在《紅樓夢》中，妙玉是爭議比較大的人物。有人說她真高潔，有人說他假清高。
妙玉出生於蘇州的一戶富貴人家，祖上是讀書仕宦之家。因自小多病，買了許多替身兒皆不中用，到底親自入了空門，在玄墓蟠香寺出家，方才好了，所以帶髮修行。
書中一僧一道來化香菱時，甄士隱沒有理會。癩頭和尚來化林黛玉時，林如海夫婦也沒有理會。香菱、妙玉和黛玉，在精神氣質都有某種共通之處，那就是生命的靈性。妙玉矯矯不群，黛玉孤傲清高，香菱喜歡詩。也許，妙玉和香菱是另外兩個平行世界裡的黛玉，她們的命運是黛玉生命的另外一種展開。
妙玉的判詞：“欲潔何曾潔，雲空未必空。可憐金玉質，終陷淖泥中。”潔是生命的純淨，空是對於世界人生哲理的覺悟。
妙玉有潔癖，賈母帶著一大幫子人到櫳翠庵喝茶，她不喜歡劉姥姥喝過她茶的那個成窯杯子，如果不是寶玉求情，她說即便是打碎了，也不給她。又說如果是她喝過的杯子，即使是打碎了也不會給劉姥姥。
佛經裡講，修行的人，世法平等，無有高下。妙玉也沒有能夠做到，賈母來喝茶的時候，他對賈母就比對劉姥姥熱情得多。
賈母帶劉姥姥在外面吃茶，妙玉悄悄把黛玉和寶釵引到屋裡吃體己茶，被寶玉跟進來發現。妙玉“仍將前番自己常日吃茶的那隻綠玉斗來，斟與寶玉。”
她用另外的杯子給黛玉和寶釵斟茶，卻用自己的杯子給寶玉斟茶，即便是在很開放的現代，能同用一個杯子的喝茶的男女，絕不是普通地朋友關係，更不用說在有男女之大防的古代了。這說明，妙玉離六根清淨還比較遠。
書中，妙玉和寶玉的關係比較曖昧。第五十回眾人雪天於蘆雪廣即景聯詩，李紈讓聯詩落後的寶玉去櫳翠庵乞梅，要派人跟著，被黛玉攔了下來，說“不必，有了人反不得了。”妙玉對寶玉那點小九九，黛玉還是心裡有數的。
第六十三回寶玉生日，白天夜裡狂歡了兩場，都沒見妙玉的身影，寶玉第二天梳洗完之後，忽然看見硯臺底下壓著一張紙，拿出來一看，原來是一張粉箋，上面寫著：檻外人妙玉恭肅遙叩芳辰。寶玉驚的直跳，一問才知道是妙玉派人送來的。這一次，幸虧有邢岫煙的指引，寶玉很得體地回了一個帖子。
妙玉對寶玉的這種情感，賈環是看不慣的。續書中，妙玉被強盜綁架了，賈環就幸災樂禍地說：“妙玉這個東西最討人嫌的。他一日家捏酸，見了寶玉就眉開眼笑。我若見了他，他從不拿正眼瞧我一瞧。真要是他，我才趁願呢！”
對於妙玉的結局，有紅學家認為淪落為妓女，然而像周汝昌、劉心武等學者認為妙玉沒有成為妓女。有一條脂批說：“瓜州渡口……紅顏固不能不屈從枯骨。”有紅學家推測她可能在榮府敗亡後，流落到瓜洲，被一個老頭買去作妾。研究者對此的解釋是，妙玉為了自己的高潔而自殺身亡。
在《紅樓夢》的曲子裡，有一首是關於妙玉的，其中有“太高人愈妒，過潔世同嫌”。在那個時代，無論是林黛玉還是妙玉抑或是香菱，都躲不了掉入烏淖中的命運。
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