尼山書院，位於尼山孔廟東北隅，原為尼山書院學錄的辦公處所。
公元1336年（元至元二年），中書左丞王懋德奏請在尼山創建書院，並保舉彭璠為山長。此時的尼山孔廟，已公開稱為尼山書院，完全具備了祭祀和教育兩種功能，成為真正意義上的廟學合一。
山長的主要職責，是祭祀、教學等行政管理工作。元朝末年，尼山書院敗落，至公元1417年（明永樂十五年），五十九代衍聖公孔彥縉發起重修；公元1494年（弘治七年），六十一代衍聖公孔弘緒、四氏學學錄孔公璜又再次修建。
尼山書院的現存建築，是清道光年間所建。那個時候，尼山孔廟和尼山書院的建築及稱呼就區分開來，書院的教育功能，只剩下一定的象徵意義了。當時，尼山書院只是作為尼山建築管理者山長的住所，而此時山長的主要職責，只是主持尼山孔廟的祭祀活動了。
附：
山長：歷代對書院講學者的稱謂。
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