養錦鯉魚的過程也是養菌的過程，這裡養菌指的是培養硝化細菌等有益菌，是維持魚池魚缸水體生態平衡、魚健康成長必備條件。有的魚友開缸時或新魚到家就放入硝化細菌，這時的水體沒有足夠的魚糞作為硝化細菌的食物，導致放入的硝化細菌大量死亡，水體渾濁，新魚難以適應。新開缸或新魚到家無需人為添加硝化細菌，要加大氧氣爆氧，一個星期左右水體可以建立硝化系統，其硝化細菌主要在過濾層生存，日後亦無須人為添加。廣州各大錦鯉魚場的魚池魚缸，他們養魚從來不添加硝化細菌。
季節轉換，天氣變化，容易滋生各種病菌，有時要使用殺菌殺蟲劑防治魚病，使用它們的同時會殺死硝化細菌，怎麼辦？可以在水體使用殺蟲殺菌劑後的第三、四天換走部分水體或使用解毒藥水、增加水體氧分調好水質。水質調好後，魚病自然康復快，水體硝化系統重新建立起來。另外，水體每星期換水20-30%，清洗過濾，不會破壞硝化系統，換水可以刺激魚體，增加食慾，更活躍，水質清晰。
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