光緒二十四年（1898）的六月中午，帝師翁同龢看到光緒“午正二駕出，餘急趨赴宮門，在道右磕頭。上回顧無言，臣亦黯然如夢，遂行。”《翁同龢日記》翁同龢看著被他從小帶大的學生光緒帝的冷漠表情後，至此師生幾十年的關係徹底決絕，一手被翁同龢教育長大的學生竟然如此冷漠，讓翁同龢恍然如夢。
兩代帝師翁同龢
也就在前一天，翁同龢接到諭旨勒令退休回家的諭旨：“協辦大學士翁同龢近來辦事多不允協，以致眾論不服，屢經有人參奏，且每於召對時，諮詢事件任意可否，喜怒見於詞色，漸露攬權狂悖情狀，斷難勝樞機之任。本應察明究辦，予以重懲，姑念其毓慶宮行走有年，不忍遽加嚴譴，翁同龢著即開缺回籍，以示保全，欽此。”
後世圍繞到底是慈禧還是光緒罷免翁同龢問題不斷展開討論，然而從現存資料和光緒對其師的決絕態度來看，罷黜翁同龢的人就是光緒本人，只不過慈禧未對此事持有立場而已。
從根本上來講，保守老邁的翁同龢已經難以跟進光緒的熱血改革步驟，而作為皇帝的老師與皇帝本就親密無比，在關鍵問題上難免敢於與光緒公開對立，甚至是嚴重衝突。光緒打算重用長期在總理各國事務衙門任職，又曾出使美、日、秘三國的張蔭桓時遭到了許多大臣的激烈反對。光緒不為所動，堅決要重用康有為這個老鄉，叫翁同龢出面“推重力保”，意圖掃清障礙。不料翁同龢卻不配合，就是不肯推薦張蔭桓，以至於和光緒進行長時間頂撞“臣據理力陳，不敢阿附也。語特長，不悉記。”以此可以想見，頂撞光緒的激烈程度。
光緒皇帝
另外一件事就是關於光緒如何會見外國使節使用的禮儀問題，光緒批准外國使臣的車馬可以直入禁門時，遭到翁同龢激烈反對。同年，德國亨利親訪問北京，光緒帝打算在毓慶宮接見，同時批准其成轎進入華東門，仍然受到翁同龢反對，以至於惹得光緒帝“盛怒”，逐條駁斥翁同龢的意見，並且借斥責剛毅為名發洩對翁同龢的強烈不滿。《翁同龢日記》
雖然師生有著超乎尋常的情誼，然而隨著光緒對革新的強烈期盼，這個守舊的老師再也難以成為他的支撐力量，甚至成了他的絆腳石。
翁同龢書法
站在帝國的角度，亢進急於變革的光緒急於擺脫落後國家虛弱狀況，但是他要革新卻沒有太多支持和理解他的人，包括他的老師。從光緒的性格來看，小時候在慈禧面前乖乖的如同小貓，但是對身邊的太監們動不動就進行體罰，甚至自己親自動手，偏執性格曾被翁同龢形容為“聖性如此，令人恐懼”。作為帝師的翁同龢對這個學生依舊當做小孩子來看，如同長者關愛年輕人一般，凡事力求固態平穩，生怕一個過激舉動造成震盪。很大程度上，翁同龢對光緒的不斷勸言和反對變成了對光緒的掣肘。
膠州事件發生後，光緒命翁同龢前往德國駐華公使館談判，但翁同龢堅決拒絕，第一次，翁說“此舉無益”，第二次，翁稱“未敢奉詔”翁抗辯的態度讓許多臣僚驚訝：“同任訝餘之憨”。最後恭親王奕訢進行斡旋，只好改派李鴻章和張蔭桓前往，對類似這樣的事情光緒一忍再忍。這也解釋了為什麼在開缺翁同龢時“近來辦事多不允協”的緣故。然而，如果此事沒能經慈禧批准絕對不可能辦到，慈禧手中掌握一品大員的絕對任免權，更何況是大學士一類的高官。
慈禧
根據《清代起居注冊》和《德宗實錄》等史料記載，光緒和慈禧太后分別再紫禁城和頤和園兩處，光緒早朝之後需要去御和園給慈禧請安，翁同龢也趕去，慈禧還關心問翁同龢：“遠來飯否”且要翁同龢“且下去飯”。第二天，光緒便頒發將翁開缺回籍的上諭，顯然，正是這次光緒與慈禧的會晤，最終達成一致將這個已經不再順手的老師趕回老家，讓幾十年陪伴的翁同龢感覺“黯然如夢”，此後光緒在激進之中，逐漸走向了悲劇的路線。
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