一、定义不同
有机肥料
（NY-525-2012）-行业标准
指主要是来源于植物和（或）动物，经过发酵腐熟的含碳有机物料，其功能是改善土壤肥力，提供植物营养，提高作物品质。适用于以 畜禽粪便、动植物残体和以动植物产品为原料，并经发酵腐熟后制成的有机肥料。
农用微生物菌剂
（GB 20287-2006）-国家标准
指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂。它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质的作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分吸的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。
生物有机肥
（NY-884-2012）-行业标准
指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机肥料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
二、技术指标不同
重点：看完定义，我们再来看下三种产品的对应的生产标准中要求的技术指标有哪些不一样的地方（见下表）?
根据三个产品的定义和相应技术指标的对比，可以清晰地看到以下区别：
①有机质含量：有机肥有机质含量要求（≥45%）生物有机肥有机质要求（≥40%）其都对有机质的含量做了明确的规定，而微生物菌剂则没有明确规定。
②有效活菌数：生物有机肥（2000万个/克）和微生物菌剂对有效活菌数做了明确规定，微生物菌剂的数量要求更高，而有机肥因为生产过程中没有特别要求添加功能微生物，故没有要求。
③有效期：生物有机肥和微生物菌剂规定了明确的有效期，主要原因是产品中添加的功能微生物具有特定的有效时间，如果微生物失活，将不具备或降低相应产品具有的功能和效果。
三、三种肥料的主要功能侧重点不一样
①有机肥侧重增加土壤有机质，改善土壤肥力；
②微生物菌剂侧重的是微生物，本身并不具备或者具备少量营养成分，且主要用于作为微生物的载体，主要通过依靠微生物的生理代谢活动，促进土壤中有机肥、化肥、矿物质养分的释放，微生物的次生代谢物含有较多的氨基酸、激素类等物质，可以有效地改善作物的品质，提高作物的抗性，同时还可以抑制土壤中有害菌的滋生，调节土壤理化性质。
③生物有机肥是兼具微生物肥料和有机肥效应的产品，既含有功能微生物，也含有一定量的有机质及营养物质。
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