太平天国运动中，杨秀清与洪秀全的关系是诸王中最为微妙的，两人从亲如兄弟、一同举事一步步逐渐发展为反目成仇、兄弟相争，实在让人唏嘘。这和洪秀全的“姑息养奸”有很大的关系，和杨秀清个人的欲望也有很大的联系。在很多人看来，天京事变之所以发生是因为洪秀全没有在最初压制杨秀清的野心，而种下了葬送太平天国的最大祸患。
杨秀清从一个烧炭工头目逐渐成为拜上帝教的二号人物，甚至一度让洪秀全处于被架空的状态，既是杨秀清个人的智慧和野心，也是洪秀全的无能与无奈。洪秀全对杨秀清可以说是爱恨交加，一方面享受着杨秀清的才华，另一方面也在杨秀清的跋扈之下挑起了内讧。
在拜上帝教形成早期，杨秀清带领着几千烧炭工加入了拜上帝教，凭借着在烧炭工中的影响力，逐渐成为拜上帝教内部的领导人物，不过他真正登上舞台还是来自于一次意外。冯云山的意外被捕让教众人心惶惶，洪秀全主张前往广东向巡抚、总督请愿，幻想着以信仰自由为名目解救冯云山。而杨秀清则圆滑了很多，一方面他主张从烧炭工的烧炭收入中抽取一部分金额，用来行贿当地的官员，一方面他利用当地人迷信的特点，采用了古老的“降童术”方法，以“天父下凡”的名义，稳定了即将溃散的教众。在营救冯云山的过程中，杨秀清的精彩表演展现出他个人的智慧、圆滑以及野心，一举奠定了他在拜上帝教内部的领导地位。
与迂腐的洪秀全相比，杨秀清稳定教众的方法更为机智和聪明，他巧妙的利用了教众迷信的特点，把本土的“降童术”和拜上帝教的宗旨结合在一起。与此同时，杨秀清的野心也是非常大的，洪秀全尚且自称上帝之子，杨秀清索性代替上帝传言。一朝是天父，终身都是天父，洪秀全从广州返回紫荆山地区时，也是哑口无言。如果揭穿杨秀清的老底，等于揭穿了自己的老底，如果承认了杨秀清代天父传言的事实，也就承认了杨秀清随时都可以用天父的名义发号命令的地位。除非洪秀全放弃已经打好的基础，离开紫荆山去其他地方重新开始。显然，洪秀全是不可能选择后者的，只能硬着头皮接受了杨秀清的“天父下凡”的事实。
除了杨秀清的“天父下凡”之外，另外一名烧炭工头领萧朝贵也一度“天兄下凡”，同样也为自己奠定了教内的领导地位。洪秀全接受杨秀清的“天父下凡”，一定程度上也和萧朝贵的“天兄下凡”有关。在最早的封王过程中，杨秀清和萧朝贵成为排行最靠前的王，很大程度上能够相互制约，相互掣肘，短时间内还不至于威胁到洪秀全的地位。
不过在太平军北上南京的岁月里，冯云山和萧朝贵先后战死，打破了早期诸王的权利制衡。杨秀清在军事指挥上的才华是有目共睹的，太平军在他的指挥下，虽然谈不上战无不胜，但是毕竟在短短的两年里就拿下了南京，控制了经济最为富庶的长江中下游地区。同时也因为军事指挥上的才华，杨秀清在军中的威望越来越高，对权利的欲望也越来越强，专横与跋扈也越来越厉害。上至诸王，下到普通的士卒，杨秀清想怎么责罚就怎么责罚，甚至于洪秀全在天王府处罚宫女过分了，杨秀清都利用天父下凡来过问，甚至要公开责罚洪秀全。
洪秀全对杨秀清的跋扈也是很清楚的，但是他深知自己在军事和政治上的能力确实有限，东王虽然跋扈，但也确实有才华，有杨秀清在，洪秀全就可以安心的在天王府里享受荣华富贵，唯一费神之事就是研究基督教义和儒家经典，想想应该怎么删减和修改。只要东王不从根本上威胁自己的地位，洪秀全也并没有除掉杨秀清的意思。不过杨秀清并没有满足洪秀全的这个愿望，定都天京三年后，九千岁的东王选择了逼封万岁，迈上了最后的作死之旅。
天京事变中，洪秀全先是借韦昌辉之手除掉了杨秀清，然后又以韦昌辉诛杨杀人过多为由，除掉了韦昌辉，在石达开返回天京之后，洪秀全又通过几个昏招逼走了石达开。洪秀全最终把所有的权利集中到自己的手中，也成为了孤家寡人，太平天国经过这一系列的打击之后，迅速走向了下坡路。
由此可见，拜上帝教在兴起之初，领导层的各种复杂的关系就已经为日后的萧墙之乱埋下了伏笔。洪秀全接受杨秀清的“天父下凡”是为了利用他的才华，同时又有萧朝贵的“天兄下凡”稍微制衡一下，不至于让杨秀清独揽大权。而在定都天京之后，日益膨胀的杨秀清对权利的欲望已经不可阻止。杨秀清觊觎洪秀全的位置，却又没有动手除掉洪秀全，和诸王的关系也没有处理好，最终在内讧中被除掉。而随着杨秀清的离世，无论是早期封王的石达开，还是后起之秀陈玉成、李秀成等人都没有能力再次振兴太平天国，洪秀全千辛万苦的把所有的权利集中在了自己的手里，最终还是眼睁睁的看着它一步步走向了灭亡。
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