杜震堂在《完善農村房屋拆遷政策的法律思考》（2009）一文中提出：當前，農村拆遷中主要存在五個方面的問題：第一，拆遷補償標準調整不及時。有些區縣土地使用權價調整不及時，或調整不到位，造成政策規定的補償標準不適應當地快速上升的房屋市場價格，引起農民的不滿；第二，動遷項目執行補償標準有差異。在不同區縣和鄉鎮，同類動遷項目的補償標準，有的相差太大。有的同一建設項目拆遷時間較長，前後操作標準不統一，動遷過程前緊後松，造成前後補償標準不一致，引發前期動遷農民不滿；第三，違章建築拆遷矛盾尖銳。根據有關規定，農村違章建築在拆遷時不予補償，但由於農村宅基地使用權和房屋產權的權籍管理較薄弱，違章建築的防控機制和執法監督不健全，農村房屋超佔面積及違章搭建現象普遍，違章建築認定及補償已成為農村房屋拆遷爭議多發環節；第四，未辦理居改非的經營性房屋補償爭議多。根據有關規定，農村宅基地上的房屋屬於居住房屋，一般不能作為經營場所，確需用作生產經營用房的，應依法辦理房屋居改非變更登記。有些拆遷戶的房屋未取得居改非許可，卻取得工商營業執照，農戶在拆遷安置時要求按經營性用房補償標準補償，引起矛盾；第五，部分單位拆遷工作不規範。有些部門在農村房屋拆遷中工作程序和方法存在缺陷，操作不完備、不規範。有的重點項目，政府對項目完成時問和節點要求較高，為了片面追求建設和拆遷進度，有些部門工作方法簡單、粗糙。
國文在《農村房屋拆遷的特點》（2010）一文中提出：農民對拆遷政策普遍缺乏瞭解，對房屋補償和安置要求過高、農村拆遷戶中經濟貧困者居多，親群關係非常複雜、違章建築及搶建，搶裝修現象普遍，部分拆遷戶房屋面積超標嚴重、住宅用房與附屬用房的界定難，要求分戶，擴戶增加安置面積現象嚴重、房屋補償價格與當地實際交易價格相差懸殊等都是當前農村拆遷存在的主要問題。
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