顾及汗国内部的权力争斗，而是转向征服世界上最遥远的东方和西方，希望重走祖父成吉思汗的征服之路。根据《史集》的记载，蒙哥汗曾对人说:“既然某些国土已在成吉思汗时代征服，某些国土尚未从敌人处收复，而世界上的土地辽阔无比，因此我让自己的每个弟兄去开拓边疆，去完全征服边地加以守卫，而我自己「合罕]则住在古老的禹儿惕里坐镇中央无忧无虑地，依靠仁他们」，我将极幸福地度过岁月，并作出公正裁判。近处的某些敌人领地，我将〔亲自〕率领京城附近的军队去征服和解救。”
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