修改前的国家赔偿法规定，赔偿请求时效自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被依法确认为违法之日起计算，但没有规定赔偿请求人向国家机关请求确认的时效期限。这一规定虽然在保护受害人方面有一定作用，但也有弊端。
实践中，不少案件中受害人向国家机关请求确认的时间超过两年，国家机关确认违法后，加上请求国家赔偿的两年时效期间，可能因时间过长证据灭失难以认定赔偿事实。国家赔偿法修改后，取消了确认程序，因此，对于国家赔偿请求时效的起算点也作了相应的修改。理论上一般认为，诉讼时效自请求权可行使时起算。请求权可行使包含两个因素：一是权利人的权利受到侵犯，而且权利人知道或者根据日常生活经验、法律规定推定其应当知道这一事实；二是权利人行使请求权没有障碍，既没有事实障碍，也没有法律障碍。
《国家赔偿法》第三十九条规定：“赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。“根据本条规定，赔偿请求时效自赔偿请求人知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。认定赔偿请求人知道，或者推定其应当知道，由法院或者赔偿委员会裁量判断。赔偿请求人知道的内容一般来说包括三个方面：职权行为、损害、职权行为与损害之间的因果关系。
因此，赔偿请求人知道或者应当知道，应当是指全部知道这三个方面的内容，也就是说，时效期间的起算点是赔偿请求人全部知道这三个方面内容之时。赔偿请求人只知道职权行为，不知道损害的程度和因果关系，还不能说赔偿请求人已经知道，因此不能开始计算时效期间。
时效自赔偿请求人知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。所谓“知道”，是指赔偿请求人收到了相关法律文书，或者知道相关法律行为、事实行为的内容。在行政赔偿中通常为申请人收到行政机关作出的撤销、变更原具体行政行为的决定之日，或者申请人收到生效的行政复议决定或行政判决、裁定之日。
在刑事赔偿中一般是申请人收到生效的无罪判决或有关机关的撤销案件决定、不起诉决定之日，也可以是被羁押人被释放之日，受害人被武器、警械伤害之日。
在非刑事司法赔偿案件中，则可以是收到撤销原司法拘留决定、罚款决定，以及撤销原财产保全裁定、强制执行裁定的法律文书之日，也可以是司法机关实施司法行为之日、损害结果发生之日，比如法院采取强制查封、扣押财产措施的时间，或者申请人发现被查封、扣押的财产已经被盗、被毁的时间，均可确定为赔偿请求人知道国家机关的职务行为侵权之日。
所谓“应当知道”，一般是指赔偿义务机关虽然没有证据证明赔偿请求人签收有关法律文件的直接证据，知道有关侵权行为发生的时间和内容，但根据法律规定和案件的具体情况，赔偿义务机关、复议机关或者人民法院推定赔偿请求人知道侵权行为发生时间和内容的情况。比如，被执行人拒绝签收人民法院的执行裁定、出席执行现场但拒绝在执行笔录、执行财产清单上签字的，如果被执行人所在单位的负责人、财产所在地的基层组织的代表到执行现场见证执行活动并在执行笔录上签字证明的，视为赔偿请求人应当知道执行行为实际发生的时间，即可推定其知道侵权行为发生之日。
一般说来，赔偿时效期间自权利人知道或者应当知道其权利被侵犯时计算，是指法律上说权利人从这时开始就可以请求赔偿义务机关或者人民法院保护其赔偿请求权，但是，权利人此刻在事实上能否行使请求权还要受到实际情况的制约。例如，权利人因为丧失人身自由不能行使请求权的，就是其中的例子。所以，本条第1款在规定赔偿时效计算方法的同时，又例外规定，权利人被羁押等限制人身自由的期间不计算在赔偿时效开始的时间内，请求赔偿的时效应从权利人的人身自由不受限制，能够行使请求权之日开始起算。
时效期间起算点因障碍而延后。障碍分为事实障碍和法律障碍。事实障碍包括不可抗力、非法拘禁、因伤住院等情形。法律障碍包括被行政拘留、羁押、标的物受另一法律程序拘束等情形。此外，还应考虑职权行为有连续或继续状态的情形。职权行为的连续是指同一国家机关对同一赔偿请求人作出数个职权行为。
比如，公安机关先刑事拘留犯罪嫌疑人，再扣押其财产。职权行为的继续是指一个职权行为从开始到终了有一定的时间段，如拘留、扣押行为。对于职权行为有连续或继续状态的，从职权行为终了时起计算时效期间，更加合理。
本条规定不计算在内的障碍限于被羁押等限制人身自由的期间，包括行政赔偿范围与刑事赔偿范围中限制人身自由的情形：一是行政赔偿范围中的限制人身自由。包括：行政拘留；限制人身自由的行政强制措施，如留置盘问、劳动教养、收容教养、强制医疗、强制隔离戒毒；非法拘禁或者以其他方法非法剥夺公民人身自由。二是刑事赔偿范围中的限制人身自由。包括：刑事诉讼中犯罪嫌疑人、被告人被采取拘留、逮捕措施；罪犯在监狱、看守所服刑期间被关押。
赔偿请求人在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，由于申请行政复议的期限为六十日，提起行政诉讼的期限为三个月，均比赔偿请求时效期限短，因此本条规定一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。
冤假错案，国家赔偿
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