杜震堂在《完善农村房屋拆迁政策的法律思考》（2009）一文中提出：当前，农村拆迁中主要存在五个方面的问题：第一，拆迁补偿标准调整不及时。有些区县土地使用权价调整不及时，或调整不到位，造成政策规定的补偿标准不适应当地快速上升的房屋市场价格，引起农民的不满；第二，动迁项目执行补偿标准有差异。在不同区县和乡镇，同类动迁项目的补偿标准，有的相差太大。有的同一建设项目拆迁时间较长，前后操作标准不统一，动迁过程前紧后松，造成前后补偿标准不一致，引发前期动迁农民不满；第三，违章建筑拆迁矛盾尖锐。根据有关规定，农村违章建筑在拆迁时不予补偿，但由于农村宅基地使用权和房屋产权的权籍管理较薄弱，违章建筑的防控机制和执法监督不健全，农村房屋超占面积及违章搭建现象普遍，违章建筑认定及补偿已成为农村房屋拆迁争议多发环节；第四，未办理居改非的经营性房屋补偿争议多。根据有关规定，农村宅基地上的房屋属于居住房屋，一般不能作为经营场所，确需用作生产经营用房的，应依法办理房屋居改非变更登记。有些拆迁户的房屋未取得居改非许可，却取得工商营业执照，农户在拆迁安置时要求按经营性用房补偿标准补偿，引起矛盾；第五，部分单位拆迁工作不规范。有些部门在农村房屋拆迁中工作程序和方法存在缺陷，操作不完备、不规范。有的重点项目，政府对项目完成时问和节点要求较高，为了片面追求建设和拆迁进度，有些部门工作方法简单、粗糙。
国文在《农村房屋拆迁的特点》（2010）一文中提出：农民对拆迁政策普遍缺乏了解，对房屋补偿和安置要求过高、农村拆迁户中经济贫困者居多，亲群关系非常复杂、违章建筑及抢建，抢装修现象普遍，部分拆迁户房屋面积超标严重、住宅用房与附属用房的界定难，要求分户，扩户增加安置面积现象严重、房屋补偿价格与当地实际交易价格相差悬殊等都是当前农村拆迁存在的主要问题。
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