快速發展的水產業集約化生產在提高經濟效益的同時也帶來新的問題。在集約化高密度養殖模式下，養殖水體自身汙染非常嚴重，許多學者的研究表明，在養殖過程中餌料利用率較低，養殖過程中大量的殘餌、生物代謝物、動植物屍體等有機物積累於養殖池底，這些有機物在嫌氣細菌的作用下會腐敗分解產生大量對水產養殖動物有毒的物質，導致養殖水體的理化環境和生態環境嚴重惡化。另一方面，人類生活汙水、各種工業廢水、農業廢水等的超量排放，汙染了養殖用水水源，造成養殖水質下降，養殖環境惡化。病原微生物種類增多和傳播速度加快，養殖生物病害發生日趨嚴重，給水產養殖業造成嚴重損失。據不完全統計，全國每年發生中等程度以上的養殖病害面積佔養殖總面積的20％以上，年損失產量超過146多萬噸。在海水養殖業和集約化程度較高的養殖上尤為嚴重。隨著 水 產 養殖規模的不斷擴大，集約化養殖程度的不斷提高，水產養殖池的富營養化程度越來越高。有機物的大量投放使殘餌、魚蝦的排洩物等富營養因子共存於一個水體，加上池塘自淨與調節能力的降低養殖水體中化學需氧量(COD)、生物耗氧量(BOD),氨氮、硝酸鹽與亞硝酸鹽、硫化物等。指標嚴重超標，池塘水質惡化，魚蝦病害頻頻發生有機物汙染、氨氮、亞硝態氮積累是池塘養殖水體惡化，魚蝦病害發生和品質下降的主要誘因。利用水體有益微生物實施生物修復是目前研究與開發的熱點，篩選獲得淨水功能和製劑生產性能優良的優勢芽孢桿菌菌株或其組合是創制高效微生態淨水產品的關鍵。
益生菌—複合水產微生態製劑是指由許多有益微生物及其代謝物構成、可以直接使用的活菌製劑，它具有無毒副作用、無耐藥性、無殘留、低成本、效果顯著等特點，有效地克服抗生素、激素、防腐劑、農藥、化肥等化學農業所產生的種種副作用。
隨著水產養殖業的不斷髮展，大部份養殖用戶已逐步由過去，等養殖對象生病——濫用魚藥（受到魚病高峰期爆發性死亡等突發性事件影響），轉變為：預防為主導的新型養殖模式——水體環境修復。在養殖水體中有益菌與有害菌同時存在，當水體惡化時，實際是有害菌佔有絕對優勢，從而導致不適合養殖對象的生存。水質的惡化是引起養殖對象發病的主要原因之一，導致水體惡化，水體菌相藻相的不平衡並不是在短期內就能形成的，而是經過較長時間各種綜合因素引發的。我們平時如能做到利用微生態製劑（即有益菌）定期調節水質、改良底質，就能防止養殖對象水體環境的惡化，從而讓養殖對象少生病或不生病。
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在生產上各類養殖業主使用水產微生態製劑時卻會發現：有的使用效果明顯；有的客戶初期效果明顯，但反彈快；另一部份客戶使用效果卻沒有。根據我們現場調查和與養殖業主交談出現這種情況的原因：
一、生產廠家生產水平莨莠不齊
益生菌無論內服還是外用的確有確定的效果。從2007年全國第一次水產微生態協作會議統計，全國生產銷售水產微生態製劑的廠家有上百家，其中具有正規的生產設備及發酵工藝廠家並不太多。加上目前國家對微生態製劑缺少統一的標準，從而造成一種門檻低易進入的觀念。一個小作坊就可生產水產微生態製劑。另一方面養殖用戶普通對於獸藥認證GMP標誌較為熟悉，但實際獸藥GMP生產與微生態製劑生產工藝截然不同。往往在購買時，誤認為具有此認證的也具有生產微生態製劑資格，其實不然。微生態製劑的生產需要菌種培養設備、多個菌種種子罐、複合發酵罐等設備構成。不具備此設備的生產廠家有可能是通過購買源液、稀釋、勾兌簡單生產，從而導致各類客戶購買、使用效果不明顯甚至由於生產工藝簡單雜菌含量較多反而起到反作用等等。 。
二、科學使用益生菌製劑是第二個重點環節
複合微有益菌的使用，需要科學的使用，否則會造成效果不明顯或是反作用。如肉眼觀看水體渾濁、不良時，某種意義上來分析水體中含有懸浮物、有害有機質、餌料殘物、糞便等過多，因用以芽孢為主導菌進行分解。但生產上會出現，養殖對象三到五天左右時間卻出現浮頭等現象產生，從而讓客戶感到不滿意。產生的原因有可能是沒有進行事先的水體常規檢測，實際此水體中溶解氧偏低。而芽孢每三十秒繁殖一次，耗氧量較大。同時氧氣不足只能降低氨氮，不能降亞硝酸鹽。如：使用單一光合細菌需要光照，有機物豐富，在光照不充足、水質偏酸性的環境中使用，效果肯定不明顯。又如：對於水體明顯發生發黑、池底老化狀況的水體，必先用生物底改，再輔以乳酸菌、放線菌為主導菌種進行調水。在實際使用如不先進行最大限度的改底，就算有效果。由於底部有害機質及餌料殘物、養殖對象糞便等長期在底部，調水時沒有以分機能力較強的芽孢為主導複合菌種進行最大限底的分解從而導致一但出現下雨等天氣影響，水體的攪拌動，底部有害物質又滲入到水體中部及上部。促使水體環境變惡劣（如PH值、氨氮、亞硝酸鹽等）影響養殖對象的生長及攝食。
三、正確認識水產益生菌——枯草芽孢桿菌的調水作用
（一）水產養殖中的調水包括肥水和淨水。肥水的含義，一般有以下幾種： A、營養鹽類含量高
B、有機物含量高
C、可消化有益藻類含量高
我們所說的肥水的要求實際上指水體中可消化利用的浮游植物含量高，即水色濃。
距檢測，浮游植物量1250px），10～20mg/L時水色較濃，大於20mg/L時，水色很濃，透明度<1000px。
為了達到理想的養殖用“肥水”，在養殖初始階段，一般往水中投入較多的有機肥和化肥、生物肥。化肥的效果比較速效，但肥效短；有機肥的肥效長，但肥效慢。現在，一般以有機肥為主。有機肥的營養成分大多數都是有機大分子（蛋白、脂肪、糖類、難溶性有機酸等），不能直接被藻類吸收，必須經過水中的細菌分解為小分子的氨基酸、肽類最終礦化成無機鹽（磷酸鹽、硫酸鹽、碳酸鹽等）才能被植物吸收。在養殖初期，水中的細菌數量還比較少，因此在此時添加枯草芽孢桿菌製劑，用於分解水中的有機大分子，經氧化、氨化、光合磷酸化、解磷、固氮等一系列生化反應，最終轉化成易被藻類利用的無機鹽。枯草芽孢桿菌製劑對於水體中有機物的分解來自兩方面的內容：A、枯草芽孢桿菌製劑中的活菌，可以在水中產生多種分解酶，將有機肥中的大分子分解成為小分子，但這一過程發生在芽孢桿菌激活擴繁之後。B、製劑中枯草芽孢桿菌代謝產生的酶類。枯草芽孢桿菌製劑中有豐富的多種酶類，比如蛋白酶、澱粉酶、纖維素酶、多糖酶等等。這些酶類在進入水中之後就開始發揮分解有機肥的作用。 實踐證明，在水體中添加芽孢桿菌製劑可使水體變綠（水肥）的時間提前3天左右。隨著水溫的升高，提前的速度還會更快。
同時芽孢桿菌製劑的載體類型對於肥水的效果有一定的影響。主要有兩方面的內容：
A、載體的可溶性。整個製劑的溶解性越好，肥水的效果越好。溶解好的載體可以在水中有均勻的分佈，增加製劑與有機肥以及大分子接觸的機會，提高製劑中的酶與菌體分解的效果。同時溶解性好，可以使菌體在水中的分佈不會出現局部濃度高而刺激原生動物與輪蟲的增長。
B 載體的有機與無機性。常用的無機載體有麥飯石粉、沸石粉、膨潤土、小蘇打等。有機載體有麩皮、次粉、玉米粉、糠、澱粉、葡萄糖等。總的來說，無機載體內含多種常量和微量營養素，有利於藻類的生長，小蘇打則含有藻類生長繁殖所需要的碳源。 有機載體在水中分解為藻類能利用的元素需要很長的時間，而進一步分解為水生動物的食物則比較容易，易於促進水生動物的生長。澱粉與葡萄糖價格比較貴，一般較少採用。因此在養殖早期，為了促進藻類的生長與繁殖，促進肥水，一般不採用有機載體，而採用無機載體。
在早春或養殖水域的培水期，要利用微生物製劑促進肥水，採用無機載體或可溶性載體，避免出現施肥多，水生動物多，原生動物、輪蟲與枝角類提前出現，大量吞食新生藻類而導致藻類繁殖不起來，施肥不見“水肥”，水質惡化，魚蝦放養後出現缺氧而導致養殖失敗。
菌多多 五百億芽孢調水王 菌量大 活力好 複合芽孢桿菌，每克菌粉含有五百億個芽孢菌；
（二） 枯草芽孢桿菌對藻相平衡的影響
鮮、活、肥、爽是水產養殖業主追求的水質目標。平時所說的老水一是指浮游生物大量死亡，水色發黑；二是指水色過濃，透明度過低（
在每一個養殖環境中，都存在一個由無機物、非生命有機物與細菌、浮游植物、浮游動物、原生動物四大生物種群所組成的生態體系。這一體系的動向，直接左右著池塘水質的變化。有機物質包括飼料殘餌、水生動物及各種生物的排洩物、水生植物屍體等，它們與池塘中的生物種群有著密切的關係。養殖水域中的有機物，只有及時得到自身的淨化與處理，生物群體之間才能維持平衡態勢。早期池塘中，它們各具有相應的群體數量。以浮游植物為一方，浮游動物和原生動物為第二方，細菌為第三方，當它們在池塘中的結構是正常的、合理的話，就共同維持了養殖環境有機體系的平衡。 其平衡的內在實質是：浮游動物：浮游植物=1：100萬，或者說浮游動物佔浮游植物的1/100萬。在這種情況下，作為第三方的細菌種群，就對這個比例具有很好的調節作用。它可以分解有機物為小分子，釋放出無機鹽，被藻類生長利用，從而促進藻類生長繁殖；又可以作為原生動物和輪蟲、枝角類的食物，促進浮游動物的生長。
養殖水域中的微生物主要來源有以下幾個方面：Ａ、空氣中微生物。Ｂ、水生動物腸道中排出的細菌。Ｃ、土壤中的細菌。由於水體的相對厭氧與水生動物腸道的相對厭氧， 在水中的細菌以兼性厭氧菌和厭氧菌為主。特別是在投放水生動物以後，來源於水生動物腸道中排出的細菌就成了養殖水體中細菌的主要來源。 對於水體中有機物的分解氧化能力，通常是需氧菌>兼性厭氧菌>厭氧菌。有機物如果氧化不徹底，就會釋放出大量的有毒的代謝產物。因此自然條件下水體中的微生物菌群不能擔負在集約化高密度養殖方式。即使採用充氧曝氣方式，但因水中菌群好氧分解能力不足，而使這種水體自淨方式顯得非常脆弱。
水生動物的糞便中有大量的腸道厭氧細菌（可佔糞便總體積的1／3～1／2），他們降解水中有機物的能力不強。但可作為原生動物、輪蟲、枝角類的食物，營養價值卻比水中的有機顆粒高很多。現在已經有大量的實驗證明一些細菌（光合細菌、酵母菌）對於輪蟲和原生動物具有非常重要的營養價值。於建平（1989、1990）研究發現在無菌狀態下，麵包酵母對於輪蟲沒有餌料價值，而當添加了由輪蟲培養池外分離的芽孢桿菌、假單胞菌以後大大增強了麵包酵母的營養價值。我們的實驗表明，用枯草芽孢桿菌的菌體與發酵雞糞和氨基酸發酵液按一定的比例飼餵臂尾輪蟲，輪蟲的生長效果很好，繁殖速度快。這是因為芽孢桿菌、光合細菌、乳酸菌含有大量的維生素B12。據推算每個輪蟲每小時至少可從細菌體內攝取2.7×10-13維生素B12克。因此，自 開始喂料起，浮游動物數量的上升是一個不可改變的客觀趨勢。
為了儘量維持1：100萬這一平衡關係，我們就需要對水域中的微生物菌群進行控制，投入分解糞便、殘餌能力強的需氧菌——芽孢桿菌，對水中有機物進行徹底、及時的降解，以滿足藻群生長的物質需求。枯草芽孢桿菌是理想的選擇之一。枯草芽孢桿菌的調水作用主要發生在藻類生長的平衡期。在這段時間，新生長的藻類和死亡的藻類基本是平衡的。此時投入枯草芽孢桿菌的主要目的在於及時分解死亡藻類、殘餌、糞便，及時促進新生藻類的出現。這時芽孢桿菌製劑的投放有幾個應該引起關注的點：A、芽孢桿菌的數量。投放量要比肥水時大得多。原因有（1）此時水中有機物的含量非常高，量少了效果不好。（2）此時水質較肥，浮游動物非常多，特別是輪蟲和枝角類，對於枯草芽孢桿菌的濾食作用非常強。B、載體類型。一般選用漂浮或懸浮的顆粒性載體比較好。可以漂浮在水面上，利用空氣中的氧氣和水中的有機物進行增殖。一般不選用沸石粉、麥飯石粉等沉澱性載體。（3）投放時間。選在有陽光的上午作用效果比較好。在白天，水中的溶解氧過飽和，有利於芽孢桿菌發揮作用。此時，水的PH值水面和水底差別比較大，上層因為藻類的光合作用對於水中二氧化碳的消耗，PH值有可能超過9，輪蟲等浮游動物基本在水底活動，此時如果使用漂浮性或懸浮性的載體可以避開輪蟲對芽孢桿菌的採食。提高作用效果。還有就是水面的溫度比較高，也利於芽孢桿菌充分分解水中有機物。上午投放是保證枯草芽孢桿菌的最佳作用時間會長一些，提高作用效果。（4）投放的頻率。一般的觀點認為７～１０天投一次，但根據我們的實驗，要防止藻群的突然死亡，３天投放一次，會獲得更大的保證。
枯草芽孢桿菌的調水作用實際上就是促進藻相的更新，及時分解水中有機物，防止藻類的突然死亡。另外枯草芽孢桿菌作為浮游動物的優良餌料也會促進輪蟲等浮游動物的增長，增強浮游動物對於藻類特別增殖速度很快的單胞藻的濾食作用，降低藻類的過度增長。
枯草芽孢桿菌可防止糞便、死藻、殘餌的過度積累，導致水質完全惡化。
（四）、枯草芽孢桿菌的淨水作用水體中的有益細菌和有益單細胞藻類，是水體淨化最普通而又最有效微生物，對池塘水質、底質的改良與修復效果十分明顯。如果人為加入大量的有益微生物或者大量促進水體原有的微生物繁殖生長，就有可能對養殖多年的老化池塘進行有效的修復，以恢復到水產養殖的理想生態環境。池塘底質多以膠凝粒子存在，各種有機物、營養鹽、微量元素大多以絡合體凝集在一起，不易釋放到水體中。結果一方面池塘底質不能被分解越積越多，而另一方面水體有益菌、藻類沒有足夠的養分而不能大量繁殖，水體無法進行有效淨化和生態循環。如果人為的投入一定量的枯草芽孢桿菌製劑或其它的生物製劑 來修復池塘水質底質， 使水體緩慢釋放各種營養物質，添加進去的有益菌和池塘原有的有益細菌和藻類就有足夠的營養生長繁殖，以達到淨化水質和分解底質修復水體環境的目的。由於養分的釋放緩慢而不會過量，水體沒有過多的養分，有害菌、藻無法與有益菌、藻類競爭而受到抑制，不會過度滋生而使水質惡化。
國內目前有益微生物在水產的應用日益被接受和重視，但研究僅於起步階段。在應用方面，國內獨立開發的主要是一些單一菌株，如光合細菌、芽孢桿菌、蛭弧菌等；複合製劑主要是仿製或引進國外的商品，且多數是對生長速率、餌料轉化率、存活率等方面的數據，在水產養殖方面和養殖水質處理以用活菌處理汙染方面還沒有更科學的研究手段和內容評價作用機理和使用效果，應用於研究的報道也不多。枯草芽孢桿菌迅速降解水體中的殘存飼料、魚類的糞便及其它有機物，特別是清除池塘底部積累的殘餘飼料、排洩廢物、動植物殘體；同時，還能吸收利用水體中的氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等有害物質，能有效避免固體有機物和有害物質的積累。這些藻類為主的浮游植物所產生的光合作用，又為池塘底棲動物，水產動物的呼吸，有機物的分解提供氧氣，從而形成池塘良性的生態循環。促使有益微生物的大量繁殖，在池塘內形成優勢種群，可抑制病原微生物的繁殖，減少疾病發生。
水域汙染治理成為人們頭疼的一大難題。人們採用加註新水，曝氣、臭氧氧化、使用斜發沸石進行離子交換等方法，但這些方法有很大的侷限性，脫氨效果並不理想，不能從根本上解決問題。對氨氮、亞硝酸鹽等化學汙染物以及禽畜糞便等的處理難以奏效，用化學的方法投入高且易造成二次汙染。以菌制菌、生物治汙技術近年來逐漸受到人們的重視，並在汙水處理等領域得到廣泛應用。 美國、日本和歐洲許多國家十分重視水質處理問題。在這些國家各行各業的水質處理均採用微生物製劑，並已達到預期效果。微生物製劑對環境沒有危害，同時還能促進生物鏈的良性循環。因此，改善水產養殖水域環境實施生態養殖已成為養殖業生產可持續發展的關鍵技術和研究熱點。
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