我国多有含“堡”字的地名，部分地名由来与古代战事中屯兵驻守的“堡垒”有关。
古代驻军搭建军事防守用的建筑物废弃之后，边民为避战乱，最大限度地获得保护，大多数在堡垒附近置家，久之则形成规模大小不等的集镇。
随着战略地位的变更，大多军事要塞在撤离后，原址附近的集镇因人口集聚得以保留，并以军事堡垒之名为其名，部分地名中的“堡”字读音也从“保”音变为更具民居特色的“补”音。
明朝时，整个宁夏地区战争非常频繁，明与蒙古势力的战争此起彼伏。
水草肥美、草原广阔的“小河套”红寺堡，成为鞑靼沿清水河南下袭击固原的必经之地。
边患的加剧，使红寺堡成为屯军防守之地，在古代宁夏南北通道上的重要战略地位日益凸显。
明武宗正德元年（1506年），任命杨一清总制陕西、甘肃、宁夏三镇军务，称三边总制，也称三边总督。杨一清上任之时，三边“边患之惨烈，达到空前绝后的地步”。
他到任之后，提出花马池东路虽有千户所守御，可是兵力少而孤立，离兴武营地很远，有边患战事很难及时救援，便形成了将周边的鸣沙州堡、韦州堡、下马关等连成一个有效的防御体系来御敌侵略的构想，在奏明朝廷后修筑了红寺堡。
正是在这种背景之下，正德二年（1507年），杨一清上奏皇帝得到同意后，委派宁夏总兵郑廉筑成红寺堡城。这座旧红寺堡城的规模是“周回一里五分。置旗军四百一十七名。设操守官一员、管堡官一员。
领烽堠一十五”，15个烽火台名称都为当地名，分别在“黑山墩、小蠡山墩……”第9个名称正是和红寺堡同名的红寺儿墩，可见早就有红寺之名，建故城名称自然这样定了，这样，一座古城堡呈现在了历史的长河之中。
红寺堡之名，自明代开始，因筑城而有其名，一直沿用到今天。
另据宁夏考古所研究人员从明代红寺堡古城遗址附近出土的西夏古钱币推断，重视州城堡寨建设的西夏，极有可能在重镇韦州与鸣沙之间的东南边缘红寺堡设置一座堡寨，才有西夏钱币出土，西夏修堡寨而有其名。
明代只是在荒废和破烂的旧城基础上进行了重建。
红寺堡之名，还有一种依据史料的联想，“红寺堡”之名始于唐朝，乃大唐灵州大都督浑瑊之浑氏后裔居所，后来“浑氏”逐渐演变为“红寺”，才有“红寺堡”之名。
或者是得名于汉武帝时期，在安定属国三水县安置归降的匈浑邪王部及后裔，居住的三水县即今红城水，“浑城”逐步演变成“红城”，“浑氏”变为“红寺”，才有今“红城”和“红寺堡”之称。
目前，学术界关于红寺堡得名缘由的论述中，认可度较高的说法为红寺堡之名源于“红寺”。
据《朔方道志·镇戎县》中“附旧志所载圮废公所：红寺、韦州等各有仓，今皆废”的记载，在明正德二年（1507年）第一座红寺堡古城创筑以前的弘治年间，已经有“红寺”记载，确证当地早就已经有古寺庙——红寺。
此外，有张嘉谟的《帅府题名碑》介绍，自洪武年间到嘉靖年间，明代守卫宁夏镇的有44位主将，突出介绍了25位主将的丰功伟绩，其中有关于都督佥事、宁夏总兵李祥事迹的简略记载：“勇敢而成功红寺者，李公祥。”记载了红寺堡城建成前两年的弘治十八年
（1505年）二月发生的战事，即宁夏总兵李祥委派指挥仇钺，在“红寺”附近成功地切断套部小王子掠固原的归路，击败小王子的战役证明，明弘治年间红寺堡没有创建之前，这里确实已经有“红寺”的存在。所以说，先有红寺，后有红寺儿墩和红寺堡。
《明实录》也记述此次战事：“虏围灵州久不克，因解去，散入内地四掠，指挥仇钺设伏，要其路总兵官李祥复督诸军驰援，战走之，斩首三十二级，获战马六十四匹，追回被虏男女十一人、驼马驴骡牛羊三千六九十四匹。”
正因为有上述关于李祥将军在红寺组织伏击套兵战事的记载，证明明代人确实知道这里有红寺，于是，明代守卫边塞的镇将，在建造这个边地要塞第一个古城的时候，就采用了当地军事上小有名气的“红寺”，起名为“红寺堡”。
早在宋元时这里建有很多寺庙，寺庙方圆可达50多里，叫“红富寺”，后来被损毁，近年来重建，改名“弘佛寺”，从出土的两个泥塑佛头和彩绘可以证明其历史的存在。所以说，“红寺堡”之名，源于当地一座古寺庙——“红寺”。
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