无锡自汉初建县后，除西汉末王莽时期曾一度称“有锡”县外，一直名为无锡。清雍正二年（1724年），无锡县析置金匮县，简称金。至此一个县开始分成两个县，但并不是当时所有无锡都称“金匮”。两县以运河为界，大抵西北为无锡县，东属金匮县，至辛亥革命后的1912年复合为无锡县，前后历经188年。
两县各设县署。无锡县署附设县丞署、典史署、高桥巡检司署，金匮县署附设主簿署、典史署、望亭巡检司署（后改为荡口巡检司署）。学宫两县共用，无锡县设教谕署，金匮县设训导署。
无锡县署驻西门内老县前，金匮县署驻北门内新县前。朝廷命官派到县级，无锡县为知县、县丞、典史、巡检、教谕5员，金匮县为知县、主簿、典史、巡检、训导5员。知县（七品），由督、抚署派，不用本省人，不规定任期，但需到任5年才能提升，到任3年才能调职。县丞（八品）、主簿（九品）为知县辅佐，主管粮秣、征税、户籍等事项。典史未入流，主管治安、缉捕、狱囚。巡检掌管境内要冲及繁华市镇的治安、兵事。教谕、训导负责教育。知县聘幕友数人佐理，有刑名、钱谷、书启3师爷分佐司法、赋税、文书等。两县衙设吏、户、礼、兵、刑、工6房（科），分别承办人事、户政、祭祀、兵事、刑民案牍、城建营造等行政事务。两县署各有大批衙役、捕快，称马、步、壮3班，无锡县有248人，金匮县有147人。司法与钱粮（以田赋租税为主）为两县署的主要事务。两县署均设监狱和常平仓。西门外的水次西仓400余间，储两县租税实物。
清咸丰十年（1860年）四月十日，太平军占领无锡。随即建立地方政权，仍分无锡、金匮两县，设监军局，属太平天国苏福省常州郡。采取军政合一、寓兵于农的政策，编制仿太平军军制，以5家为伍，设伍长；5伍为两，设两司马；4两为卒，设卒长，5卒为旅，设旅帅，1旅相当于原1图；5旅为师，设师帅；5师为军，设军帅。1军共12500家。各级官员统称乡官。军帅以上为监军，监军辖6个军帅。监军相当于知县。无锡监军先后为华二、厉双福（又名厉月斋）。监军局先驻城内道长巷，后驻堰桥塘头镇。金匮监军为黄顺元（后叛变），监军局先驻东门尤渡里，后驻东亭。两县监军受锡金守将节制。锡金守将府在城中驳岸上药师堂前。
太平天国政府对商业采取保护政策，要求商号公平交易，不囤积居奇，不高抬物价，为发展商业而减轻税收。监军局曾举行科举考试，以选拔人才。
同治二年（1863年）十一月二日，无锡的太平军在清军围攻下失败，无锡失守，锡、金两县监军局随之消失。
太平天国战事中，两县官署治所均遭焚毁。战事结束后，无锡县署迁至上寿庵，金匮县署迁至清宁尼庵，其他各官署都迁至民居。清同治七年（1868年），恢复水次西仓270余间。清光绪元年（1875年），两县监狱与典史署重建。数年之后，两县县署在原地恢复。
19世纪80年代，无锡知县支持开化乡乡民反对洋商茧行用大秤压价收茧的斗争。90年代初，无锡发生“教案”，两县知县因“得罪”洋人被摘去顶戴。90年代中叶起，无锡近代工业开始兴起，开办工厂或“奏办”，或由江苏巡抚、省商务局、清廷农工商部等批准立案，两县署对此有所不满，持保守态度。光绪二十六年，两县署会同地方部分士绅阻止保兴面粉厂建厂。光绪三十年，两县署纵容米商发动“毁学事件”，因事关违抗“新政”，江苏巡抚端方严饬两县署查办。
清宣统三年九月十六日（1911年11月6日），同盟会员秦毓鎏等人发动光复起义，推翻清朝无锡地方政府，组织锡金军政分府，接收无锡、金匮两县署及下辖各官署，统一两县政务。军政分府驻新县前原金匮县署（此后的无锡县政府机关长期设于此处）。
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