川军团机枪手迷龙
土耳其斯坦军区解散的直接原因是苏联解体。1991年3月，在有关是否保留苏联的全民公投中，中亚各共和国大多数居民投票支持保留苏联，希望能够留在新的联盟中。戈尔巴乔夫主导的有关革新联盟的谈判得到了时任中亚各共和国领导人积极响应，但苏共乌兹别克斯坦党组织领导人卡里莫夫突然在乌兹别克实行总统制，成为原苏联境内第一个加盟共和国总统。
1991年12月8日，苏联主要的三个共和国——俄罗斯、乌克兰和白俄罗斯的领导人秘密决定解散苏联，另外成立一个松散的独立国家联合体。中亚地区五个共和国领导人得知消息后，决定接受既成事实，以独立的主权国家身份加入新建立的独联体。
苏联解体后，土耳其斯坦军区遂于1992年6月30日正式解散，所辖部队被新独立的中亚五国——哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、土库曼斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦分割继承，其主力部队归了哈萨克斯坦。
土耳其斯坦军区可以追溯到帝俄时代，十月革命后东方面军在1918年分编组建了土耳其斯坦方面军，由伏龙芝任司令员。1926年6月4日，土耳其斯坦方面军更名为中亚军区，辖区包括土库曼、乌兹别克、吉尔吉斯和塔吉克。1940年8月，中亚军区扩展吸收了哈萨克的大部分土地。
1945年7月9日，中亚军区分割为土耳其斯坦军区和草原军区，领导机关分别以是原中亚军区司令部、突击第1、第4集团军机关为基础组建。土耳其斯坦军区司令部驻地塔什干是当时苏联的第四大城市，如今仍是中亚地区最大最美的城市。
1946年5月草原军区并入土耳其斯坦军区，土耳其斯坦军区吸收了除西哈萨克三州（乌拉尔斯克州、古里耶夫州和阿克纠宾斯克州）以外的哈萨克的领土。1958年1月，南乌拉尔军区解散，土耳其斯坦军区获得西哈萨克三州，辖区囊括了中亚五国的全部领土。
由于与中国接壤（包括远东军区、后贝加尔军区、西伯利亚军区、中亚军区、土耳其斯坦军区、蒙古军区），土耳其斯坦军区的名号为当时的中国军民所熟知。1969年6月24日，土耳其斯坦军区又分出一部分辖区新组建了中亚军区。新的中亚军区以第18诸兵种合成集团军指挥部为基础，指挥部位于阿拉木图，包括塔吉克、哈萨克和吉尔吉斯三个加盟共和国领土。土耳其斯坦军区仅包括乌兹别克和土库曼。1979年,土耳其斯坦军区部队作为主力参加入侵阿富汗的军事行动。1989年，中亚军区又被并入土耳其斯坦军区。折腾来折腾去，没过几年苏联终于解体了。
