《大明王朝1566》开头第一集的第一幕是打死周云逸，原因是腊月没有下雪，周云逸说是上天预警，刘和平在原著里这样描写：“于是朝野的浮言又悄悄漫向了皇上。一场由天象引起的政潮已经暗流汹涌。”
比较一下就能看出海瑞和周云逸的不同之处。要知皇帝又叫天子，周云逸说上天预警，这番言论其实是从根本上否定了嘉靖皇帝的合法性，同时由第一集里的对话可以知道，周云逸其实是裕王的人，嘉靖要杖杀周云逸也是为了给裕王警醒：不要结党。
而海瑞呢？海瑞十分聪明，无论是现在的这番言论，还是在后来呈给嘉靖的《治安疏》里，他都谈的是实际问题，在那篇奏章里他先将嘉靖比作尧舜禹汤，然后再不断提出皇帝的各种毛病，从一开始都没有否定掉皇权。可是无论周云逸还是杨继盛，都在否定嘉靖的合法性。这是根本上的威胁。
不像很多人从黄仁宇《万历十五年》和当年明月《明朝那些事儿》里对海瑞只能作为道德楷模却不能办实事的评价，历史上的海瑞其实是一个十分有能力的官员。那么海瑞究竟多有能力呢？
海瑞在担任江南巡抚期间，就解决了困扰了几百年的吴淞江淤塞问题，海瑞以精准的判断凭一己之力力排众议，由是旱涝有备，年年丰登，吴民永赖，乐利无穷，在当时就连他的政敌都不得不感慨万世之功被他成了。而当我们将目光放得更长远一点就能发现，海瑞的治水工程还引发了一场开埠设城运动，从而形成了一个世界级的大都市，上海。可以说没有海瑞就没有现在的上海。
此外，海瑞在针对后来导致李自成造反的驿站问题上也有极大的贡献，如果当时没有权贵极力劝阻而最终罢策，这项政策对明王朝的延续也许会产生非常大的作用。这样的一个海瑞，根本不是什么只有道德没有能力的无用之臣，而是真真正正的孤臣，没有私心、无党无派。
很多观众都认为，本剧最高思想的凝结是嘉靖的那一番长江黄河论：长江之水灌溉数省两岸之田地，黄河之水也灌溉两岸数省之田地，只能不因水清而偏用，也只能不因水浊而偏废，自古皆然。这个海瑞不懂这个道理，在奏疏里要朕只用长江而废黄河，朕其可乎？反之，黄河一旦泛滥，便需治理，这就是朕为什么罢黜严嵩杀严世蕃等人的道理。再反之，长江一旦泛滥，朕也要治理，这就是朕为什么罢黜杨廷和夏言杀杨继盛沈炼等人的道理。
其实不然，上述这段话只是对嘉靖思想的精华总结，而不是海瑞的。当嘉靖问海瑞他奏折里妄谈的那些尧舜禹汤、汉文帝、汉宣帝、汉光武、唐太宗、唐宪宗、宋仁宗、元世祖都去了哪里时，海瑞说：“都在，在史册里，在人心里。”
也因此嘉靖不可能杀海瑞，嘉靖杀别人可以说是他人搏名、结党，但对这样一个海瑞，他杀了就意味着承认自己是纣王，海瑞是比干了。嘉靖要做的是逼迫海瑞认错。其它所有官员都在自己控制之下，海瑞没有。嘉靖必须要留下自己的历史形象。
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