珍妃落井的说辞在历史上的说法不一，在史记上的记载更是寥寥几笔，没有具体的描述。
在民间的传言，一般有两种说法：一个是珍妃自愿跳入井中；一个是慈禧平日里并不待见珍妃，在西逃时，趁机将这个眼中刺拔掉，让手下太监强行扔入井中。至此珍妃一死成为清朝一大谜案，谁也说不清事件的来龙去脉，真相如何。但是在近年来，民间逐渐出现另一种说法，是在追忆录中出现的说法：李莲英害死珍妃的。
一本《我所知道的慈禧太后——慈禧曾孙口述实录》由金城出版社在2005年发行，作者是那根正，并称他的爷爷是隆裕太后的弟弟。作者称自己是从爷爷那里得知珍妃的死因，而爷爷又是从自己的姐姐那里所知。
1900年八国联军浩浩荡荡来到北京，听闻来者不善的慈禧为了保命，不顾国家安危，带着光绪皇帝和皇后准备西逃。但皇宫人马太多，不能将所有人都随行带走，其中还有许多皇帝的妃子，当时火烧眉毛，慈禧害怕会像当初烧圆明园那样把紫禁城也烧了，只好带一些必要的人，皇帝和皇后是必不可少的，其他人包括妃子就只能派遣制会自己娘家或亲戚家躲避。
大概是珍妃素日里顶撞慈禧太后惯了，不愿意服从慈禧的指挥，并直接说道：“我是光绪皇帝的妻子，皇上去哪我就去哪，只要一天活着就要和皇上在一起，如果不让我和皇上在一起，那我宁愿去死，活是皇家人，死是皇家鬼。”这可是把慈禧太后气坏了，平日里不和你计较计算了，现在你还敢这样顶撞，正好当着光绪的面下令：“这可是你自愿的”，看到旁边不远处有一口井，就命令李莲英指挥，崔玉贵执行，光绪帝急忙跪下向慈禧求情，慈禧则斥责光绪应以天下大事为重，现在不是为儿女情长分心的时候，转身命令崔玉贵赶快行动。
珍妃见此情形，为了一表真心，禁止太监近身，自己走到井口，跳入了进去，崔玉贵等人赶快向井中投入两块大石头，压住了井口。
珍妃死因真相不一，但与光绪之间的感情是毋庸置疑的。
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