隨著嘧菌酯、特別是吡唑醚菌酯的專利到期，國內開發這兩種化合物單劑和混劑如火如荼。包括各種猜測、質疑聲不絕於耳。那麼不同甲氧基丙烯酸酯品種，特別是居全球殺菌劑銷售額第一、第二的嘧菌酯和吡唑醚菌酯究竟有何區別？各自的產品特點和有別於對方的優勢在哪裡？
PK
一、活性：吡唑醚菌酯>嘧菌酯=肟菌酯=醚菌酯
二、殺菌譜：嘧菌酯>吡唑醚菌酯>肟菌酯=醚菌酯
三、內吸性：嘧菌酯>醚菌酯>肟菌酯>吡唑醚菌酯
四、速效性：吡唑醚菌酯>嘧菌酯
五、抗紫外線能力：嘧菌酯>醚菌酯>肟菌酯>吡唑醚菌酯
六、燻蒸活性：醚菌酯、肟菌酯、啶氧菌酯都有，而嘧菌酯、吡唑醚菌酯沒有
七、作物安全性：吡唑醚菌酯>嘧菌酯
八、對水生動物的毒性：吡唑醚菌酯>肟菌酯>啶氧菌酯>醚菌酯>嘧菌酯
甲氧基丙烯酸酯類殺菌劑或多或少都有植物健康作用，而吡唑醚菌酯的植物健康作用尤為突出。此外，因吡唑醚菌酯沒有內吸輸導作用，透葉能力也很弱，使得施藥後藥物滯留於施藥部位，保護性和植物健康作用更為突出。
與吡唑醚菌酯不同，嘧菌酯不僅能透葉，且能在植物木質部上行輸導。這一特點使其在作物根莖部病害上的藥效明顯優於吡唑醚菌酯。如溝施防治馬鈴薯黑痣病（立枯絲核菌）上，阿米西達一枝獨秀，而吡唑醚菌酯則無能為力。由於引起作物紋枯病和立枯病的立枯絲核菌，在自然條件下，不僅不產生有性孢子，而且無性孢子也很少見到，故以殺孢子見長的吡唑醚菌酯對其效果較差，而內吸性較強的嘧菌酯不僅能殺滅孢子，而且能進入作物體內殺死菌絲，效果較高。立枯病的發病部位是介於種子（種薯）與土表之間的莖基部，種子（種薯）處理後內吸性強的嘧菌酯通過上行輸導經過發病部位，效果好。吡唑醚菌酯因沒有內吸性，無法通過發病部位，故效果差。紋枯病和立枯病的防治效果上，嘧菌酯的效果不僅高於吡唑醚菌酯，而且高於其它同類藥物。其它根莖部病害如西瓜蔓枯病等同樣道理。
有無內吸性直接影響嘧菌酯和吡唑醚菌酯在不同作物上的表現。田間作業時能很好地噴施均勻的，吡唑醚菌酯的表現較好。難以噴施均勻的，嘧菌酯因其有內吸性，可彌補這一點，效果表現較高。
燻蒸活性對於某些特種病害如白粉病具有意義，特別在溫室等設施栽培的小氣候條件下，有利於具有燻蒸作用的發揮，故醚菌酯、啶氧菌酯的藥效要好於其他品種。
水稻病害的藥效，紋枯病：嘧菌酯>醚菌酯>肟菌酯>吡唑醚菌酯。稻瘟病：
吡唑醚菌酯>肟菌酯>醚菌酯>嘧菌酯。
果菜炭疽病，甲氧基丙烯酸酯都有較好的效果，吡唑醚菌酯的效果要更高一些。
儘管甲氧基丙烯酸酯對植物真菌四個綱都有效，但對某些病害和病原菌的效果較差，如菌核病、灰黴病及各種鐮刀菌病害。對致病疫黴導致的晚疫病，藥效一般，遠不如對霜黴病的藥效。儘管氰烯菌酯在鐮刀菌引起的小麥赤黴病上取得了登記，實際上是採用了特別高的劑量。如凱潤的小包裝是8ml/15L水，阿米西達是10ml/15L水，而氰烯菌酯（勁護）是100ml/15L水。這三種藥劑都是25%的含量。一旦對鐮刀菌高效的其它藥物專利期滿，氰烯菌酯在小麥赤黴病上將面臨強勁的競爭。近年來某些上升為重點的病害，如柑橘黑點病，黃瓜靶斑病，花生白絹病等，甲氧基丙烯酸酯類殺菌劑沒有表現出好的效果。
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