明代五军都督府，创设于元至正二十一年（1361年），起初为大都督府，至洪武十三年（1380年），明太祖朱元璋以“权不专于一司，事不留于壅蔽。” 为由将大都督府一分为五，自此之后成为定制直到明亡。明末时期的大都督府是明朝中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府五都督府的总称﹐统领全国军队的最高军事机构。
朱元璋初置统军大元帅府，后改为枢密院，又改之为大都督府，节制中外诸军事。从其职能上看，由最初的掌天下兵马大权，主导国家军事建设的实权机构逐渐虚有其名；从任职人员上看，由功勋宿将位列其中，到掌府官员尸位素餐；从其与兵部的关系看，由以都督府为主，到两者之间相互牵制，再到兵部凌驾于五府之上成为国家军事的最高管理机构。
为什么朱元璋要设立五军都督府这一行政机构。首先，行枢密院改制为大都督府，是朱元璋自身势力发展的结果。在至正十九年（1359年），朱元璋被小明王韩林儿升为江南等处行中书省左丞相时，已经占领了现在的江苏南京、太湖以西，往南经江苏、安徽、浙江三省交界处，到浙东的一块长方形地区。到至正二十一年（1361年），被封为吴国公时，又已占领袁州、建昌、南康、抚州等九个州府。随着自身势力的发展，已经为朱元璋进一步加强政权建设打下基础。而当时西有陈友谅、东有张士诚、南有方国珍，北方元政府势力依然强大。所以政权的主要任务依然以军事斗争为主，故而对于如何将自身军事力量加以整合，成为朱元璋所面临的当务之急。这成为此次军事机构改制的重要背景。
其次，由行枢密院到大都督府的这一变化，朱元璋最主要的目的在于通过这种改制，来达到对军权更为有效的控制。一方面是，对邵荣等在朱元璋集团内部具有一定离心力的领军将领加强控制。《明史·常遇春传》载“先是，太祖所任将帅最著者，平章邵荣、右丞徐达与遇春为三。” 而且其后来出任枢密院最高长官一枢密院同知，地位高于其他主要将领，但其本身并非朱元璋的嫡系。 至正二十一年（1361年）改制之后，原先任职于枢密院的将领并未随之转入大都督府，而是陆续调入朱元璋直接掌握的中书省，“以枢密院同知邵荣为中书省平章政事，同佥常遇春为参知政事。” 徐达也由枢密院转为中书省右丞。虽然就改制的结果看，邵荣仍为除朱元璋以外诸将中地位最高者，却从相对独立的枢密院改为直接隶属于朱元璋的中书省，受到朱元璋的种种牵制，并成为之后“邵荣谋叛”的诱因。 但反观朱元璋方面，通过改制之后的人事调动，进一步加强了对掌军将领控制，此当为大都督府设立的主要目的之一。另一方面，对朱文正的任职，来为之后的政权建设打下基础。朱元玮以自己的侄儿朱文正担任大都督府大都督，其最直接的目的，便是通过扶持朱文正，来确保军权的掌控。这种计划带有长期性，因为从改制的人事调动来看，朱元璋首先是将诸将纳入自己的直接掌握的中书省内，但中书省这种军政合一的领导体制，只是为了适应战时的需求，一定程度上来说是权宜之计，并不适合于将来的政权建设。而朱文正任职大都督府大都督，就可以确保之后中书省军政分离，军权继续能够掌握在朱元璋手中。
所以，大都督府的设立，朱元障一是通过改制来进行人事调动，以加强对领军将领的控制。二是，命朱文正为大都督，为将来中书省军政分离之后，对于军权能够对继续掌控打下基础。洪武十三年(1380)以大都督府权力太大﹐在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。
洪武十五年（1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（公元1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。
洪武二十三年（1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。
永乐元年(1403)﹐建留守行后军都督府于北京﹐后仍分五府﹐称“行在”中﹑左﹑右﹑前﹑后都督府。十八年﹐定都北京﹐除“行在”二字﹐洪熙元年(1425)﹐复称“行在”。
宣德三年(1428)﹐革“行在”都督府。正统六年(1442)﹐复建五府﹐无“行在”字。各都督府设左右都督(正一品)。都督同知(从一品)﹑都督佥事(正二品)﹐其属有经历司经历(从五品)﹑都事(从七品)等。都督初间以公﹑侯﹑伯为之﹐可参与军国大事﹔后率以公﹑侯﹑伯署府事﹐同知﹑佥事参赞军事。清 袁赋诚《睢阳尚书袁氏家谱》：“九世枢（袁可立子），由官生初授詹事府录事，次任南京都督府后军都事。”
五军都督府分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。凡武职世官﹑流官﹑土官之袭替﹑优养﹑优给等项﹐所属皆上报于府﹐府再转送兵部请选。选定后﹐经府下达都司卫所。首领官之选授和给由﹐皆由吏部。其它如武官诰敕﹑水陆步骑之操练﹐军伍之清勾替补﹐俸粮﹑屯费与屯种之器械﹑舟车﹐军情声息﹐边腹地图文册﹑薪炭荆苇诸事﹐移与相关机构会同处理﹐各府只有统兵权﹐调兵之权在兵部﹐每逢战事发生﹐由皇帝命将为帅﹐调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝﹐兵回卫所。明中后期五军都督府失去了参政﹑议政权，由“总内外诸军事”的中枢机构变成处处受制于兵部的单纯执行命令的机构，则是一分为五背后都督府实权削弱殆尽的事实。。
五军都督府和兵部都听命于皇帝， 五军都督府调有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。
抗倭英雄戚继光、女帅秦良玉都是明末杰出的五军都督府左都督。
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