隆庆六年（公元1572年）六月，神宗召见新任首辅张居正。居正向神宗表示，当今国家要务，在于遵守祖宗的旧制，不必纷纷更改。作为一个锐意进取的改革家，这是张居正和王安石的不同之处。王安石声称要改革，要创制，因此而大张旗鼓；而张居正只是在祖宗的旧制下动些小手术，虽然不是大气磅礴，但是行之有效，颇有点打“太极拳”的效果。
张居正不想把事情搞得太张扬，天翻地覆的革故鼎新固然伟大，但前进的速度越快，遇到的阻力也越大，新生事物往往因此而夭折。在这方面，张居正显得比王安石要老到、明智许多。政由人出，政治的废弛与混乱在于纪纲的不振。所以张居正上任后的第一个改革举措便是整饬纪纲。张居正澄清吏治、整肃纪纲的武器是京察和大计。按明制，京官每六年考察一次，叫“京察”，地方官每三年考察一次，叫做“大计”。
但在吏治腐败、法令不行的条件下，这些制度不能有效实施。隆庆六年（公元1572年）七月，张居正奏请举行京察。五品以下的由吏部、都察院会同考察；四品以上的官员责令自陈。此次察典，居正着实去除了几个“以言干政”的人。“芝兰当路，不得不锄”。他要实现自己的报国理想，顾不得一些小节，但他在官员的进退上仍然很有分寸，“天生一世之才，自足一世之用”，不轻易去一人。他的用人标准是“能办国家事，有礼于君者”。即使有这样的为国之心，但张居正仍不能为一些人所体谅。
京察只是张居正整顿吏治的前奏，好戏是考成法。在张居正谨慎持重的政治事业中，考成法可算是他的一件创举。万历元年（公元1573年）六月，张居正上疏请行考成法。考成法的主要特点是“立限考事”，“以事责人”。办法其实很简单，他只要各衙分置三本账簿。一本记载一切发文、收文、章程、计划，作为底本。
再同样造成两本账簿：一本送给各科备注，实行一事，注销一事，如若没有按期完成，必须由该科如实申报，否则以违制罪论处；一本送内阁查考，内阁根据账簿登记，对各科的工作进行检查。这样就形成六科稽查六部，内阁监督六科，层层监控的政治系统，使内阁成为名实相副的政治中枢。
考成法推出之后，有人攻击张居正借考成法集权于内阁，揽权自重。张居正的改革是从上层发动的改良运动，这首先要求集权上层，做到事权统一，如果没有强有力的集权措施，加强朝廷对各级机构的控制，改革就是一纸空文。张居正清醒地认识到这一点，因此而提出“尊主权”，并认为这是关键的一点。张居正以此来提高朝廷和诏令的权威，用考成法集权于内阁，加强了中央政府的权力，使改革得到强有力的组织保障。
张居正是一个现实的改革家。他认识到“天下之事，不难于法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效”。所以他不主张增加新的政治机构，也不主张提出新的法令、章程，他只要各级官员们对自己的事务有个清白的交代，而考成法即是简捷明快、切实可行的考察兑现手段。
办法已有了，实施则必须严格。对未按期限完成分内事务的官员，稽查和处罚都极为严厉。万历三年（公元1575年）正月，查出各省未完成事件273件，渎职官员54人。凤阳巡抚王宗沐、巡按张更化，广东巡按张守约，浙江巡按肖廪，都因未完成的事务太多而被停俸三月。如此一来，行政效率明显提高了。通过立限考成，每个官员都有了明确的职责，一批不管事而白吃皇粮的冗官被驱除。
万历八年（公元1580年），张居正下令撤销了苏松地区擅自添设的管粮参政，并责成吏部检查各省添设官员人数，核实上报。万历九年（公元1581年），一次性裁汰冗官169名。无用的人撤下去之后，有用的人才被提拔上来。张居正大力提倡破除论资排辈的传统偏见，才德出众者即使屈居下僚，也可以越级提拔。他起用行伍出身的李成梁作为镇守边关的大将；破格提拔其貌丑陋而又瞎了一只眼的嘉兴小吏黄清为淮安府、太仆卿高级官员；重新起用罢官的潘季驯治理黄河。
万历五年（公元1577年），正当改革推向高潮时，张居正颁令，特许府、州、县学的学生直接投考京师国子监，择优录取贡生，把各地人才搜罗到中央。官僚队伍的阵容大为改观，衙门办事作风也焕然一新。
张居正改革的最终目标是富国强兵。他引经据典说：“孔子论政，开口便说‘足食’．‘足兵’。”然而一些王公大臣们对此不以为然，他们公然说：“我们以为张公在朝，当行帝王之道。现在听他的议论，不过是富国强兵，仅仅这样，真真使人失望。”这一帮人大谈尧舜、周孔之道，要行所谓的“王政”，他们有时也谈到宋朝周、程、朱、张的主张，张居正便不客气地认为这是“老儒臭腐之余谈”。他不想作一些高深的理论，他只要切实办几件实事。在他看来，只要他们不碍事，大可不必和他们计较，办自己的事要紧。
富国强兵二者不可分离。要强兵首先得富国，没有经济实力，谈何强兵？正因如此，张居正将他的考成法和富国有机联系起来。他确定以理财作为考成法的首要标准。国库主要收入是田赋，他把征收税粮情况作为对地方官员考成的主要内容，规定地方官征赋不足额的，一律严惩。当时官场通行的是增加赋税，向百姓头上搜刮，不敢提出督缴正赋田税的主张，因为隐田瞒税的都是不法权贵，追缴欠税是在太岁头上动土。
张居正毅然提出对官员以赋税为考成主要内容的主张，凡是追缴欠税不足十分之九的官员都要受到批评、调离甚至撤职。万历四年（公元1576年）十二月，据户科给事中奏报，地方官征赋不足九成而受到降级处分的官员有：山东17名，河南2名；受革职处分的有：山东2名，河南9名。张居正运用考成法来整顿赋税，迅速改变了拖欠税粮的状况，做到了民不加赋而上用足。
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