在清雍正時期，為了處理緊急軍務，雍正皇帝設立軍機房，後來改為“辦理軍機處”。軍機處設有軍機大臣、軍機章京，但這些人都是兼職。軍機處並不是國家的正式機構，裡面的人員也是沒有品極，沒有俸祿的。然而，軍機處又總攬軍政大權，成為了大清最有權力的機構。
類似軍機處這樣的機構有沒有先例呢？其實是有的，早在漢朝就有類似的機構。我們首先要知道，這類機構的出現往往是為了方便皇帝獨攬大權，巧妙地繞過正常的國家機構的牽制，把皇權直推下去。軍機處可以說只是皇帝的一個秘書處，卻又比任何一個正式的國家機構的權力要大。在以前最典型的就是尚書。
尚書本來和尚衣、尚冠等是一類的，也就是秘書一類的職業，掌握些文書的。到了東漢光武帝時期，劉秀鑑於西漢末年大權旁落於權貴之手，有意把權力集中於皇帝手中，於是把機密之事交給了尚書，也就是私人秘書手中，以此來制約三公。從此之後，尚書的權力大為增加，皇帝可以通過尚書檯這樣的秘書機構繞過國家正式機構行使自己的皇權。
隨著時代的發展，尚書檯這樣的秘書機構慢慢演變成了國家的正式部門，如到唐朝就成為三省六部的尚書省，這是國家的正式機構了。一旦成為了正式部門之後，強勢的皇帝為了加強自己權力的考慮，又會增設其他的臨時機構以繞過尚書省。在唐玄宗時期，尚書省的權力越來越小，安史之亂之後，尚書省基本處於有名無事的機構。
歷史總是這樣反反覆覆著，如果我們平時注意歷史，總會發現，一旦一位強勢的皇帝想集中權力的時候，就會在正常的國家機構之外新增一些以前所未聽過的機構。清朝的軍機處也是在這樣的狀況下誕生的。
軍機處後來為什麼消失了呢？是有別的機構代替還是發生了什麼呢？此時已經來到了清朝末年。大清國的前途在哪裡？朝廷裡的人都在尋找著答案，一個比較有共識的答案就是君主立憲。如果說在君主立憲上有不同的意見，基本上就在怎麼改革上面。
在當時，最不合理的機構正是軍機處，因為軍機處權力極大，但又無法負任何責任，按照君主立憲原則，肯定要設立責任內閣。既然設立責任內閣，就一定要裁撤一些部門，軍機處就是要裁撤的部門之一。
然而，裁撤軍機處是很多皇族貴族所不願意看到了。軍機處的存在體現了權力集中於皇族手中的事實。如果沒有軍機處，只有責任內閣的話，很可能會導致君主權力的旁落。畢竟責任內閣也不是對皇帝負責，而是對議會負責的。以鐵良為首的人堅決反對裁撤軍機處。
為了更快地推進君主立憲以拯救搖搖欲墜的大清王朝，清廷決定先易後難，擱置爭議，劃出了當時爭吵不止的範圍，有“五不議”，即軍機處不議，內務府不議，八旗事不議，翰林院不議，太監事不議。這一年是1906年。
擱置爭議其實是一種大智慧。到了1911年，第一屆責任內閣名單發佈時，軍機處被裁撤，僅僅5年時間，不再有人認為裁撤軍機處是不應該的。此時，軍機處已經失去了生存的土壤。軍機處和強勢的皇權是相輔相成的，當皇權弱勢時，這樣的機構其實也是無力的。
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