伊斯蘭教目前主要分為遜尼和什葉兩大派系，也有其他一些小派系（如哈瓦里吉派，伊斯瑪儀派）。
麥加-天房
遜尼派被認為是主流派別，又被稱為正統派，分佈在大多數伊斯蘭國家，中國穆斯林大多屬於遜尼派；
什葉派的信徒主要分佈伊朗，還存在於其它一些國家和地區，比如伊拉克等國，總體來說，遜尼派的勢力遠大於什葉派。
聖城耶路撒冷
遜尼派與什葉派的區別
穆聖繼承人的合法性。按什葉派的觀點，只有穆聖的女婿兼堂弟阿里及其直系後裔（即穆罕默德·哈希姆家族）才是合法伊斯蘭教聖城麥加的繼承人；而遜尼派則認為哈里發只是信徒的領袖，穆聖的宗教領導人的身份的繼承者，無論是誰，只要信仰虔誠，都可以擔任哈里發（即安拉使者的繼承人），也就承認艾布·伯克爾、歐麥爾、奧斯曼前3任哈里發的合法性。
聖訓。兩者都認同《古蘭經》，但兩派遵循的聖訓與解釋不同，什葉派更傾向伊瑪目的解釋，遜尼派則傾向古蘭經永遠不變的指導。
聖地。除了公認的聖地麥加、麥地那和耶路撒冷外，什葉派認為納賈夫（阿里墓地）、卡爾巴拉（侯賽因墓地），馬什哈德（第八伊瑪目阿里.裡達埋葬於此）也為聖地。
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救世主馬赫迪(Muhammad al-Mahdi)：什葉派認為馬赫迪（最後一任及第二任伊瑪目）已經在世上都隱藏起來等待世界末日出現，遜尼派則認為馬赫迪還沒有來到人間。
證言。遜尼派是There is no god except God,Muhammad is the messenger of the God；什葉派則在後面加了Ali is the Wali(friend or intimate associate) of God。
伊瑪目學說：什葉派賦予“伊瑪目”神聖含義，認為伊瑪目是穆斯林的最高領袖和統帥，是真主派遣至人間的偉大導師，不同凡人，具有真主賦予的靈知和神光，繼承了穆罕默德的一切美德和學問，具有免罪性，永不犯錯誤，也不產生遺忘。是真主與穆斯林之間的中介。伊瑪目學說成為該派教義和政治學說的核心，被定為基本信條之一。伊瑪目學說是什葉派與遜尼派的主要分歧，遜尼派認為哈里發或伊瑪目之職是伊斯蘭政治、宗教、社會體制的需要，伊瑪目須德才兼備，但不具有什葉派言說的“神性”，也不應侷限於阿里的後裔。
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