在《你遲到的許多年》中有兩段倍受爭議的感情線，一段是沐建峰的愛情，另一段就是王劍雲的愛情。兩段感情都有共同點，男主角都娶了自己不喜歡的女人。
趙益勤
沐建峰的感情糾紛中有三個人，其中的兩個女人都是在鐵道兵老虎連中相識。本來那時候沐建峰就已經對莫莉產生了情愫，但是因為當時的莫莉已經有了男朋友，就是師長的公子，在外留學的郭東海，所以沐建峰沒有對莫莉發起攻勢。但是當時的莫莉其實也對沐建峰產生情愫。
郭東海
三年後，沐建峰轉業去了文化處，而且還是在莫莉的醫院附近，兩人再次見面，這次一發不可收拾，兩人的感情升溫。但是後來，因為沐建峰創業失敗，當時對莫莉有點死心，沐建峰娶了趙益勤為妻，與莫莉徹底斷了關係，然後兩人去了巴基斯坦援建，援建歸來之後，這一段感情，就變成了第三者插足。
沐建峰與莫莉
莫莉一直是被罵的，被唾棄的。本來莫莉是有機會和沐建峰在一起的，但是當時的她一直推脫和郭東海分手，後來沐建峰徹底死心，這才放棄他，當時的沐建峰是第三者。但援建歸來之後，愛情死灰復燃莫莉就成了趙益勤和沐建峰的第三者。
王劍雲與現任妻子
另一段感情中，王劍雲和文婷當初也是特別相愛的，兩人已經打算好了結婚，但是因為文婷患有遺傳性精神病，為了不耽誤王劍雲，為了以後的孩子不會患上自己這種遺傳病，所以選擇了逃離了王劍雲。多年歸來後，王劍雲也已經有了家庭，而且有了孩子，孩子取名為雨婷。文婷再次出現在王劍雲的生活中，但是這次卻是王劍雲主動想要找到文婷，文婷這才出現了，而且這時候的王劍雲的老婆已經出軌了，所以文婷在這段感情中是屬於被動位置，而且是因為自身疾病的原因，放棄了自己的愛情，倍受同情，一點都沒在意她作為“第三者”的身份。
文婷
他和莫莉的性質，還是不一樣的。當然追逐自己的幸福無可厚非，但是破壞別人家庭，確實不對。
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