一、定義不同
有機肥料
（NY-525-2012）-行業標準
指主要是來源於植物和（或）動物，經過發酵腐熟的含碳有機物料，其功能是改善土壤肥力，提供植物營養，提高作物品質。適用於以 畜禽糞便、動植物殘體和以動植物產品為原料，並經發酵腐熟後製成的有機肥料。
農用微生物菌劑
（GB 20287-2006）-國家標準
指目標微生物（有效菌）經過工業化生產擴繁後加工製成的活菌製劑。它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質的作用；應用於農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分吸的供應量或促進植物生長、改善農產品品質及農業生態環境。
生物有機肥
（NY-884-2012）-行業標準
指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源並經無害化處理、腐熟的有機肥料複合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
二、技術指標不同
重點：看完定義，我們再來看下三種產品的對應的生產標準中要求的技術指標有哪些不一樣的地方（見下表）?
根據三個產品的定義和相應技術指標的對比，可以清晰地看到以下區別：
①有機質含量：有機肥有機質含量要求（≥45%）生物有機肥有機質要求（≥40%）其都對有機質的含量做了明確的規定，而微生物菌劑則沒有明確規定。
②有效活菌數：生物有機肥（2000萬個/克）和微生物菌劑對有效活菌數做了明確規定，微生物菌劑的數量要求更高，而有機肥因為生產過程中沒有特別要求添加功能微生物，故沒有要求。
③有效期：生物有機肥和微生物菌劑規定了明確的有效期，主要原因是產品中添加的功能微生物具有特定的有效時間，如果微生物失活，將不具備或降低相應產品具有的功能和效果。
三、三種肥料的主要功能側重點不一樣
①有機肥側重增加土壤有機質，改善土壤肥力；
②微生物菌劑側重的是微生物，本身並不具備或者具備少量營養成分，且主要用於作為微生物的載體，主要通過依靠微生物的生理代謝活動，促進土壤中有機肥、化肥、礦物質養分的釋放，微生物的次生代謝物含有較多的氨基酸、激素類等物質，可以有效地改善作物的品質，提高作物的抗性，同時還可以抑制土壤中有害菌的滋生，調節土壤理化性質。
③生物有機肥是兼具微生物肥料和有機肥效應的產品，既含有功能微生物，也含有一定量的有機質及營養物質。
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