公元1259年即蒙古宪宗九年也就是南宋开庆元年8月11日，宪宗蒙哥在四川合州钓鱼山病逝。蒙哥的突然去世，引发了一个严重的问题，那边是谁当继承汗位成为蒙古第五位大汗？忽必烈？还是阿里不哥？请容小编慢慢道来。
汗位之争
蒙哥死后，忽必烈的正妻察必派使者密报，和林众臣谋立忽必烈之弟阿里不哥，而且阿里不哥已经派阿蓝答儿在开平附近调兵，脱里赤在燕京附近征集民兵，使者催促忽必烈早日北还。
11月17日，儒臣郝经上《班师议》，陈述必须立即退兵的理由，坚定了忽必烈退兵北返的决心。忽必烈声称要进攻南宋首都临安，留大将继续对鄂州的围攻，增加对南宋的军事压力，南宋丞相贾似道派使者请和，约定南宋割地，并且送岁币，忽必烈于是在当日撤兵北返。
中统元年（南宋景定元年、1260年）1月4日，忽必烈率军抵达燕京，解散了脱里赤征集的民兵，“民心大悦”。忽必烈率军在燕京近郊驻扎，度过整个冬天，并积极和诸王联络，准备在中统元年（南宋景定元年、1260年）春天召开库里台大会，举行登基大典。
中统元年（南宋景定元年、1260年）5月5日，忽必烈登基成为大蒙古国皇帝即蒙古帝国大汗。
另一方面阿里不哥驻守在大蒙古国首都哈拉和林，素来反对忽必烈的汉化政策。1260年5月5日，忽必烈在精兵拥立下于中原开平自立为大汗；阿里不哥在哈拉和林被蒙古本土贵族推举为大蒙古国大汗。双方遂展开激烈内战，历时达四年之久。
1261年，忽必烈占领哈拉和林后再次发兵进攻，大败阿里布哥军于昔木土脑儿。1264年8月21日阿里不哥力竭投降，被忽必烈幽禁。
汉化的忽必烈
忽必烈与阿里不哥分别代表当时蒙古贵族的两种倾向。阿里不哥坚持蒙古的古老传统，忽必烈则开始适度汉化。
忽必烈还在潜邸时，就已结识中原文士，熟悉中原汉地的情况。在他的王府中，聚集了一大批以汉族为主的知识分子，成为忽必烈的幕僚。
早在窝阔台大汗时期就已投靠蒙古贵族的汉族知识分子窦默和姚枢等先后被忽必烈招聘重用。窦默为忽必烈讲解三纲五常、正心诚意之说；姚枢为忽必烈讲解儒家治国平天下之道。
忽必烈在和林结识的僧人子聪（后赐名刘秉忠），是一个于书无所不读、论天下事如指掌的人，由于他博学多能，善于出谋划策，深受忽必烈重视。南宋淳佑十年（1250年），他向忽必烈上万言策，提出：治乱之道，系乎天而由乎人，以马上取天下，不可以马上治。主张改革当时的弊政，减赋税差役，劝农桑，兴学校等。
蒙哥即位后不久即任命忽必烈负责总领漠南汉地事务 忽必烈在这段时间内任用了大批汉族幕僚和儒士，如刘秉忠、许衡、姚枢、郝经、张文谦、窦默、赵璧等等，并提出了“行汉法”的主张。
儒士元好问和张德辉还请求忽必烈接受“儒教大宗师”的称号，忽必烈悦而受之。忽必烈尊崇儒学，“圣度优宏，开白炳烺，好儒术，喜衣冠，崇礼让。”
忽必烈在总理漠南蒙古过程中，通过崇儒汉化，尽收汉族知识分子及汉地人心，使他在与阿里不哥之争的过程中能调动更多的人力物力，资源优势，并最终夺得汗位。
知识延伸：忽里台大会
1206年成吉思汗建立蒙古国后，忽里台大会成为蒙古国的最高国事会议，主要职能为推举大汗。由于铁木真是通过该会议被推举为大汗的，以后历朝大汗继位，都按照这个传统由忽里台大会推戴。
初期几任大汗皆由该会议推举产生或认可通过，直至忽必烈时期，蒙古黄金家族内部争位斗争空前紧张，成功夺得汗位的忽必烈继位后再也不曾召开忽里台大会。也正是对于忽必烈此举的反对以及对其过分偏向中原政策的反感，大蒙古帝国趋于分裂，使得四大汗国虽名义上为元朝属国，但已经基本与中原有分别主权。
从本质上来说，忽里台大会与不断加强的帝国皇帝专制中央集权有巨大冲突从而导致其正统性于后世遭受严重挑战。忽必烈以后，效仿中原的皇帝世袭逐渐成为正统，忽里台大会推举最高统治者也成为蒙古国早期的传统而逐渐淡出历史。
战争影响
这次内战导致了蒙古内部的巨大分裂。当时的蒙古各大汗国中，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国都支持阿里不哥，唯有伊尔汗国支持忽必烈。阿里不哥失败后各大汗国纷纷独立。
蒙古虽打下了巨大的土地面积，却没有了统一的政权。这次纷争，客观上为蒙古军事贵族中主张“祖述变通”以“补偏救弊”的一派把统治中心从碛北移至漠南，从而更加便利于他们采纳汉法，加强对中原的统治，提供了一个适逢其时的契机。
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