陳霸先偷襲王僧辯得手後，前青州刺史程靈洗率領所部將士來救王僧辯，在石頭西門奮力苦戰，終於兵敗。陳霸先派使者去招諭他，過了很久，他才投降了。陳霸先被程靈洗的義氣深深感動，任命他為蘭陵太守，讓他協助防守京口。
隨後，陳霸先發布檄文，通告中外，列舉王僧辯的罪過，說明為什麼要討伐他。檄文中還說：“我所要討伐的，只是王僧辯父子，至於其他王氏親戚黨羽，一概不加問罪。”
才當了二個月皇帝的蕭淵明宣佈退位，搬出宮廷回到自己的官邸。百官上表給晉安王蕭方智，勸他登基。十月初二，蕭方智即皇帝位，大赦天下，改換年號為紹泰，對朝廷內外文武百官都賞賜一級官位，任命蕭淵明為司徒，封為建安公。又派人通報北齊，說：“王僧辯陰謀篡位造反，所以殺了他。”仍然請求向北齊稱臣，表示願意永遠當北齊的附屬國。
梁朝加封陳霸先為尚書令，都督中外諸軍事，任命宜豐侯蕭循為太保，建安公蕭淵明為太傅，曲江侯蕭勃為太尉，王琳為車騎將軍，開府儀同三司。
朝廷任命郢州刺史宜豐侯蕭循為太保，廣州刺史曲江侯蕭勃為司空，徵召他二人一起入朝侍奉皇帝。蕭循接受了太保之職，但藉故推辭不入朝，蕭勃正密謀起兵造反，於是不接受任命。
王僧辯的女婿杜龕依仗王僧辯的權勢，一向對陳霸先很不禮貌。在吳興時，他常常對陳霸先宗族的人繩之以法，陳霸先因此對他切齒痛恨。
等到陳霸先要算計王僧辯的時候，先秘密地派他的侄子陳蒨回到長城縣，修築營柵以防備杜龕。
王僧辯死後，杜龕果然佔據吳興抗拒陳霸先，義興太守韋載帶他郡中的部隊起來響應。吳郡太守王僧智是王僧辯的弟弟，也據城固守以作抵抗。
陳蒨到長城縣後，召集的士兵才幾百人，杜龕派他的部將杜泰帶精兵五千人突然到來，陳蒨的將士們面面相覷，大驚失色，陳蒨卻談笑自若，不慌不忙地部署分派軍隊，眾人這才心神安定下來。杜泰晝夜苦攻，持續了幾十天，打不下來就退走了。
陳霸先派周文育去攻打義興，義興所屬各縣的士卒都是陳霸先的舊部，善於使用弩箭，韋載找出了幾十個人，用長長的鎖鏈把他們系在一起，派親信監督他們用箭射周文育的部隊，並規定“誰如果十箭中不能射中兩箭，就處死。”所以每發箭出去就射死一個人，周文育的軍隊這才稍稍退卻了。
韋載乘勢在城外靠河水邊建立營柵，和周文育相持了幾十天。杜龕派他的堂弟杜北叟帶兵抵抗，杜北叟兵敗退回到義興。
陳霸先聽到周文育進攻受挫的消息，宣佈自己親自帶兵東伐，他留下高州刺史侯安都、石洲刺史杜稜守衛臺省，率軍隊抵達義興，拔除了韋載修築的水柵。
譙、秦二州刺史徐嗣徽的堂弟徐嗣先是王僧辯的外甥，王僧辯死後，徐嗣先逃亡到徐嗣徽處，徐嗣徽乾脆獻上譙、秦二州，投靠了北齊。
待到陳霸先討伐義興時，徐嗣徽秘密聯合南豫州刺史任約，帶領精兵五千人乘虛偷襲建康。
這一天，他們終於襲擊佔領了石頭，衝在前面的遊騎已經到了臺城宮闕之下。侯安都關上大門，藏起旗幟，有意以此表示自己怯弱，同時告誡城中士兵：“凡登高窺探賊兵者一律處斬。”
到了天黑，徐嗣徽等人收兵回石頭。侯安都夜裡作了充分的戰鬥準備，天快亮時，徐嗣徽等人又來進攻，侯安都率領甲士三百人打開東、西側門出城迎戰，大敗敵軍。徐嗣徽等人逃回石頭，再也不敢逼近臺城了。
陳霸先派韋載的族弟韋翽攜帶書信去說服韋載投降，韋載和杜北叟都投降了，陳霸先對他們很優厚，極力安撫他們，讓韋翽兼管義興郡，把韋載安置在自己身邊，視為親信，有事讓他參與謀劃。陳霸先平定義興後，就收兵回建康，派周文育去討伐杜龕，救援陳蒨駐守的長城縣。
將軍黃他在吳郡攻打王僧智，打不下來，陳霸先派寧遠將軍裴忌去幫助他。裴忌挑選部屬中的精兵輕裝加倍前進，從錢塘直奔吳郡。夜裡，他們抵達城下，大聲鼓譟著逼近城牆。
王僧智以為大部隊來了，急忙乘著小船逃到吳興去了。裴忌攻佔了吳郡，陳霸先於是任命裴忌為吳郡太守。
十一月初二，北齊派兵五千渡過長江佔據姑孰，以便策應徐嗣徽、任約等人。陳霸先派合州刺史徐度在冶城修築柵欄抵抗。十三日，北齊又派安州刺史翟子崇、楚州刺史劉士榮、淮州刺史柳達摩帶兵一萬在胡墅運米三萬石，馬一千匹到石頭城。
陳霸先向韋載徵詢對策，韋載說：“齊軍如果分兵先佔據通往三吳的道路，然後在我們東邊的邊境攻城佔地，那麼我們就沒機會了。現在齊軍沒有這樣做，我們可以趕快在淮南一帶沿著侯景過去留下的舊壘修築新城堡，以便打通東邊的運輸道路。同時分出一支軍隊去斷絕他們運糧的道路，這樣，齊將的首級十天之內就可以拿到了。”
陳霸先採納了他的計策，派出侯安都夜襲胡墅，燒掉了北齊一千多艘兵船；周鐵虎切斷了北齊運輸補給的道路，抓住了他們的北徐州刺史張領州。
陳霸先派韋載在大航修築侯景以前的堡壘，讓杜稜去守衛。北齊軍隊在倉門和秦淮河之南修建了兩座營柵，與梁兵對抗，北齊大都督蕭軌帶兵屯駐在長江北岸。
徐嗣徽等人進攻冶城的營柵，陳霸先率領精兵從西明門出來迎擊，徐嗣徽大敗，留下柳達摩等人守城，自己去採石迎接北齊援兵。
十二月初七，侯安都襲擊秦郡，攻破徐嗣徽的營柵，俘虜了好幾百人，又抄了他的家產，搜到他用的琵琶和養的鷹，派人送給徐嗣徽，並說：“昨天到賢弟家裡得到了這點東西，現在特地送去還你。”徐嗣徽看到之後大驚失色。
初十，陳霸先在冶城對面的水上把船隻連在一起建了一座浮橋，指揮眾軍全部渡過去，攻擊修在南邊的兩座營柵。柳達摩渡過秦淮河擺開戰陣，陳霸先督率將士猛烈進攻，並放火燒柵欄，北齊軍隊大敗，爭著上船逃跑，互相擁擠，掉入水中淹死的有上千人，哭喊聲震天動地，最後，齊軍的船艦全部被繳獲。
當天，徐嗣徽和任約帶領北齊水師步兵一萬多人退回去據守石頭，陳霸先派兵來到江寧，佔據了險要之地。徐嗣徽等人的水師步兵都不敢前進，停頓在江寧浦的入江之處。陳霸先派侯安都帶水軍去襲擊打敗了他們，徐嗣徽等人單獨駕小船逃走，他們的輜重、武器全部被繳獲。
十三日，陳霸先從四面包圍攻打石頭，城中沒有水喝，一升水昂貴到值一匹絹。柳達摩派使者向陳霸先求和，而且請求以兒子為人質。
當時建康實力虛弱，糧草運輸都跟不上，朝廷中的大臣都想與北齊講和，紛紛請求用陳霸先的侄子陳曇朗為人質。
陳霸先說：“現在在朝廷中的各位賢人都想和齊國講和以獲得休息，如果我違反眾人的意見，大家會說我偏愛陳曇朗，不顧念國家利益。現在我決定派陳曇朗去，就算把他扔在敵寇的庭院裡吧！不過齊人一向不守信用，我答應講和，他們只會認為我們勢微力弱好欺負，肯定會背棄盟約再來進犯。齊國的強盜如果再來進犯，那時諸君可得拼死戰鬥呀！”
於是，他就把陳曇朗和永嘉王蕭莊、丹陽尹王衝的兒子王珉作人質，與北齊人在城外訂立了和約，允許追隨北齊的將士按自己的意願選擇歸居南方或北方。
陳霸先在石頭南門擺列兵陣，送北齊軍隊北歸。徐嗣徽、任約都投奔了北齊。這一仗，梁朝繳獲北齊軍馬、器械、舟船、大米，不可勝數。北齊國主高洋殺了敗將柳達摩。
梁朝宣佈大赦天下，凡是與任約、徐嗣徽同謀的人，一律不予追究。陳霸先又派出從事中郎江旰去勸說徐嗣徽人，讓他回南方來，徐嗣徽把江旰抓起來送到了北齊。
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