《大明王朝1566》開頭第一集的第一幕是打死周雲逸，原因是臘月沒有下雪，周雲逸說是上天預警，劉和平在原著裡這樣描寫：“於是朝野的浮言又悄悄漫向了皇上。一場由天象引起的政潮已經暗流洶湧。”
比較一下就能看出海瑞和周雲逸的不同之處。要知皇帝又叫天子，周雲逸說上天預警，這番言論其實是從根本上否定了嘉靖皇帝的合法性，同時由第一集裡的對話可以知道，周雲逸其實是裕王的人，嘉靖要杖殺周雲逸也是為了給裕王警醒：不要結黨。
而海瑞呢？海瑞十分聰明，無論是現在的這番言論，還是在後來呈給嘉靖的《治安疏》裡，他都談的是實際問題，在那篇奏章裡他先將嘉靖比作堯舜禹湯，然後再不斷提出皇帝的各種毛病，從一開始都沒有否定掉皇權。可是無論周雲逸還是楊繼盛，都在否定嘉靖的合法性。這是根本上的威脅。
不像很多人從黃仁宇《萬曆十五年》和當年明月《明朝那些事兒》裡對海瑞只能作為道德楷模卻不能辦實事的評價，歷史上的海瑞其實是一個十分有能力的官員。那麼海瑞究竟多有能力呢？
海瑞在擔任江南巡撫期間，就解決了困擾了幾百年的吳淞江淤塞問題，海瑞以精準的判斷憑一己之力力排眾議，由是旱澇有備，年年豐登，吳民永賴，樂利無窮，在當時就連他的政敵都不得不感慨萬世之功被他成了。而當我們將目光放得更長遠一點就能發現，海瑞的治水工程還引發了一場開埠設城運動，從而形成了一個世界級的大都市，上海。可以說沒有海瑞就沒有現在的上海。
此外，海瑞在針對後來導致李自成造反的驛站問題上也有極大的貢獻，如果當時沒有權貴極力勸阻而最終罷策，這項政策對明王朝的延續也許會產生非常大的作用。這樣的一個海瑞，根本不是什麼只有道德沒有能力的無用之臣，而是真真正正的孤臣，沒有私心、無黨無派。
很多觀眾都認為，本劇最高思想的凝結是嘉靖的那一番長江黃河論：長江之水灌溉數省兩岸之田地，黃河之水也灌溉兩岸數省之田地，只能不因水清而偏用，也只能不因水濁而偏廢，自古皆然。這個海瑞不懂這個道理，在奏疏裡要朕只用長江而廢黃河，朕其可乎？反之，黃河一旦氾濫，便需治理，這就是朕為什麼罷黜嚴嵩殺嚴世蕃等人的道理。再反之，長江一旦氾濫，朕也要治理，這就是朕為什麼罷黜楊廷和夏言殺楊繼盛沈煉等人的道理。
其實不然，上述這段話只是對嘉靖思想的精華總結，而不是海瑞的。當嘉靖問海瑞他奏摺裡妄談的那些堯舜禹湯、漢文帝、漢宣帝、漢光武、唐太宗、唐憲宗、宋仁宗、元世祖都去了哪裡時，海瑞說：“都在，在史冊裡，在人心裡。”
也因此嘉靖不可能殺海瑞，嘉靖殺別人可以說是他人搏名、結黨，但對這樣一個海瑞，他殺了就意味著承認自己是紂王，海瑞是比干了。嘉靖要做的是逼迫海瑞認錯。其它所有官員都在自己控制之下，海瑞沒有。嘉靖必須要留下自己的歷史形象。
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