乾隆统治前期，天下基本太平，但是远远没有达到四海升平的境界。当时，比较盛行的地下宗教有白莲教、大乘教、罗教、宏阳教、收元教、长生道、清水教等，有的教派被有私心的人利用，成为敛财的工具，也有野心家利用百姓对封建君主专制的不满，发展教徒叛乱。
大乘教阴谋叛乱
大乘教是流传最广的教派，张保太是大乘教创始人，云南大理鸡足山人。康熙年间，张保太就在鸡足山传教，张保太自取法名“道岸”。康熙二十年（公元1681年），张保太创立大乘教，自称“西来教主”，正值平定吴三桂等人三藩叛乱之后，云南百姓饱受战乱之苦，盼望“明主”出现，大乘教宣扬明主降临天下太平，聚众诵经，百姓纷纷加入，大乘教发展到全国各地，信徒几万人。
雍正时期，大乘教引起朝廷注意，雍正八年（公元1731年），清朝逮捕张保太，打算处以绞刑，张保太在监狱关押期间，雍正皇帝去世，乾隆登基后，大赦天下，张保太回到家乡，暗地里继续传教。
乾隆六年（公元1742年），张保太去世，儿子张晓继承大乘教教主职位，但是，张保太的弟子刘奇更有组织能力，很快就取代张晓成为大乘教新教主，刘奇以云南、贵州、四川为大乘教大本营，向全国传教，成为一个庞大的教派。
乾隆十一年（公元1747年）三月，大乘教再次引起官府注意，贵州总督张广泗密奏乾隆皇帝，大乘教燎原之势发展，恐生叛乱。乾隆高度重视，下了九道谕旨，命云南、贵州、四川、江苏、直隶、湖广、江南、江西、山西等地官府缉拿大乘教的大小首领。
云南总督逮捕了大乘教原教主张晓和现教主刘奇的徒弟刘钧、杨声等六人，张晓和刘钧被凌迟处死，其他人斩立决。
贵州总督张广泗缉拿了创始人张保太的弟弟张二郎，通过审讯得知了大乘教的聚会时间和地点，将大乘教在贵州的重要人物一网打尽，逮捕了大乘教的贵州首领魏明琏，得到了大乘教的内部信息，基本瓦解了大乘教在贵州的势力，只有一个叫朱牛八的首领逃脱。
朱牛八是一个非常神秘的人，但是朱牛八是白莲教的一个首领，朱牛八加入大乘教，意味着白莲教和大乘教的联合，白莲教曾宣传“清朝气数已尽，四方正佛出自王门，胡人灭亡之后，何人登基？牛八原来是土星。”宣扬朱牛八是未来的皇帝。
四川巡抚追查大乘教不利，多次收到乾隆责骂，四川巡抚抓住了大乘教骨干份子129人，后来抓住了大乘教四川首领李奇和苏君贤。
北京虽然是清朝首都，但是大乘教活动却非常猖獗，大乘教的北京首领吕斋婆逃脱了抓捕。其他省份抓住了大乘教的主要首领。
乾隆命令将大乘教的主要首领斩首，其他次要人员或流放或免罪，持续了九个月的追捕，乾隆十一年十一月，大乘教结案。
罗教的简短起义
罗教起源于明朝嘉靖年间，创立人罗清，山东即墨县人，罗清吸取了佛教“万物皆空”的理论，认为真空是宇宙的本源，又结合了道教和宋明理学，认为万物都是无极化，罗教又被称为“无极教”和“太极教”。
罗教后来发展到浙江，浙江处州府庆元县姚普善将罗教发扬光大，留下了《三世因由》一书，书中说罗教初世姓罗，二世姓殷，三世姓姚，他们都是天上弥勒佛化身，号为无极佛祖，百姓男女老幼都可以加入这个宗教，不过必须吃斋，凡是教徒，都必须用“普”字作为教名。
乾隆初期，姚普善的后人姚正益每年都去福建传教，刚开始教徒不多，后来人数越来越多，教徒都把姚正益奉若神明。
这些教徒自号老官斋教徒，经常聚会吃斋，后来，声势越来越大，乾隆十二年（公元1748年），老官斋的首领陈光耀搭建帐篷，聚集大量乡民吃斋念经，引起地方官府不安，官府抓捕了陈光耀。
陈光耀被抓捕后，老官斋的大小首领担心牵连自己，商量劫狱。一个叫宋锦标的教徒妻子严氏是个女巫，自称能通神，她扬言弥勒佛降临到自己身上，准备治理乱世。很多教徒受到鼓舞，搜集兵器，设置元帅、总兵、副将、游击、守备、千总等军衔，每人头上裹一块布，准备攻占州府。
几千名教徒直奔宁府城，宁府城知府徐士俊开始还不信，后来收到官兵报告，才知道是真的，立即派兵镇压。
老官斋的教徒都是乌合之众，虽然有几千人，但不是官兵的对手，一经交战，教徒就被打散，纷纷逃亡山中，官兵进山抓了三百多人。
乾隆知道后，不仅没有嘉奖宁府城知府徐士俊，反而因为他平时不知防范，导致罗教老官斋做大，失职被撤职。
镇压老官斋叛乱后，老官斋教派一人被凌迟处死，四十九人被斩首，九人被绞死，发配充军八十八人，其余人轻罪处理。
清水教大起义
清水教原名八卦教，是康熙初年由刘佐臣创立，刘佐臣是山东单县人。清水教自称喝一杯水，可以七七四十九天不吃饭不喝水。
清水教第一代教主刘佐臣，第二代教主是刘佐臣的儿子刘儒汉，第三代教主是刘儒汉的儿子刘恪，第四代教主是刘恪的儿子刘省。
自从乾隆取缔大乘教和罗教之后，民间的教派传播更加隐蔽，官府认为邪教已经没有了。
乾隆三十七年（公元1772年），清水教教徒山东濮州人谌梅带一本邪书来到河南临颍县传教，被官府查获邪书，后来，山东巡抚抓获了清水教的濮州首领王中。
邪书是王中写的，里面有一句“平明不出周刘户，近在戊辰己已年”，王平说是气功引导之术，练习气功应该在天微明时起来。另一句“也学太公渭水事，一钓周相八百秋”，王中解释说，太公、八百秋是教导人们修身行善，这样才能延年益寿，活的像姜太公那么长。
山东巡抚将案情上报乾隆，乾隆仔细观察邪书，觉得大有蹊跷，发现“明”有改动痕迹，很像是“胡”字，如果是“胡”字，指的就是满族，那么这本邪书的后台就是企图推翻清朝的邪教。“平胡不出周刘户，近在戊辰己已年”意思是说推翻清朝是姓周或姓刘的首领，很快就要开始行动。
经过查明，发现王中的上级是一个叫刘省的老教主，刘教主下面有三个教派分支，分为先天、中天、后天，王中只是分支的教派首领。乾隆得知后，立即下令捉拿刘省，并从刘省卧室地下挖掘出一万两千两白银，全部是刘省从教徒手中搜刮得来。
在审问下，刘省供出了清水教的主要头目，官府抓捕了很多首领，后来，刘省被处斩，刘省的弟弟和儿子被判斩后，王中等人被绞刑处死，其余人轻罪处罚。但是，清水教最重要的人物王伦逃脱了。
王伦是山东寿张县人，王伦年轻时认识了清水教的一个堂主张既成，加入了清水教。王伦拳脚功夫很好，还会气功，经常在家乡行医传教，王伦的教徒很快发展到几千人。
清水教教主刘省被抓后，王伦也很担心以后的日子，但是，王伦为人看病不收钱只收徒，所以他的教徒比较忠心，三教九流的人也愿意跟他混。所以，王伦的教徒比较齐心，也很有战斗力。
乾隆三十六年，除了清水教教主刘省被抓，山东还发生了饥荒，官府不但不赈灾，还额外征收赋税，导致许多农民无以为生，王伦趁机宣布起事，王伦宣扬“在八月以后，会有四十九天大劫，大劫之时会有大风雨，跟随我的人可以免遭劫难。”
清水教在八月二十八日起事，攻占了寿张县城，杀死知县沈齐义。后来，果然如王伦所言，风雨大作，于是相信王伦的人越来越多，王伦又攻占堂邑县和阳谷县，跟随王伦的教徒有几千人。
王伦决定攻打临清作为大本营，九月七日，山东巡抚带兵五百攻打起义军，结果还没有到跟前，军兵的枪炮就用完了，官兵反而被清水教起义军围住，山东巡抚逃亡临清城。
王伦带领起义军攻打临清城，王伦用“邪术”让官兵的枪炮失效，实际应该是长期下雨反潮所致，官兵们惊慌失措，用鸡血狗血抵挡起义军。
后来，清军在德州、青州相续派兵支援，王伦退守到临清的旧城，这时王伦的手下有上万人。
德州援军来到临清旧城和王伦交战，王伦带兵大败德州援军，援军退守东昌，王伦趁机阻断漕运，劫夺漕粮。起义军控制运河之后，官兵不敢南下交战。
王伦阻断漕运，朝野震惊，乾隆大为不满，这时，给事中李漱芳上奏折，认为清水教之所以滋事，主要是因为山东饥荒和地方官隐瞒灾情引起的，这些奸民主要是一些饥民，生活所迫。山东很多饥民流徒到京城附近，官兵拦截不许他们北上，就是怕皇上知道灾情。
李漱芳认为，官兵镇压应该把握好度，镇压和安抚饥民，同时改良山东地方吏治。
乾隆听后大怒，认为李漱芳为刁民说话，纯粹是沽名钓誉！乾隆否认山东有灾情，假如有灾情，地方官员怎么敢隐瞒？乾隆派大学士舒赫德为钦差大臣，指挥山东剿灭起义军，并暗中调查山东饥荒问题。
钦差大臣舒赫德精明强干，指挥三路大军围攻王伦起义军。王伦寡不敌众退回临清旧城，舒赫德指挥大军攻入临清旧城进行巷战，起义军拼命抵抗，巷战非常惨烈，两千多起义军战死，几千人受伤。
后来，官兵得知王伦在一座楼上，将这座楼团团围住，王伦的副将劝王伦投降，王伦宁死不降，点火自焚而死。清水教起义军被镇压下去。
镇压完起义军，乾隆让舒赫德调查山东饥荒，舒赫德实地调查后，证实了李漱芳所奏，山东确实有饥荒，粮食歉收，地方官隐瞒实情。乾隆对调查结果不满意，山东地方官也极力否认，乾隆始终认为地方官员不敢隐瞒实情，因此更倾向于李漱芳为个人沽名钓誉，命令舒赫德再次调查灾情是否属实，舒赫德洞悉乾隆意图后，得出了山东并无灾情的结论，民变完全由王伦等邪教徒图谋造反。
乾隆对这次的调查结果很满意，批评李漱芳拿乱民造反为借口，沽名钓誉，是蛇蝎心肠，将李漱芳降为礼部主事，四年后，礼部员外郎空缺，吏部尚书永贵建议李漱芳补缺，被乾隆骂沽名钓誉，罢免了永贵的吏部尚书职位。
李漱芳的奏折提醒乾隆关注民生，改良吏治，为清朝的统治着想十分中肯。乾隆却十分固执，自认为是个圣君，任何决定都没有错误，官员绝不敢欺上瞒下。虽然通过武力镇压解决了清水教造反问题，但是清朝的衰落也已经开始。
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