化學防治是棉蚜防控技術不可缺的技術。棉農最為關心這一防治技術，這裡就梳理一下農藥防治技術。
從棉蚜的個體來說，市場上售賣防治蚜蟲的農藥都容易把棉蚜個體滅殺，但是對棉蚜種群來說，防治就難上加難，因為棉蚜種群的高繁殖率，一旦打了農藥，破壞了它的生存環境，殺傷了天敵，就會刺激棉蚜種群更快繁殖或產生有翅蚜，加速擴散蔓延速度，有可能從防治一點擴散到全田發生，也就是常有人說的，棉蚜是亂打農藥打起來的。 關於當前棉蚜的防治觀點，可見天山植保的《溫溼度適宜，警惕棉蚜的發生與蔓延》一文。有棉蚜了不可怕，不要急於求成，就怕打亂仗瞎打藥。棉蚜點片發生了就點片施藥控制，全田發生了就達標控制。
一、點片控制
棉蚜進棉田一定是由少到多的過程，棉蚜發生未到普發期，危害棉花一定呈現中心株和點片發生狀態，此期要多下棉田調查，發現了中心點片就點片用噴霧器點片控制。點片控制，一是減低棉蚜蟲口數量，增殖和擴散速度，二是培植控制棉蚜的天敵。
二、普發期控制
是指棉蚜在棉田有蚜株率達到16%以上，即棉蚜盛發期。此期也是棉蚜大面積遷飛期，遷飛蚜最盛的時期，如傍晚時散步棉蚜打臉的時期，從歷年和田間棉蚜情況來看，此期時間為6月底至7月初。棉田內棉蚜蟲口數量的最大的時期為7月下旬至8月初。與棉蚜鬥爭了多年來看，用藥防治是殺不絕棉蚜的，只能控制棉蚜的蔓延速度。一旦田間生態失衡，只能多遍用藥控制棉蚜的增殖速度，延緩到8月上旬棉蚜就會消退。延緩控制的依據就是達標控制。當棉花頂部三片主莖展平葉全部棉蚜達到300頭以上，卷葉株率超過10%，益害比小於1: 500，就要及時農藥防治。如果卷葉流葉面積較大，用洗尿合劑洗一遍即可，洗尿合劑對棉蚜造成的油葉防治效果較好。
防治棉蚜的農藥真多，在中國農藥信息網查詢登記防治蚜蟲的農藥有2690條。這裡推薦農藥有：啶蟲脒、吡蟲啉、噻蟲嗪、阿維菌素、藜蘆鹼、苦參鹼、印楝素、烯啶蟲胺、氟啶蟲胺腈等，不推薦毒死蜱、丁硫克百威、克百威、滅多威、硫丹、敵敵畏、氧樂果、馬拉硫磷、辛硫磷等有機磷和菊酯類等廣譜大量殺傷天敵農藥。
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