王恭的失败让朝廷发现胜利原来可以这么容易。现在他们就只剩下殷仲堪那几个凑热闹的人了。
殷仲堪这一次出兵之所以十分积极，就是因为王恭第一次成功得太容易，让他觉得朝廷软弱无能，可以捞一把。可是没想到刚起兵没多久，主角王恭就被杀了。而因为缺乏沟通，内部联系中断，殷仲堪几个还不知道王恭已经人间蒸发了。
桓玄、杨佺期两人一路，带着大军进发到江州腹地湓口（今天江西九江）。大家应该不会忘了，江州刺史就是司马道子刚安排的王愉。王愉看到有官做当然很开心，但是上任了才发现，江州这地方，是防守建康上游的关键，荆州大军一来，第一站就是这里。
屁股都没坐热的王愉还没嘚瑟几天，马上发现敌军还有三十秒到达战场，当时吓得够呛，马上就逃了，连夜赶往临川（今天江西抚州）。结果被桓玄派出一支偏军赶上抓住了。
抓住了王愉，按理说要把他祭天了，给开战来个开门红。王愉也想着自己要完了，一脸生无可恋的就在等着被放血。
很快，桓玄的军队开始了忙碌，架起了一个大祭坛，旌旗招展，十分热闹。
这下王愉真的是心都凉了，没了，彻底没了，来生再见。
等到天亮后，军中锣鼓喧天，祭坛也都铺设一新。桓玄穿着华丽的服装，将士们也是一身戎装，意气风发。王愉等来了士兵，自己很配合着就伸出双手等着被绑了。结果士兵却带来了新的服装，给王愉给换了。杀人还给套新衣服，这么奇怪？但王愉也没多想，就配合换上了。
等到一出去，王愉就被一脸笑容迎上来的桓玄吓了一跳，还没来得及说话，桓玄就握着王愉的手说：请王刺史主持祭祀。
这一句话让王愉糊里糊涂的，我主持？上去宣布杀自己？这不是逗我吗？刚想破口大骂，桓玄就转身大声宣告：今天，我将与王刺史结盟！特意请王刺史来主持结盟大礼。
真是神奇的转折！王愉到现在才把凉掉的心暖了回来，苍白的脸也恢复了点血色。最后在微微颤抖的双手下完成了这次心情过山车的祭祀（后来桓玄起兵篡位，还让王愉做了尚书仆射，封前将军。最后王愉被刘裕杀害）。
虽然王恭死了，但是桓玄起兵占据了江州，还和江州刺史王愉结盟了，谁胜谁负还很难定夺。
桓玄那边暂时得利，另一个名人庾楷，就不好了。
庾楷是豫州刺史，因为自己的土地被夺走，所以一怒之下起兵。他跟王恭相距最近，看到王恭出发，他也就跟着打了。
结果没想到第一战，自己的手下段方就在慈湖（今天马鞍山）被司马尚之KO掉了。庾楷想法很好，慈湖这个地方离着建康非常近，如果庾楷打赢，那么桓玄他们就会一把推进到慈湖，建康被攻破将指日可待。
可惜庾楷技术不行，首战告败。司马尚之趁胜追击，直接就冲到了庾楷面前，一通王八拳对着庾楷就是揍，把庾楷打得那叫一个惨，最后溃不成军。没有办法的他只能抛弃老巢去投奔桓玄。庾楷这一路大军被消灭。
这样就真的只剩下桓玄、杨佺期和殷仲堪这三人的荆州大军了。朝廷获胜的希望大大增加。
但是荆州对建康的优势还是有的，桓玄也没有担心，收了庾楷后，带着整合的部队就继续进发。在白石一战大败朝廷大军，稳住了军心。接着进发到石头（今天安徽安庆），势如破竹。而殷仲堪也一路前进，进发至芜湖。这一下就把逆风局直接扳了回来，还威逼到建康。
这下轮到司马家族的人惊慌了。司马元显马上下令大军回防京师（刘牢之带着北府兵来了），做好抵抗。
司马道子自从王恭起兵后就把兵权交给了儿子司马元显，自己整天泡吧喝酒，每天喝得天昏地暗不省人事，就差把司马元显叫成爸爸。现在突然听到桓玄、殷仲堪已经打到芜湖了。吓得马上跳了起来，大声说要守卫京城。
老大发布命令了，那就赶紧行动吧，朝廷的大军也跟着火速行动开来。但因为集结太快，加上司马道子自己的确对战争不在行。就在安排布防的时候，军中一匹马突然受惊，在军中乱走，竟然把许多士兵给挤到江水中溺死了（还有这种操作？）。还好这时敌军尚未到达，不然难免一场失败了。
桓玄和殷仲堪气势如虹逼到芜湖一带，却突然得知王恭已经在地球上消失了，而刘牢之正带着北府兵入援京师。这一下把桓玄和殷仲堪两个吓得够呛，为了不被切断后路，他们把军队撤退到了蔡洲（今天江西江宁县），暂时和朝廷形成了对峙。
兵贵神速，对于造反的桓玄等人更是，如果拖得越久，兵心就会越发思变。到时候能不能保住性命都会是问题。
看到桓玄等人退兵了。桓玄的堂兄桓修趁机向司马道子建议（想不明白为啥司马道子能够让桓修还这么镇定呆在朝廷，就不怕他和他堂哥一起密谋的）说：西方的军队可以用劝说使之瓦解。如果用重金许诺杨佺期等人，他们就会跟刘牢之那样倒戈，到时我们就可以不费吹灰之力搞定殷仲堪，还可以拉拢两名名将，那是一石二鸟啊。
司马道子一边喝着酒一边听着桓修的建议，当时就拍板决定，利诱桓玄杨佺期，故技重施。
这是一个十分完美的建议，殷仲堪看来是在劫难逃了。本来最好的计策是密谋，要悄悄地，打枪的不要。结果朝廷不知怎么，却光明正大的派出使者，而选择的使者还是殷仲堪的叔父殷茂（这名字有点怪，很容易走音），真是十分高调。
这样就尴尬了，当殷茂在军中大声宣读诏书的时候，秘密就泄露出去了（不泄露都难）。此时殷仲堪的弟弟正好在杨佺期军中当司马，听到自己的叔父殷茂来了，一开始还挺开心的，想着叔父大老远的来干嘛？正想着迎接，就听到叔父开始念诏书。越听越不对，脸色当时就变了，于是他连夜奔走，把消息告诉了正在踱步睡不着的哥哥殷仲堪。
殷仲堪认真听了弟弟的汇报：司马道子允诺，任命桓玄为江州刺史，杨佺期升任雍州刺史，贬谪殷仲堪为广州刺史（大家可能会问：那荆州刺史给谁啊？当然少不了，荆州刺史给的人就是桓修，献策的人怎能少）。
这一下殷仲堪怒了，全都是升职加薪，就我被贬，什么意思嘛？这不是明显坑我。当即就拍桌子骂娘宣布不服从任命，抵抗到底。还专门给桓玄和杨佺期下命令，现在你们是我的下属，全给我听命，即刻进攻，不得拖延。
桓玄和杨佺期才不会这么傻呢，这边朝廷的诏书都下了，还听你，谁死都不一定呢！所以桓玄等人按兵不动，意思很明显，就是不想跟你混了。
殷仲堪一看形势不妙，自己在芜湖可能会遭受两面夹击（石城在芜湖的西面，建康在芜湖的东面），于是马上决定，撤回老巢，伺机而动。
殷仲堪说干就干，桓玄等人还没反应过来，他就已经回去荆州地盘了，成功躲过一劫。
但如果殷仲堪回去后就开始洋洋得意，那也可以宣布自己真的完了，现在最不应该的就是等，而要主动出击。殷仲堪明白，桓玄等人按兵不动虽然抗命了，但没来追击自己也说明，他们还在犹豫。虽然他们得到朝廷的任命，但是现在朝廷的信誉可想而知，谁还真信呢？殷仲堪抓住了这一点，马上对桓玄和杨佺期下了一道命令：如果不各自散归州郡，大军到江陵，当杀掉所有存活的人。
意思很明显，我的大军到了荆州，你们还不散伙听话，我就把你们全部都杀光。
命令一出，着实吓坏了桓玄和杨佺期。虽然他们还在发着朝廷给他们的空头支票梦，但是殷仲堪的军队也不是开玩笑的，而且自己手下的军队也都是人家分出来的，说不好大伙就哗变了。
果然，就在桓玄等人忧虑的时候，殷仲堪的部下刘系就连夜带着二千人离开，果断抛弃了杨佺期，回到了殷仲堪的怀抱。
这一叛逃杀伤力可谓真的巨大，杨佺期的军队当时就开始躁动起来，人心思变。桓玄一看，防民之口甚于防川，还是先别做白日梦先了，稳住才行。当即宣布撤军，回荆州。杨佺期这边就更不用说了，一溜烟也跟着回去了。
殷仲堪一个被贬谪的官员竟然还能秀出这样的操作，的确是够胆量。看到桓玄几个跟着回来，殷仲堪就在寻阳（今天湖北黄冈）一带选择跟他们结盟。
虽然用了很大的口气（可能一辈子也没刷牙，口气可想而知）让桓玄等人回来了，但殷仲堪对自己被贬谪的事依旧是有忧虑，所以就决定做一个新的势力安排，宣布推举桓玄做新的领主，继续反抗朝廷。
桓玄虽然对殷仲堪不太感冒，但毕竟人家还有荆州的实力，于是就不情不愿地答应做盟主。三个人在各种内在不满下达成了表面一致，做了表面朋友，共同对抗朝廷。殷仲堪为了让联盟稳固，还和杨佺期交换了儿子做人质。
新的同盟出现，当然要一个新口号，于是他们喊出了：为王恭伸冤，诛杀刘牢之和司马尚之等。给国家人民一个交代。
这一下司马道子就炸了，自己的故技重施成功了一半竟然被绝地翻盘，实在是可恶，现在他们三人虽然内心矛盾重重，各自不满，但是表面敌人（司马道子自己）还是很明显的，一时还很难拆散，加上荆州的实力一向十分难以捉摸，如果贸然开战，建康这个下游位置并不占有优势。
经过这一系列的反反复复变化后，司马道子终于没辙了。打吧，胜算不大，不打吧，拖着也不能。那就只有一条路了，那就是——讲和。
不久，晋安帝（司马道子假借）给殷仲堪发了一封诏书：近来因为将军盲目依附王恭，使朝廷忧心如焚。现在既往之事，不宜挂怀，因此请将军班师退兵，顺从朝廷旨意。改任官职，只是权宜之策。将军之大义，实感朕心，现在恢复将军原职，安抚所部，解甲休兵，则内外安宁。
意思也很明白，之前我看你被坏人忽悠了，很着急，于是借着打压你的策略让你清醒过来。现在我看你已经清醒了过来，就把你的官职一切都归还给你，大家就当啥都没发生，一起享受太平日子。
这一个诏书可以说是最好的选择了。对大家来说都是一个可以接受的局面，朝廷不失名声，殷仲堪等人也好下台，保住实力。所以内部矛盾重重的殷仲堪几个，一听到诏书就接受了。一场大的内乱也用这样的方式宣布结束。
内乱之后，东晋末年的大混乱跟着就到来了，这个就是著名的五斗米道的起义。
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