每次去拉萨总要去哲蚌寺，因为哲蚌寺的五世达赖不仅仅是一位佛学家、史学家及医药学家，还是一位杰出的政治家。
1616年，四世达赖喇嘛云丹嘉措（成吉思汗的第二十代孙）圆寂后，按照格鲁派规矩，须寻找转世灵童。可"当时藏巴汗疑达赖诅咒，致感多病，即命令不许达赖转世，经班禅罗桑却吉坚赞一再要求，始准寻觅五世达赖灵童。"
五世达赖喇嘛·阿旺罗桑嘉措（1617年-1682年），是藏传佛教高僧，于公元1617年出生在山南附近的雅陇琼结钦瓦达则宫。属琼结巴家族，父名都杜绕登，母名贡噶拉则。其家系山商地区的一个封建主，也是帕竹地方政权属下的贵族，日喀则就是帕竹地方政权封给其家族的领地，他家世袭日喀则宗宗本职务。
主持认定他为转世灵童的，有四世班禅和贡乔群培（曾协助云丹嘉措与当时的世俗政权斡旋，保护了云丹嘉措），还有蒙古土默特部的拉尊罗桑丹津嘉措和准噶尔部洪台吉的代表。蒙古这两个贵族的代表，于1621年从青海带了两千名蒙古军队来到拉萨，参加认定五世达赖的活动。这时藏巴汗已去逝，由他的儿子丹迥旺布（1606～1642年）继任第司藏巴。丹迥旺布的一万名军队和蒙古军队发生了冲突，被围困在拉萨的甲波山上，即将被歼。就在此时，四世班禅和贡乔群培出面调停，拯救了被围困的一万名藏军；同时从丹迥旺布手里索回了许多原属于格鲁派而被掠走的庄园和寺院。蒙古军队的代表还同丹迥旺布谈判，使他同意在1622年迎请五世达赖到哲蚌寺坐床。
1622年，年仅六岁的罗桑嘉措，在四世班禅罗桑却吉坚赞主持下被迎请至哲蚌寺坐床。并于1625年拜四世班禅（四世班禅同时也是四世达赖的师傅）为师，受了沙弥戒。
1637年，四世班禅又给他授比丘戒。没有多久，他就担任哲蚌寺的第十五任赤巴，兼色拉寺第十七任赤巴。
自五世达赖以后，历代达赖即为哲蚌、色拉两寺的当然赤巴，别人不得充任，故后来两者的寺主，均由达赖兼任，达赖另派堪布一人代表他去管理寺政。
当时西藏为噶玛地方政权统治时代，由第巴管理政事，噶玛噶举和藏巴汗对黄教采取了压迫摧残的政策。
大约在1630年左右，第悉藏巴·丹迥旺布利用土默特部的拉尊和珲台吉发生内讧的机会，发动了一次反黄教的高潮，致使五世达赖不得不避往山南。但是，黄教当时在西藏地区和青康一带，甚至蒙古各地也很普遍，经过了自宗喀巴以来近180年的发展，取得了广大藏族群众的拥护，黄教受噶玛噶举的极力压迫，也不得不采取对抗办法。
1641年，五世达赖和四世班禅商议，派人赴青海密招固始汗率兵进藏，推翻噶玛地方政权的统治，遂拥立五世达赖喇嘛建立"噶丹颇章"政权。
实际上，西藏地方则完全受固始汗的控制。固始汗之后为其子孙达颜汗（1654-1668年在位）、达赖汗（1688-1701年在位）、拉藏汗（1701-1717年在位）所控制。只是在经济和宗教方面给黄教寺院集团及其政府（噶丹颇章）以实惠而己。
五世达赖喇嘛在固始汗支持下，建立"噶丹颇章"政权之时，正是明朝末年，内地兵荒马乱，明王朝即将崩溃，以五世达赖和四世班禅为首的黄教寺庙集团，为了巩固其已取得统治地位，争取中央王朝的支持，加强和中央王朝的联系。于是，五世达赖、四世班掸和固始汗经过协商，决定和在东北盛京建立的清朝政府建立联系，于是于1642年，派遣伊拉古克三呼图克图为代表，前往沈阳。
伊拉古克三呼图克图（呼图克图，"呼图克"为蒙语音译，其意为"寿"，"图"为"有"，合为"有寿之人"，即长生不老之意。原是藏语"朱必古"之蒙语音译，意为"化身"。凡册封"呼图克图"者，其名册皆载于理藩院档案中，其下一辈转世，须经清廷代表钦差大臣主持金瓶掣签仪式而加以承认。西藏地区这类活佛地位低于达赖和班禅，但可出任摄政。）于次年到达盛京（沈阳），清太宗皇太极立即率领亲王、贝勒、大臣等出城迎接。皇太极还亲自对天行三跪九叩之礼，这意味着西藏人的到来是出自天意的安排，是上天护佑清朝的表现，因此要感谢上天。
入城以后，皇太极又亲自到伊拉古克三等的住处去看望。伊拉古克三等朝见皇太极，呈上达赖喇嘛和西藏各方面的信件时，皇太极又站起来亲自接受。伊拉古克三等在盛京停留了八个月，受到盛情款待。
伊拉古克三于1644年返回拉萨时，清太宗给达赖、班禅和固始汗等都写了回信，并称赞达赖喇嘛"拯济众生"，"扶兴佛法"，还赠了厚礼。
1644年，清军入关，顺治帝即位，即派人入藏邀请达赖喇嘛进京。但是，五世达赖接到清朝的邀请后，只是向顺治帝献礼、问安，没有作出应邀动身的反应。
此后，清朝又在1648、1650、1651年接连派遣专人三次进藏，敦促五世达赖前往内地。1648年，五世达赖曾向进藏邀请他的清朝官员推托说："我今不往，然我必欲往，当于卯年（1661）送马匹，辰年（1652）前来。"
1652年正月，五世达赖在清朝官员的陪同下率随行人众三千人，自西藏起程，前往内地。1653年阳历元月十五日（顺治九年腊月十六日），五世达赖到达北京。
顺治帝以"田猎"为名，与五世达赖"不期然"而相会于南苑猎场。顺治帝在南苑会见五世达赖时，赐坐、赐茶、赐宴，待以殊礼，当天由户部拔供养银九万两。
五世达赖留居北京期间一直住在安定门外西黄寺中（该寺是清清顺治九年，也就是公元1652年为五世达赖所建的驻锡之所）。
五世达赖在北京停留了两个月后，便以"此地水土不宜，多病，而从人亦病"为由，向顺治帝提出了返藏的请求，顺治帝当即允许他返藏。
1653乍2月20日，五世达赖喇嘛离开北京时，顺治帝除赐贵重厚礼外，还命和硕亲王济尔哈朗、礼部尚书觉罗朗丘等人南苑德寿寺为达赖饯行。
当年5月，五世达赖达到代噶时，顺治帝派出以礼部尚书觉罗郎丘和理藩院侍朗席达礼为首的官员，携带满、蒙、藏、汉四体文字的金册、金印赶到代噶，正式册封五世达赖为"西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛"。
五世达赖返回拉萨以后，次年（1654年）亲赴扎什伦布寺，看望四世班禅（时年83岁）。
四世班禅和五世达赖为师徒关系，情感甚洽。因此，五世达赖执政后，对四世班禅非常尊重，曾两次亲往扎什伦布看（第一次在1642年）。
此后，五世达赖以内地带来之金银，在前后藏各地新建了十三座黄教寺院，称为黄教十三"林"。同时，又给全藏所有黄教寺庙规定了常年居住的僧数、制定了黄教大小寺院的严格们制，如寺庙内部的组织机构，僧官的任免制度，喇嘛的学经程序，寺内纪律仪式等等。
五世达赖阿旺罗桑嘉措除了从四世班禅和甘丹赤巴受学格鲁派所传的各种经论教法之外，又从茶仓巴胜慧金刚听受大藏经的传承和医方明的传承。对于密法方面，则从昆敦拔觉伦主受学新旧所传的许多种密法，从素勤法界解脱受学宁玛派所传的八大修行部的密法，从德达凌巴受学各种伏藏的密法等。又从内萨巴受学《金刚鬘论》的总灌顶和时轮金刚等别传灌顶、随许等法，并学萨嘉派的道果教法等。
对于世间学问，除了从胜慧金刚学医方明的论典外，又从门卓泽旺敦主父子，学习声明诸论和塑像建塔等工巧明。又从栋薄旺主敦贾学习历算等法。因而他对显密诸教、大小诸乘、内外明处、各大教派无不精研，成为一代宗师。
五世达赖敏锐的政治嗅觉，高瞻远瞩的政治主见，带领着格鲁派联合硕特部固始汗，消灭了以藏巴汗丹迥旺布为首的，敌视格鲁派的各个地方势力和宗教势力组成的联合集团，结束了西藏一个时期以来四分五裂的局面。
五世达赖晚年不大过问政事，一切由1679年委任的第巴桑结嘉措（1653-1705）主持治理，他则专心著作经典。
他27岁著成的《西藏王臣记》至今已被译为多国文字流传海内外。其它著作有《大圆满教法史》、《文殊口授·菩提道次第引导文》、《中观论释》、《怖畏金刚常修法》、《现观庄严论释难》、《俱舍论疏》、《羯摩仪轨疏》、《五世达赖喇嘛自传》、《三世达赖喇嘛福海传》、《四世达赖喇嘛功德海传》、《良药文集》、《诗镜论》等30多函，是非常宝贵的文化遗产。
1682年2月25日，五世达赖病逝于布达拉官，终年六十八岁。
第巴桑结嘉错面临这一十分严重的局面，做出了"秘丧不报"的决定。在五世达赖传里说达赖本人预见到他即将园寂，将要造成政治上的真空。为了黄教的利益，应该实行秘丧，直到他的转世能够独立掌管政教事务时为止。这一说法虽然被认为是五世达赖的遗策，但似乎是第巴桑结嘉错为自己的行为辩护。
后世专家推测，当时需要秘丧的原因是：
1、拉萨当局和拉达克部落之间的战争尚未结束，而蒙古和硕特达赖汗的弟弟甘丹才旺正统帅军旅，督师在外，如果宣布达赖之死，可能影响战局，而且对军队无法控制。
2、五世达赖的声望，以及与清王室之间的密切关系是用来对付蒙古和硕特汗王的重要手段，一旦宣布达赖逝世，将要失去优势，完全听从蒙古人摆布。
3、达赖对蒙古各部汗王的影响是第巴桑结嘉错攀引外援的希望所在，失去这一张王牌，则无法跟和硕特汗王进行斗争。
秘丧的工作做得相当彻底，在各个环节上做了严密的控制。在布达拉宫内，先选择了帕崩喀寺的喇嘛江阳扎巴，因此人长得颇象五世达赖，让他伪装，穿起达赖的服装，在宝座上摆摆样子；同时宣布达赖要长期坐静，修炼密法，一切事务均由第巴代行、代达。
此外，还要秘密地保护达赖的肉身，并进行修建灵塔的准备，更为重要的是，要在人不知鬼不觉的情况下，寻找转世灵童。所有这一切，都在分头进行。
秘丧一事，一直到1696年桑结嘉错才被迫公布。因为康熙击溃了噶尔丹以后，从准噶尔人口中隐隐约约地了解到达赖已死，桑结嘉错秘丧的事实，于是下了一道有名的诏书，其中有几句名句："厄鲁特降人告曰，达赖喇嘛久已脱缁矣，""尔以久故之达赖喇嘛诈称尚存！""达赖喇嘛者，乃至大普慧喇嘛，本朝为护法之主，交往六十余年；则其讣音即当奏闻于朕。"还提出了严厉的警告："联必问尔诡诈欺达赖喇嘛，班禅胡土克图，助噶尔丹之罪发云南、四川、陕西等处大兵，如破噶尔丹之例，或朕亲行讨尔，或遣诸王大臣讨尔。"
第巴桑结嘉错看到大皇帝天威震怒，连忙派了桑铺寺上院堪布尼玛塘巴，作为代表赴京，对大皇帝密奏，并将仓央嘉措推到了康熙大帝面前。
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