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宋理宗开庆元年（1259）七月，忽必烈的哥哥元宪宗蒙哥在攻宋时病死在钓鱼城，他的突然死亡，使刚刚平静了几年的蒙古帝国，又陷入了一片混乱之中。
上图元宪宗蒙哥 宪宗八年（1258）春，蒙军分兵三路同时发动对南宋的进攻。蒙哥亲自统帅两路军马，斩将夺关，势如破竹，大败宋军，直至长沙城下。宪宗九年（1259年）七月间，蒙哥在指挥攻打钓鱼城时，头中飞石，回到营中不久即死去。蒙哥出征前，对汗位承继未作任何安排。蒙哥一死，争夺汗位者竟起。最具竟争实力的当属蒙哥的两个弟弟阿里不哥和忽必烈。
当时，忽必烈正指挥东路军攻打鄂州，兵强马壮。阿里不哥留守和林，近水楼台，占尽地利。忽必烈部下怂恿他迅速挥师北上，与阿里不哥争夺汗位。
元宪宗十年（1260）春，忽必烈回到开平，立即召开忽里勒台。忽必烈被拥立为汗，是为元世祖。忽必烈即位后，按汉制，颁布了即位诏书，改可汗称皇帝。此后，忽必烈以开平为基地，囤粮集兵，为与阿里不哥进行殊死的汗位争夺作准备。 蒙古选汗，必须具备两个条件，一个条件是，选汗的忽里勒台必须在鄂嫩河、克鲁伦河之地举行；另一个条件是，必须有各系宗王参加。具备上述两个条件选出来的汗，才被人承认。忽必烈在开平召开的忽里勒台，显然与传统不合。 
上图元世祖忽必烈
不久，留守都城和林的阿里不哥，也在其支持者的拥立下，于按坦河（今阿尔泰山一带）称大汗。自蒙古建国以来，第一次出现了兄弟并称大汗的局面。
然而，天无二日，国无二主。二虎相争，胜者为王。忽必烈与阿里不哥之争，只能以武力来加以解决。激战的结果，阿里不哥于至元元年（1264）秋，率众向忽必烈投降。他的亲信不鲁花、秃满、脱火思等人被处死。随从叛乱的诸王，因为同是成吉思汗的后裔，得赦免其罪。历时五年的争夺帝位之战至此结束。 
上图据说是阿里不哥
经过残酷激烈的战争，忽必烈夺得了汗位。忽必烈深感蒙古传统的选汗方式弊病太多，于是采取汉人王朝预立皇太子的办法来确定皇位继承人。但是，历史事实证这种办法也没有能避免日后元朝皇位继承中的激烈斗争。
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准确的说，蒙古大汗的宝座不是落到忽必烈手里，而是忽必烈自立为汗。也就是说，忽必烈的蒙古大汗的位置是自封的，并没有普遍受到所有蒙古贵族的认可。
自一代天骄成吉思汗统一蒙古，建立蒙古帝国后，他东征西讨南征北战，将只有草原的蒙古扩充成世界第一大帝国。在征讨西夏的过程中，成吉思汗因病去世。他的第三个儿子窝阔台继位，成为蒙古帝国的第二位大汗。
窝阔台继承成吉思汗的遗志，继续南下灭金，并派拔都远征欧洲，将疆土扩展至中亚，中原及东欧地区。窝阔台死后，他的长子贵由继位，成为蒙古帝国的第三位大汗。
只当了三年蒙古大汗的贵由暴死，由于贵由未指定汗位继承人，在西征中屡立战功，有极高声望的蒙哥宣布继承汗位，蒙哥则跟忽必烈一样是成吉思汗幼子拖雷的儿子。蒙哥的地位遭到了窝阔台子孙的反对，但蒙哥将他们一一镇压，稳定了自己的汗位。
蒙哥在征服南宋过程中，在钓鱼台身受重伤，不久就死亡。看到机会的忽必烈放弃了与南宋作战，在他党羽的簇拥下自立为汗。忽必烈击败了亲兄弟阿里不哥，稳定了自己的汗位。
但由于按照成吉思汗的规定，忽必烈自立为汗的行为并未受到蒙古贵族们的普遍认可。因此虽然忽必烈就任蒙古大汗，但并不为其他蒙古势力所承认，庞大的蒙古帝国也正式分裂为大元和四大汗国。
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首先，忽必烈获得了大汗蒙哥的高度信任。当贵由汗去世以后，新的大汗选拔提上了议事日程。当时有资格当大汗的，有三股势力：一是窝阔台选定的汗位继承人失烈门，二是贵由汗的儿子忽察等人，三是蒙哥。蒙哥得到了金帐汗国可汗拔都的强力支持，在忽里台大会上的呼声最高。但是蒙哥继位有一个大问题，就是，无论是成吉思汗还是窝阔台还是贵由，都没有说过让拖雷系的人来继承汗位。而且有人在会上直截了当地说，窝阔台是指定了由失烈门来继承汗位的，因此汗位应该给失烈门。这话谁也反驳不了，拔都派来的代表别儿哥也找不到反驳的理由。不过这时候，忽必烈站起来说道，窝阔台是说过由失烈门来继承汗位，但是贵由早已把这个规矩破坏了，现在的汗位不是在窝阔台那里继承，是在贵由那里继承，因此不存在失烈门继位的问题。此话一出，如同拔云见日，蒙哥死而复生，最后如愿以偿获得汗位。
（忽必烈画像）
其次，蒙哥把整个经略南方的大事都交给了忽必烈，让忽必烈坐大。他先是派忽必烈拿下大理，作为从南向北攻击宋朝的一个跳板。接着又让忽必烈总管整个漠南事务。也正是在这里，忽必烈打出了一片天空，身边聚集了非常多的文臣武将，获得了一支战斗力超强的队伍。整个南方甚至都只知道忽必烈，不知道蒙哥。
忽必烈的风头盖过了蒙哥，也引起了蒙哥的猜疑和不满，他以调查忽必烈手下财务问题为由，想把忽必烈那些能干的部下一个个拿下。但是，他没有想到的是，忽必烈的那些部下非常忠心，就是宁死也要维护忽必烈的尊严。这件事，由于蒙哥最后顾念兄弟感情，又由于蒙哥急于亲自率兵攻打南宋，因此，最后不了了之。这样，在客观上进一步壮大了忽必烈的势力。
第三，忽必烈在南方具有超高的人气。蒙哥死后，忽必烈和兄弟阿里不哥争夺汗位。阿里不哥得到蒙古本土贵族的支持，本来具有很大的优势。但其实，那些支持阿里不哥的本土贵族们，都没有什么实力。没有实力，也就没有话语权。而忽必烈在整个漠南具有超高的人气，蒙汉两族对忽必烈都充满期待，因此，从支持率来看，忽必烈是高于阿里不哥的。
（忽必烈的团队）
第四，忽必烈雄厚的军事实力是他成功的保证。当蒙哥发动全面战争的时候，他的军队分成了四部分，一部分给旭烈兀去西征，一部分给忽必烈从北向南进攻南宋，一部分给兀良合台由南向北进攻南宋，最后一部分他自己率领从西向东进攻南宋。留在国内给阿里不哥的，是非常少的。
最后，当忽必烈和阿里不哥开战的时候，阿里不哥手里只有蒙哥战死后，回国的一小部分军队，而忽必烈具有他自己的和兀良合台的两支大军。而且，旭烈兀最后也表态支持他。虽然旭烈兀的大军并没有参与作战。但忽必烈的军队已经足够了。所以，忽必烈打阿里不哥，可以说打起来太轻松了。
（阿里不哥）
第五，忽必烈拉拢了最有实力的诸侯旭烈兀。旭烈兀是忽必烈的兄弟，阿里不哥的哥哥，忽必烈一开始就看出旭烈兀力量不可小视，所以积极地拉拢他，并向他许诺，一旦自己获得天下，将允许旭烈兀高度自治。旭烈兀因此同意支持他。虽然并不参战，忽必烈至少保证了自己没有后顾之忧。
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忽必烈是成吉思汗的第四个儿子（幼子）拖雷的第四个儿子，蒙古大汗的宝座不是落到他手里的，是他抢来的，而且是自立为汗，并没有受到广泛支持。
汗位短暂空悬![]()
蒙古汗位的传承，要从成吉思汗说起。
成吉思汗死后，蒙古汗位竟出现了空悬。根据成吉思汗的遗嘱，汗位应该由他的第三子窝阔台继承，然而事情却出现了波折。
因为蒙古汗国的继承制和中原王朝不同，并不是前任君主指定来就可以的，还要通过“忽里台大会”的确认，只有经过此会确认，汗位才是合法的。
但此会迟迟无法召开，因为此会需要多方大佬齐聚参加，可此时成吉思汗长子术赤已经去世，其次子拔都不愿参加，成吉思汗次子察合台也表示不去。
这两个实力派的反对导致窝阔台迟迟无法上位，只能按照蒙古人“幼子守灶”的规矩加以综合，由拖雷监国，汗位空悬。
窝阔台上位
两年后，在各方力量的斡旋下，成吉思汗的儿子们终于在克鲁伦河畔召开了“忽里台大会”，又在耶律楚材等人的运作之下，推举窝阔台为新的大汗。窝阔台这才正式登上大汗之位，主导蒙古大军的军政大事。
窝阔台等了这两年，对这几位兄弟可是面和心不和，他先把察合台遣回其封地察合台汗国，然后把拖雷留在了自己身边，因为继承了父亲绝大部分军队和财产的拖雷是四兄弟中实力最强的，窝阔台要把他留在身边，慢慢夺权。
四年后，拖雷离奇死亡，据史书记载是因为窝阔台病了，托雷效仿周公旦愿以身代兄长，结果窝阔台好了，托雷暴毙。
托雷的死很蹊跷，这一点，他的妻子唆鲁禾·帖尼看得出来，所以她依靠丈夫留下来的军队，既在窝阔台的威势下保全了孩子们，也为他们日后争夺汗位奠定了基础。
窝阔台死后的乱局
窝阔台也指定了继承人，原本是他第三子阔出，结果阔出战死了，窝阔台又改立阔出的儿子失烈门。然而失烈门太小，窝阔台死后，政权被其皇妃乃马真掌握，乃马真掌权五年，立自己的长子贵由为汗。
贵由经过忽里台大会确认后，成为新的大汗，然而他只在位三年。贵由汗死后，他的皇后斡兀立·海迷失把持朝政。
托雷系崛起
海迷失掌权时，贵由的死对头拔都跳出来反对，说前面有一个乃马真已经乱了制度，现在海迷失又要乱搞，不行！
拔都提出的理由是窝阔台系的人太差，总是让女人掌权，还是别当大汗了，于是，拔都拥立拖雷的长子蒙哥为大汗，其他人纷纷赞同，蒙哥成为新的大汗，汗位转到了托雷系手中。
蒙哥在位八年，意外地死在了南宋的钓鱼城下，由于蒙哥根本不信自己会在这座小城下折戟，生前并没有指定继承人，汗位之争就此展开。
汗位争夺
蒙哥死后，最有实力继承汗位的，是他的两个弟弟——忽必烈和阿里不哥。
忽必烈本人极度沉迷和推崇汉文化，因此遭到了不少他蒙古贵族的嫌弃，这些人认为他不那么“蒙古”了，而阿里不哥向来反对忽必烈的汉化政策，所以那些贵族都倒向了阿里不哥那边。
虽然阿里不哥得到蒙古本土贵族的支持，明面上具有很大的优势，但最重要的军队，他反而是占劣势的。
忽必烈当时正在长江攻打南宋，手握重兵，在得到阿里不哥要与他争位的消息后，忽必烈匆忙与南宋订立了和约，率军北返。
1260年1月4日，忽必烈率军抵达燕京（今北京市），解散了支持阿里不哥的脱里赤所征集的民兵。
1260年5月5日，忽必烈在精兵拥立下，在开平自立为大汗。次月，阿里不哥在哈拉和林被蒙古本土贵族推举为大汗。双方遂展开激烈内战。
1261年，忽必烈占领哈拉和林，随后再次发兵进攻，大败阿里布哥军。1264年，阿里不哥力竭投降，忽必烈将他幽禁，蒙古汗国内战结束。
内战遗留![]()
这次内战以忽必烈的胜利告终，但却导致了蒙古内部的巨大分裂。内战时蒙古各大汗国中，钦察汗国、察合台汗国和窝阔台汗国都支持阿里不哥，只有有伊利汗国支持忽必烈。
阿里不哥失败后，三大汗国纷纷独立，伊利汗国也获得了忽必烈许诺的高度自治权， 蒙古汗国名义上虽然以忽必烈为主，但实际上忽必烈所能影响到的只有他自己统帅下的土地，也即后来的元朝。
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成吉思汗於最後一次西征前召集所有歸順於蒙古的各民族有實力的王公貴族到和林，就是當時類似希臘民主的窩濶里台大會，訂立每屆大汗的產生辦法，是必須由該大會同意認可，以確保大汗權力基礎的合法性。第二、三、四任大汗皆經召開大會確認合法性，但當第四任大汗蒙哥猝死，所有継承人依規定必須至和林召開大會，以確認一下屆大汗，但成吉思汗孫子中漢化最深的忽必烈直接在其領地召開大會稱汗，因為他知道蒙古和林已落入么弟阿里不哥的勢力，惟有武力可解決一切爭端。忽必烈以強大的蒙漢武力及經濟實力攻打纯蒙古騎射的阿里不哥，雖獲得全勝並毒殺阿里不哥，但除得貿易上的假裝承認，因為其未得全蒙古帝國王公貴族出席的窩濶里台會議的合法承認，除忽必烈系以外的黃金家族都不承認其蒙古大汗的地位，以致察合台及窩濶台汗國不斷反抗，還有海都汗的入侵，而導致蒙古王朝的衰敗。全因忽必烈拋棄祖宗法訓，以不合法的手段取蒙古大汗寶座。
