所有的計算機病毒都是一種可執行程序，而這一可執行程序又必然要運行，所以對系統來講，所有的計算機病毒都存在一個共同的危害，即降低計算機系統的工作效率，佔用系統資源，其具體情況取決於入侵系統的病毒程序。
同時計算機病毒的破壞性主要取決於計算機病毒設計者的目的，如果病毒設計者的目的在於徹底破壞系統的正常運行的話，那麼這種病毒對於計算機系統進行攻擊造成的後果是難以設想的，它可以毀掉系統的部分數據，也可以破壞全部數據並使之無法恢復。
但並非所有的病毒都對系統產生極其惡劣的破壞作用。有時幾種本沒有多大破壞作用的病毒交叉感染，也會導致系統崩潰等重大惡果。
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