川军团机枪手迷龙
先更正一下问题，被调走的不是第六师团，而是第九师团。第九师团和第六师团都是日本陆军的甲种师团，而且都参加了南京大屠杀，曾一同驻防冲绳，提问者应该是弄混了。话归正题，第九师团被调走的原因是日军错误估计了美军的进攻重点，被称为“参谋本部这辈子最白痴的行为”。
第九师团由日本北陆的富山县、石川县、福井县的士兵被构成。装备精良，战斗力仅次于第二师团和第六师团，是日军中的一支王牌，也是侵华日军中的急先锋，对中国军民犯下了滔天罪行。
1937年，第九师团参加了淞沪会战。攻陷上海后，第九师团又和其他日军对南京展开合围，南京陷落后，第9师团参加了南京大屠杀。之后，又参加了徐州会战、武汉会战，手上沾满了中国军民的鲜血。
1940年第九师团调往东北，负责对苏联的警备备战任务。随着太平洋战场上日军的接连溃败，日军不得不把驻扎在东北的精锐部队陆续调往太平洋前线，第9师团也不例外。第九师团原先准备调往塞班岛布防，但还没到达目的地，塞班岛就被美军攻克，第九师团遂被编入牛岛满中将的第32军驻防冲绳。
因为第九师团经历了自日俄战争后的多场恶战，有着丰富的战斗经验，牛岛满几乎把所有希望寄托在了他们身上，他以第九师团为主，订制了冲绳防卫作战计划。而第九师团在勘察冲绳地形后，在冲绳南部构筑了坚固的滩头阵地。
由于美军持续对台湾进行空袭，日军错误的认为美军下一个进攻重点是台湾而非冲绳。而之前日军驻守台湾的部队被调往菲律宾，所以日军决定将第九师团调往台湾，加强防备。虽然牛岛满极力反对，但还是未能阻止，1944年12月，第九师团调往台湾。
但日军没想到的是，美军并没有攻击台湾，而是去了冲绳。由于第九师团被调走，冲绳原先的作战计划被迫重做，面对美军的进攻，冲绳日军乱成一团。而守岛日军凭借第九师团之前在南部修筑的防线，给美军制造了很大麻烦，如果第九师团没有调走，美军很可能会付出更惨重的代价。但第九师团被调走，也因此躲过了全军覆没的命运。
冲绳丢失后，日本战败已成定局，但日军还幻想在本土和美军决战。但美国没有给日本这个机会，1945年8月，美军在日本本土投下两枚原子弹，被吓破胆的日本选择无条件投降。第九师团在台湾向盟军投降。
石头说历史
日军在莱特湾的陆、海、空三军大决战中彻底失败后，本土决战的想法便提上议程。但是当时的日本本土防卫非常薄弱，为了争取时间让本土完成决战准备，遂要求在本土前沿的千岛、小笠原、冲绳、台湾等岛屿进行坚守，消耗美军的有生力量，阻止其设计基地。
也就是说台湾岛和冲绳岛一样被日军作为下一个重要战略要点来进行防御的，而且当时的日本陆军省更加注重同美军在台湾附近决战，所以倾向于优先加强台湾岛的防御。而当时台湾岛的防御确实非常薄弱，原本的守卫台湾的3个精锐师团都被调往了菲律宾参加莱特湾大决战，在那里损失惨重。所以现在迫切需要加强台湾的防御力量。先后从各地调往台湾3个师团，新组建4个独立混成旅团，其中就包括从冲绳岛调往台湾的第9师团。
而对于抽调第6师团这一决定，当时防守冲绳的第32军司令官牛岛中将是坚决不同意的，他之前所有的部署都是围绕着第9师团存在的基础上建立的，调走最精锐的第9师团就意味着之前的所有部署全部泡影，即放弃了在海岸地带进行决战以确保岛上机场的安全，改为在岛内实行纵深的防御，如此不仅要变更阵地，而且要改变军需聚集地，这对于战争威胁迫在眉睫的日军来说，无疑是致命的。
对于驻守冲绳的第32军司令部的强烈反对，大本营并没有收回其决定，不过作为妥协，将第84师团调往冲绳增援第32军。然而这一决定遭到了新上任的日本大本营作战科长的拒绝，他认为从本土抽调部队前往这一孤岛有违之前指定的“本土决战”总方针，而且在没有制空权的情况下大规模海上输送部队极为不安全，莱特湾海战时就是例证。最终大本营终止了对冲绳的增援计划。
日本的部署其实并无太大过错，因为作为防守一方本身就面临着由于不知道进攻方的攻击方向而被迫分散兵力进行全面的防守的劣势，而且本身对于这些岛屿的防守就是为了拖延美军进攻其本土的时间，所以保险起见，只能全面加强各个岛屿的防御，保证美军不可能快速的攻占就可以了，真正的决战是在日本本土！
小小狼王
我不喜欢长篇大论，喜欢简单明了，直戳重点。
阐述一下当时认为比较正统的言论，不一定正确。
原因:
第一种说法是:因为当时第九师团，（不是第六师团）战斗力顽强，经历过各种恶战，可以当做先锋、排头、模范典型。去固守日本本岛，进行一亿玉碎计划的中坚力量。
第二种说法是:当时日军军方知道冲绳只是一个战略缓冲之地，迟早要沦陷，不能把能打善战的9师团白白浪费在这里。毕竟当时还有一战之力的师团，真心没几个了。
第三种说法是: 日军高层认为美军下一个进攻的岛屿应该是台湾岛，所以都明白了。但是，我认为这个说法不成立。 正常人都会想到当时日军海军和空军基本废了，基本台湾就是一个孤岛何必打呢？ 直接进攻跳板，然后打击本土不更好吗？ 所以，历史就是迷。 大家都是猜。
回答完毕，看文章的希望点赞，关注，我基本的分析判断还是比较补脑的。你们认为呢？
过客I散了
最近正好在看太平洋战史，略知不二。日本调兵守本土，应该是当时军方的考虑。逐岛争夺逐岛玉碎，当时还是曰本国内狂热分子的首选，尽管全国已被美军炸得一塌糊涂丶烧得四面开花，他们仍不愿相信曰本已败了这个事实，因此抽调兵力防守九州也是正常之举。战争中的博弈只有事后才能知晓。各方的心理活动，我们现代的人，又岂能知道他们当时的想法？
