其實孫傳庭唯一一點值得稱道的軍事資本，就是曾經帶著鐵甲精銳，去屠殺漫山遍野的流民，當時的闖王高迎祥還不是五年後的闖王李自成，壓根就沒有百戰之兵，手裡就十幾萬連戰陣怎麼站都分不清還拿著木棒抵抗的難民大軍。所以孫傳庭打敗過高迎祥，並不是孫傳庭厲害，是高迎祥太弱。
活捉了高迎祥，孫傳庭就從人生巔峰一下滑落，跌到了谷底。
在牢裡白白蹲了五年，外面的世界變了很多，高迎祥沒了，還有李自成，搞得熱火朝天，崇禎手上的牌幾乎打光了，還能找誰，就想起尚在獄中的孫傳庭，要派他去攻擊李自成。其實他不知道這五年的時間，李自成的軍隊已經經歷了怎樣的變化，再也不是他熟悉的那一隻拿著木棒被官軍一衝就撒丫子到處跑的難民大軍了，而是一直旗號森嚴，甲堅兵利的天下雄軍了。
孫傳庭認為官軍打難民，連戰術都不需要，就是那麼一衝，然後十幾萬首級信手拈來的事情，前兩任還會戰敗，只能說是太無能了。於是對崇禎說，剿平叛逆，五千精兵足矣。這不是吹牛，在孫傳庭遙遠的記憶中，這是十拿九穩的事情，蕩平李自成簡直就像是白撿的功勞一樣。
第二次陛見的時候，孫傳庭在天子面前許下軍令狀，保證三個月就能再次指揮秦軍出兵攻擊闖營，而且一定能馬到成功給開封解圍。崇禎聞言大喜，馬上提拔孫傳庭為三邊總督，讓他剋日趕赴陝西上任，並且賜給他尚方寶劍，將秦軍的兵權盡數相授。
孫傳庭也一點都不耽誤，到了陝西就召集軍隊，急吼吼的要出關撿功勞，害怕哪一家的官軍突然爭氣了，一不小心把闖軍給滅了，那就沒功勞了。
但是賀人龍這個秦軍碩果僅存的最大軍頭，當面就潑了孫傳庭一頭冷水。孫傳庭召見賀人龍，掏出一份已經寫好就送去京師的奏章，上面盛讚了賀人龍的武功韜略，孫傳庭在賀人龍看奏章的時候拍著胸脯說：“兄弟我已經保舉賀帥提督甘陝軍務，等把闖賊一舉蕩平，給開封解圍，那便是封爵也不是不可能。”不等孫傳庭說完，賀人龍就跳將起來，把手中的那封奏章揉成一團，怒氣衝衝地大喝一聲：“我們不被闖賊一舉蕩平，老子就隨你這個書生的姓！”在奏章裡孫傳庭聲明賀人龍也是力主出兵而且會為他統領十萬秦軍，賀人龍忍無可忍，兩手三下五除二把那奏章又扯開撕了個粉碎。
雖然秦軍中也是大小相制、山頭林立，但賀人龍自問絕對無法用幾萬秦軍兄弟的性命為自己換前程，而且賀人龍還覺得自己手下有一支精兵，更是朝廷賴以抵禦闖軍於潼關之外的最後依靠，孫傳庭雖然糊塗，但不能不重視自己的意見：“現在發兵出關，那是去一個死一個，去兩個死一雙。”
孫傳庭勃然變色，帳外湧進來一群標營衛士，隨著孫傳庭一揮手就把賀人龍不由分說地拿下：“本官奉天子明令，你這廝不思報效國家反倒貪生怕死，本官豈能容你。”在喝令把賀人龍拖出去殺頭的時候，便是孫傳庭的兩位幕僚都勸說臨陣斬將，軍心不利。出關心切的孫傳庭才不管這些，也正好需要一個首級來震懾一下那些支支吾吾不肯跟他出關撿功勞的秦軍軍頭們。然後下一步就是解散賀人龍的軍隊，一同被處死的家丁數以千計。
得到了兵權和說一不二的威力，孫傳庭就開始了作死的軍旅生涯。
十萬秦軍出潼關，和楊文嶽，左良玉在朱仙鎮和李自成大戰。結果全軍覆沒，孫傳庭逃回了潼關。這一次，秦軍在數年內損失的兵力已經超過了二十萬，累世將門死光了，新一代的將門子弟要重新成長起來擔當重任，沒有十年是沒辦法了。孫傳庭很聰明，幹出了這種鳥樣，沒事，有一個人可以幫著擦屁股，背黑鍋，那個人就是崇禎。
殺良冒功這一項，孫傳庭自己就是祖師爺級別的。逃回潼關的孫傳庭心有餘悸，因為朱仙鎮看見的闖軍，旗鼓鮮明，兵甲齊全，久經戰陣，再也不是記憶中那群拿著木棒的難民了。孫傳庭上書崇禎天子，承認闖軍的現況和他的預料有一點微小的偏差，因此需要一年的時間來練兵，然後就可以完成他“三月平賊”的大業。崇禎對此予以鼓勵，讓戶部設法擠出錢糧供應陝西，同時對尚在明廷統治下的百姓加徵賦稅，以應付越來越大的開支。孫傳庭已經打定主意了，就是死也不再出潼關了，不斷的尋找不出兵的藉口，火器不堪用，瘟疫橫行，士兵訓練不足，沒有足夠的將領等等原因。孫傳庭能上任的主要原因，就是崇禎需要一支大軍去給被李自成包圍的開封解圍，倒不是因為開封裡面的百姓或者開封這座城，而是因為開封裡面住著一個親王，周王。百姓可以死絕，河南可以丟的一個不剩，可是皇帝的親屬，朱洪武的子孫，大明的宗室，不能有一點閃失。
其實在孫傳庭第二次出關之前，開封就已經解圍了。
孫傳庭壓力小的多了，只是在李自成去洛陽包圍福王的時候，崇禎才又開始催促孫傳庭出兵。孫傳庭是打定主意了不出關，百般拖延，每天密切關注李自成的大軍去哪了。直到洛陽城破，福王被煮了福祿湯，也怡然自得的要錢要糧，從容練兵。等到李自成大軍到了襄陽，孫傳庭算了一下距離，離自己已經很遠了，頓時膽氣也足了，覺得還是要出關一次，殺一批良民，砍下首級往北京送一送，應付一下才行。接著傳來消息，闖軍內訌，李自成殺了羅汝才，老回回和李自成分道揚鑣，孫傳庭覺得機會成熟了。蒐羅了二十萬大軍，這段時間新近徵召的士兵，加上陝西各地本來不該調動的守城部隊，把被趕出河南的汴軍，從川北逃到陝西的川軍，河北軍、魯軍紛紛調動到自己身邊，集中了所有能集中的兵力，準備第二次出關。就是電影中的那一次，在崇禎的不斷催促下，英明神武的孫督師，不得不在準備不足的情況下，倉促出關。儘管做了這些軍事上的準備，但崇禎皇帝對是否能夠剿匪成功仍然非常擔憂，在內閣的竭力勸說下，崇禎天子終於同意下旨免去河南地區賦稅三年，希望能夠幫助孫傳庭爭取民心，這是崇禎皇帝第一次同意河南免稅，雖然河南已經淪陷很久了，可是崇禎就是在免稅的問題上不鬆口。
崇禎十六年八月下旬，孫傳庭抵達洛陽，並且佔據了這個已經被摧殘的沒有人煙的重鎮。等佔領洛陽之後，孫傳庭的幕僚們勸他在此固守，收復洛陽已經是可以向朝廷有個交代，而且洛陽一帶表裡山河，二十萬大軍在此堅守，料想區區幾千、上萬的闖軍是無法輕易奪回的，再說這裡離潼關也不遠，萬一大事不妙可以迅速退守。可孫傳庭不這麼看，闖軍的主力仍然繼續南下，並且開始著手進攻襄陽。由此孫傳庭判斷闖軍志在江西、湖廣、福建，那麼收復河南的大功可以輕易地落入囊中，於是急忙督軍繼續向南進發。出洛陽之後，明軍開始行走在有百姓生存的地區，在抵達汝州縣之前，孫傳庭已經斬殺河南百姓十餘萬，當作闖軍的首級上交給崇禎報功。沿途完全見不到闖營的士兵，孫傳庭更加堅信自己的判斷沒有錯，在把百姓的首級交給朝廷的同時，孫傳庭在奏章中大吹大擂，告訴崇禎皇帝：“賊聞臣名皆潰。”崇禎聞報大喜，當天將孫傳庭的報捷書交朝臣轉念，內閣當然是一片阿諛之聲，皆稱崇禎皇帝命孫傳庭出關是“滅賊勝招。”唸完了孫傳庭的信，之前因為覺得反正也收不到河南賦稅而同意免稅的崇禎皇帝又變卦了。
孫傳庭一路旗開得勝讓他覺得收稅有望後，當天崇禎皇帝就出爾反爾，嚴令內閣挑選合適的地方官員，馬上趕赴河南收復的諸縣上任，並且催收欠稅。當然，這個時候崇禎皇帝還沒有料到他用不了多久就會第二次下詔免除河南賦稅。九月五日，剿匪軍抵達汝州，入城後孫傳庭將滿城百姓屠殺一空。汝州之後是寶豐，此城城內有三百闖軍留守，聽說官兵一路屠城的寶豐百姓決定內應官兵投降換取孫傳庭的寬大處理。孫傳庭好言安撫了出來投降的縉紳，第二天在內應的協助下攻入寶豐。消滅了留守的闖軍之後，孫傳庭依舊把寶豐全城屠殺一空，其中男性人頭盡數上繳朝廷報功，女性全部賞給剿匪軍充當軍妓。甚至連出城和孫傳庭聯繫，充當內應的寶豐縉紳都沒能倖免遇難。寶豐大屠殺以後，全城只剩下二百六十人存活，而且這些人並沒有因為孫傳庭發善心才免死的，而是因為他們有親屬在朝中做官。寶豐大屠殺絕不是控制不住軍隊，而是孫傳庭在經過鑑別篩選後，把所有孫傳庭認為殺了也沒有關係的人都殺了。寶豐之後是魯山，魯山城中沒有闖軍留守，因為得知了寶豐大屠殺後，魯山百姓拒絕方秦軍入城。孫傳庭下令剿匪軍攻城，攻破魯山後孫傳庭不留一個活口，全城老幼一個不留，甚至連女人都不放過——這裡的婦女甚至連被充為軍妓活下去的機會都沒有。離開魯山，下面一個縣是唐縣，唐縣父老效法寶豐派縉紳去與孫傳庭談判，希望剿匪軍能夠大發慈悲。孫傳庭信誓旦旦地保證絕對不會繼續殺人，唐縣縉紳相信了孫傳庭的承諾，回到城內說服百姓同意剿匪軍入城。十二日，孫傳庭的剿匪軍進入唐縣後，孫傳庭立刻如同寶豐一樣進行鑑別工作，將一百多有親屬在朝中做官的人挑出來安置。孫傳庭的邏輯顯然就是凡是沒有絕對必要活下去的百姓，就沒有必要活下去。鑑別工作完成後，剿匪軍開始屠城，和寶豐一樣沒有進行抵抗的唐縣，得到了和寶豐一樣的待遇，孫傳庭把婦女全部赦免為剿匪軍的軍妓。
寶豐的二百六十人，加上唐縣的一百餘人，共計不到四百人。不知道從洛陽到唐縣之間百姓有多少人事先逃離了家鄉，但在孫傳庭的剿匪軍過後，這三百多人是有史可考的僅存的生還者。汝州、寶豐、魯山、唐縣，擁有數十萬戶籍人口的這片地區，在短短不到十天裡，就被孫傳庭將百姓減少為三百餘人。這就是崇禎皇帝的心腹重臣，孫傳庭孫督師的收復河南工作，一件打著“撫育生靈，剿賊安民”旗號的工作。
中國的土地是片多災多難的土地，在這片土地上對中國的百姓進行滅絕人性的大屠殺有過很多次，最近的比如努爾哈赤的鐵嶺、瀋陽、遼陽等大屠殺，將來還會有多鐸的揚州、尚可喜的廣州，再往後還有日軍的南京。
不過即使是努爾哈赤、多鐸和尚可喜，甚至日軍，都沒有孫傳庭殺得這麼幹淨。
尤其可悲荒誕的是，孫傳庭是中國的官員，他帶領的軍隊打著中國軍隊的旗號。
這些豐功偉績，明史裡面語焉不詳，不敢說的太細，損壞了孫督師的光輝形象，顧城顧老先生，在查閱了上千部地方縣誌之後，把那段避重就輕的歷史挑出來了，你明史不說，難道地方縣誌上面天日昭昭的記載，就要永遠的深埋在歷史的漩渦之中麼。
李自成聽說孫傳庭出關了，立馬回師，要去打秦軍。
潼關你不好好守著，你要出來惹事，那就不能跟你客氣了。九月底，孫督師聽說闖軍要回來收拾自己了，立馬上書，道路泥濘，糧草轉運困難。表示會帶領剿匪軍返回潼關。剿匪軍就開始返回陝西，秦軍的第四次出關，和前三次最大的不同就是根本沒有遇到李自成的主力抵抗就自行退卻，唯一的戰果就是在郟縣殺了因為受傷沒有跟著李自成去襄陽的果毅將軍謝君友。孫傳庭想著見好就收，秦軍是主力部隊，要平安帶回，其他各路外省軍就不管了，就把他們都派去斷後，形成一道成扇形的防禦線。
如果闖營攻勢不強，他們守住了河南那自然孫傳同的功勞就更大了，收復了大量失地並且守土不失。如果他們沒能守住，那也不是孫傳庭的錯，他把河南收復了，但是因為糧草不濟所以回潼關去了，而無能的其他各省總兵把孫督師辛辛苦苦收復的土地又丟給闖軍了。
這些斷後的部隊中，有個叫陳永福的河南總兵，壓根不敢斷後，其他的官軍打不過大不了就投降，跟著李自成一起打天下，這陳永福是不敢這麼玩的，因為李自成瞎掉的那隻眼睛就是陳永福在戰場上一鍵射瞎的，並且當時還擔心朝廷不重視他的這個射瞎寇首的功勞，多次在奏章之中自吹自擂，弄的天下皆知，要是落在李自成手上，能不能來個痛快的死法都沒有保證。
也不敢把希望寄託在李自成大人大量不計前嫌上面，帶著自己的人往小路上就跑了，這一跑其他各路大軍看見了，也有樣學樣的跟著跑，明知賠本的買賣沒人願意做。
然後沒有斷後部隊還不自知的孫傳庭，優哉遊哉的走到郟縣才發現，已經被闖軍追上了，郟縣大戰，秦軍第四次全軍覆沒。
孫傳庭又逃回潼關，追擊過來的劉宗敏當天就拿下已經無人願意堅守的潼關，孫傳庭死於亂軍之中。
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