并非所有的自收自支单位都会转企，机构改革中，会根据职能确定单位性质，也会根据人员来源，确定分流方向。

事业单位按财政供给，分为三类：全额、差额、自收自支事业单位，分别使用对应的三种事业编制。自收自支类虽然保留在事业单位序列，其机构方案中却规定，由单位自收自支，自主经营，自负盈亏，不由地方财政供给人员经费与工资福利。其使用的自收自支类编制，也只是地方自定的备案制编制类型，不计入地方编制总数。

1、自收自支事业单位撤销：该类事业单位有两种，一种是生产经营类，例如执行所、种子公司等，具备市场竞争力，可以由社会提供服务，由市场配置资源。另一种是具备行政、事业性收费的事业单位。

在机构改革中，生产经营类事业单位改企，这是确定无疑的。虽然许多自收自支事业单位经营困难，并不能负担职工工资、社保等，有的甚至长期停业，职工无班可上，自谋职业，或者接受地方政府财政部门接济救助。但是因为承担的是生产经营类职能，所以这并不影响此类事业单位改企。生活经营类改企，是因为事业单位不再承担生产经营职能，与企业经营状况无关。

承担行政事业性收费的自收自支类事业单位，或者因为机构原因，被暂时划归自收自支的农业服务中心等单位，在机构改革中，将所承担的公益服务职能，划归到其他事业单位，整合成立综合服务中心，由财政全额供给。事业单位改革后，没有了生产经营职能，行政事业性收费取消或者专户储存、专款专用、财政统一使用，事业单位没有财务自主权，除乡镇卫生院以外，没有差额事业单位，都是由地方财政统一全额供养，事业单位也只使用全额编制一类。

2、自收自支编制取消：自收自支编制是属于备案编制，是地方政府机构编制部门根据实际需要，自行核定的编制类型，由地方财政自行供养，国家转移支付中不包含这类编制人员。《机构编制管理条例》和即将出台的《机构编制法》，都不允许地方政府擅自核定编制类型，不允许使用规定的行政编制、事业编制之外的编制，地方自行核定的自收自支、自定、自筹等编制类型一律撤销。原编制使用人员，区别不同类型，正式职工分流到全额事业单位；合同制管理人员，包括招聘的人事代理、合同工、临时工、劳务派遣工等，随改革新成立的企业安置就业，或者根据《劳动合同法》规定，领取经济补偿后自主择业。