修改前的國家賠償法規定，賠償請求時效自國家機關及其工作人員行使職權時的行為被依法確認為違法之日起計算，但沒有規定賠償請求人向國家機關請求確認的時效期限。這一規定雖然在保護受害人方面有一定作用，但也有弊端。
實踐中，不少案件中受害人向國家機關請求確認的時間超過兩年，國家機關確認違法後，加上請求國家賠償的兩年時效期間，可能因時間過長證據滅失難以認定賠償事實。國家賠償法修改後，取消了確認程序，因此，對於國家賠償請求時效的起算點也作了相應的修改。理論上一般認為，訴訟時效自請求權可行使時起算。請求權可行使包含兩個因素：一是權利人的權利受到侵犯，而且權利人知道或者根據日常生活經驗、法律規定推定其應當知道這一事實；二是權利人行使請求權沒有障礙，既沒有事實障礙，也沒有法律障礙。
《國家賠償法》第三十九條規定：“賠償請求人請求國家賠償的時效為兩年，自其知道或者應當知道國家機關及其工作人員行使職權時的行為侵犯其人身權、財產權之日起計算，但被羈押等限制人身自由期間不計算在內。在申請行政複議或者提起行政訴訟時一併提出賠償請求的，適用行政複議法、行政訴訟法有關時效的規定。賠償請求人在賠償請求時效的最後六個月內，因不可抗力或者其他障礙不能行使請求權的，時效中止。從中止時效的原因消除之日起，賠償請求時效期間繼續計算。“根據本條規定，賠償請求時效自賠償請求人知道或者應當知道國家機關及其工作人員行使職權時的行為侵犯其人身權、財產權之日起計算。認定賠償請求人知道，或者推定其應當知道，由法院或者賠償委員會裁量判斷。賠償請求人知道的內容一般來說包括三個方面：職權行為、損害、職權行為與損害之間的因果關係。
因此，賠償請求人知道或者應當知道，應當是指全部知道這三個方面的內容，也就是說，時效期間的起算點是賠償請求人全部知道這三個方面內容之時。賠償請求人只知道職權行為，不知道損害的程度和因果關係，還不能說賠償請求人已經知道，因此不能開始計算時效期間。
時效自賠償請求人知道或者應當知道國家機關及其工作人員行使職權時的行為侵犯其人身權、財產權之日起計算。所謂“知道”，是指賠償請求人收到了相關法律文書，或者知道相關法律行為、事實行為的內容。在行政賠償中通常為申請人收到行政機關作出的撤銷、變更原具體行政行為的決定之日，或者申請人收到生效的行政複議決定或行政判決、裁定之日。
在刑事賠償中一般是申請人收到生效的無罪判決或有關機關的撤銷案件決定、不起訴決定之日，也可以是被羈押人被釋放之日，受害人被武器、警械傷害之日。
在非刑事司法賠償案件中，則可以是收到撤銷原司法拘留決定、罰款決定，以及撤銷原財產保全裁定、強制執行裁定的法律文書之日，也可以是司法機關實施司法行為之日、損害結果發生之日，比如法院採取強制查封、扣押財產措施的時間，或者申請人發現被查封、扣押的財產已經被盜、被毀的時間，均可確定為賠償請求人知道國家機關的職務行為侵權之日。
所謂“應當知道”，一般是指賠償義務機關雖然沒有證據證明賠償請求人簽收有關法律文件的直接證據，知道有關侵權行為發生的時間和內容，但根據法律規定和案件的具體情況，賠償義務機關、複議機關或者人民法院推定賠償請求人知道侵權行為發生時間和內容的情況。比如，被執行人拒絕簽收人民法院的執行裁定、出席執行現場但拒絕在執行筆錄、執行財產清單上簽字的，如果被執行人所在單位的負責人、財產所在地的基層組織的代表到執行現場見證執行活動並在執行筆錄上簽字證明的，視為賠償請求人應當知道執行行為實際發生的時間，即可推定其知道侵權行為發生之日。
一般說來，賠償時效期間自權利人知道或者應當知道其權利被侵犯時計算，是指法律上說權利人從這時開始就可以請求賠償義務機關或者人民法院保護其賠償請求權，但是，權利人此刻在事實上能否行使請求權還要受到實際情況的制約。例如，權利人因為喪失人身自由不能行使請求權的，就是其中的例子。所以，本條第1款在規定賠償時效計算方法的同時，又例外規定，權利人被羈押等限制人身自由的期間不計算在賠償時效開始的時間內，請求賠償的時效應從權利人的人身自由不受限制，能夠行使請求權之日開始起算。
時效期間起算點因障礙而延後。障礙分為事實障礙和法律障礙。事實障礙包括不可抗力、非法拘禁、因傷住院等情形。法律障礙包括被行政拘留、羈押、標的物受另一法律程序拘束等情形。此外，還應考慮職權行為有連續或繼續狀態的情形。職權行為的連續是指同一國家機關對同一賠償請求人作出數個職權行為。
比如，公安機關先刑事拘留犯罪嫌疑人，再扣押其財產。職權行為的繼續是指一個職權行為從開始到終了有一定的時間段，如拘留、扣押行為。對於職權行為有連續或繼續狀態的，從職權行為終了時起計算時效期間，更加合理。
本條規定不計算在內的障礙限於被羈押等限制人身自由的期間，包括行政賠償範圍與刑事賠償範圍中限制人身自由的情形：一是行政賠償範圍中的限制人身自由。包括：行政拘留；限制人身自由的行政強制措施，如留置盤問、勞動教養、收容教養、強制醫療、強制隔離戒毒；非法拘禁或者以其他方法非法剝奪公民人身自由。二是刑事賠償範圍中的限制人身自由。包括：刑事訴訟中犯罪嫌疑人、被告人被採取拘留、逮捕措施；罪犯在監獄、看守所服刑期間被關押。
賠償請求人在申請行政複議或者提起行政訴訟時一併提出賠償請求的，由於申請行政複議的期限為六十日，提起行政訴訟的期限為三個月，均比賠償請求時效期限短，因此本條規定一併提出賠償請求的，適用行政複議法、行政訴訟法有關時效的規定。
冤假錯案，國家賠償
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