珍妃落井的說辭在歷史上的說法不一，在史記上的記載更是寥寥幾筆，沒有具體的描述。
在民間的傳言，一般有兩種說法：一個是珍妃自願跳入井中；一個是慈禧平日裡並不待見珍妃，在西逃時，趁機將這個眼中刺拔掉，讓手下太監強行扔入井中。至此珍妃一死成為清朝一大謎案，誰也說不清事件的來龍去脈，真相如何。但是在近年來，民間逐漸出現另一種說法，是在追憶錄中出現的說法：李蓮英害死珍妃的。
一本《我所知道的慈禧太后——慈禧曾孫口述實錄》由金城出版社在2005年發行，作者是那根正，並稱他的爺爺是隆裕太后的弟弟。作者稱自己是從爺爺那裡得知珍妃的死因，而爺爺又是從自己的姐姐那裡所知。
1900年八國聯軍浩浩蕩蕩來到北京，聽聞來者不善的慈禧為了保命，不顧國家安危，帶著光緒皇帝和皇后準備西逃。但皇宮人馬太多，不能將所有人都隨行帶走，其中還有許多皇帝的妃子，當時火燒眉毛，慈禧害怕會像當初燒圓明園那樣把紫禁城也燒了，只好帶一些必要的人，皇帝和皇后是必不可少的，其他人包括妃子就只能派遣制會自己孃家或親戚家躲避。
大概是珍妃素日裡頂撞慈禧太后慣了，不願意服從慈禧的指揮，並直接說道：“我是光緒皇帝的妻子，皇上去哪我就去哪，只要一天活著就要和皇上在一起，如果不讓我和皇上在一起，那我寧願去死，活是皇家人，死是皇家鬼。”這可是把慈禧太后氣壞了，平日裡不和你計較計算了，現在你還敢這樣頂撞，正好當著光緒的面下令：“這可是你自願的”，看到旁邊不遠處有一口井，就命令李蓮英指揮，崔玉貴執行，光緒帝急忙跪下向慈禧求情，慈禧則斥責光緒應以天下大事為重，現在不是為兒女情長分心的時候，轉身命令崔玉貴趕快行動。
珍妃見此情形，為了一表真心，禁止太監近身，自己走到井口，跳入了進去，崔玉貴等人趕快向井中投入兩塊大石頭，壓住了井口。
珍妃死因真相不一，但與光緒之間的感情是毋庸置疑的。
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