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13.組建市縣衛生健康部門。將衛生和計劃生育部門的職責，以及相關部門的老齡工作管理、職業安全健康監督管理、深化醫藥衛生體制改革等職責整合，組建衛生健康部門，作為市縣政府工作部門。
14.組建市縣退役軍人事務部門。將軍地相關部門的退役軍人優撫安置、軍隊轉業幹部服務管理職責等整合，組建退役軍人事務部門，作為市縣政府工作部門，按中央有關改革部署實施。
15.組建市縣應急管理部門。將安全生產監督管理部門的職責，有關部門的應急管理、消防管理、救災、地質災害防治、水旱災害防治、森林防火相關職責、震災應急救援職責，以及防汛抗旱、減災、抗震救災、森林防火等指揮部（委員會）的職責整合，組建應急管理部門，作為市縣政府工作部門，按中央有關改革部署實施。
16.重新組建市縣司法行政部門。將司法行政部門和政府法制機構的職責整合，重新組建司法行政部門，作為市縣政府工作部門。
17.優化市縣審計部門職責。將相關部門的重大項目稽察、預算執行情況和其他財政收支情況的監督檢查、國有企業領導幹部經濟責任審計和國有企業監事會的職責劃入審計部門。
18.組建市縣市場監督管理部門。將相關部門的工商行政管理、質量技術監督、食品藥品監管職責，以及價格監督檢查、專利管理等職責整合，組建市場監督管理部門，作為市縣政府工作部門。已整合組建市場監督管理部門的，要對照改革要求，相應做好機構職能調整工作。
19.組建市縣醫療保障部門。將相關部門的城鄉居民基本醫療保險和職工醫療保險、生育保險、藥品和醫療服務價格管理、醫療救助等職責整合，組建醫療保障部門，作為市縣政府工作部門。
20.強化市縣扶貧機構設置。脫貧攻堅任務重的市縣，要單獨設置扶貧機構，作為市縣政府工作部門；設在部門的扶貧機構，要切實加強領導，充實力量。
市縣區分大中小，機構限額不同
根據《意見》，此次市縣機構實行總量控制和限額管理。市縣機構限額範圍包括黨委工作機關、紀檢監察機關、政府工作部門。市縣黨委和政府不設部門管理機構，不得在限額外設立機構。
《意見》明確，強化機構編制管理剛性約束。全面清理限額外行政機構，規範管理掛牌機構、臨時機構、派出機構、議事協調機構及其辦事機構。從嚴從緊控制市縣黨政機構加掛牌子的數量，掛牌機構不單獨核定編制和領導職數，根除掛牌機構實體化和“事業局”。同時，嚴禁擅自增加編制種類、超編進人、超職數配備領導幹部，全面清理取消擅自設置的機構和崗位、擅自配備的職務。
市縣分類及黨政機構限額表
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《意見》明確，市縣黨委職能部門和政府工作部門及其職能，總體上要與省委、省政府機構職能基本對應。在此基礎上，允許市縣根據本地經濟社會特點，因地制宜設置機構和配置職能。按照要求，市縣要加大機構職能整合歸併力度，加大對職能相近、聯繫緊密的黨政機關合併設立或合署辦公力度，加強黨的集中統一領導。市縣要在規定限額內確定機構數量、名稱、排序，宜大則大、宜小則小，既允許“一對多”，由一個機構承接多個上級機構的任務；也允許“多對一”，由不同機構向同一個上級機構請示彙報。鼓勵已經進行了改革實踐的市縣繼續探索，加大機構職能整合力度。
整合優化鄉鎮（街道）黨政機構和事業站所，歸併相近職能，設立綜合性辦事機構和事業單位，統籌各類編制資源，實行扁平化和網格化管理。適應鄉鎮(街道)工作特點和便民服務需要，整合審批、服務、執法等方面的力量和職能，綜合設置機構。
深化綜合執法改革是此次市縣機構改革的一項重要任務。此次重點推進市場監管、生態環境保護、文化市場、交通運輸、農業5個領域綜合執法改革，鼓勵各地探索在更大範圍實行綜合執法。減少執法層級，積極推進執法力量下沉，設區的市與市轄區原則上只設一個執法層級，避免重複執法。鄉鎮(街道)探索逐步實現一支隊伍管執法。
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