所谓的菌肥，亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等。
菌肥，形象说来就是“菌+肥”，因为菌肥一方面含有“有机质、氮、磷、钾”等作物生长所必需的营养成分，同时产品中还含有大量的有益微生物菌，有益微生物菌在土壤中繁殖，起到改良土壤、防治病害等功能。
菌肥是近年来经常见到的肥料之一，在农业生产中经常见到，在我国菌肥近年来发展较快。
菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。
土壤中存在着大量的微生物（包括细菌、真菌、放线菌），一般每克土含有几亿至几十亿个微生物。
人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使作物增产，称为菌肥，又叫做微生物肥料。
目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷细菌、钾细菌、抗生菌肥料等。
菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。
施用菌肥有菌液叶面喷施、菌液种子喷施、拌种和固体菌剂与种子拌和作为菌肥等。
菌肥怎样起作用？
菌肥的主要作用，是由活菌决定的。
活菌通过自己的活动，分解土壤里的营养物质变成植物可以吸收的养分，分泌一些对植物生长有用的物质，也有有效菌死去之后留下的物质。
具体每一种活性菌有自己主要的作用，不是一种活性菌具备以下所有的作用。
一、对土壤的作用：
增加营养元素的有效含量、减少化肥施用，增加有机肥效果。
二、对植物的作用：
帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增加植物抗逆性、让植物长得更好。
三、对有害生物的作用：
防治有害生物，增加抗病性。
（一）对土壤的作用
1.对土壤的作用
植物无机态的营养就是一些离子，化肥溶于水由分子态变成离子态，植物好吸收，因为它带电荷，利于植物吸附。有机态的营养是好多原子在一起组成的大分子，不太容易被吸收，菌肥的作用是把有机态的氮磷钾变成无机态的，利于植物吸收。
增加氮元素的菌有三种，就是把空气中的氮元素合成植物能吸收的那种。
1根瘤菌 2自生固氮菌 3 联合固氮菌
能增加有效钾含量的是钾细菌，也叫硅酸盐细菌。
一般认为这些细菌可以通过分泌酸，溶解硅铝酸盐类矿物，释放钾素营养，这些营养能供给植物也能给自己用，当细菌死后，体内富含的钾会释放出来，产生的激素、氨基酸会促进植物生长，抑制其他病原菌生长。
1.对植物的作用
帮助植物吸收营养、刺激植物生长，增强抗逆性。
菌根菌剂，主要是VA菌根，也叫从枝状菌根。它们也是跟植物根系在一起的，但是不像根瘤菌，它们把根插到植物根里，自己再长出一些根毛样的东西，协助植物吸收养分。
2.对有害生物的作用
防治有害生物，增加抗病性。
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